C1027_00210 C1027_00210   C1027_00230 C1027_00230

C1027_00220 : CDS information

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Organism
StrainC-1027
Entry nameC-1027
Contig
Start / Stop / Direction25,810 / 27,165 / + [in whole cluster]
25,810 / 27,165 / + [in contig]
Location25810..27165 [in whole cluster]
25810..27165 [in contig]
TypeCDS
Length1,356 bp (451 aa)
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Category3.3 modification reduction
Productputative monooxygenase
Product (GenBank)squalene monooxygenase-like protein
GenesgcD2
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • ORF20
Reference
ACC
PmId
[12183628] Biosynthesis of the enediyne antitumor antibiotic C-1027. (Science. , 2002)
comment
C-1027の生合成遺伝子クラスターの報告

sgcD to sgcD6, encoding benzoxazolinate biosynthesis.
機能解析はしていない。
monoxygenase (SgcD2)としている。


[PMID:18182490]の論文内でbenzoxazolinate生合成推定経路が示されているが、SgcD2は示されていない。また、本文内でもSgcD2については触れていない。

[PMID:19856960]では、SgcFがepoxide hydrolaseであると機能解析されており、近接するジオールの部分はenediyne core epoxide前駆体からepoxide hydrolasesにより派生すると予測している。
C-1027 clusterの中でepoxidaseの候補はこのORFのみ。
Related Reference
ACC
B5M9L6
NITE
Lasal_00200
PmId
[22506807] Sequential enzymatic epoxidation involved in polyether lasalocid biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2012)
[23796908] Biosynthetic machinery of ionophore polyether lasalocid: enzymatic construction of polyether skeleton. (Curr Opin Chem Biol. , 2013)
comment
Blast id35%
Streptomyces lasaliensis ATCC 35851_lsd18
Putative epoxidase

GenBank,UniprotではATCC31180と登録されているが、clusterの報告論文[PMID:19129623]ではATCC35851であるとされている。

---
[PMID:22506807](2012)
Lsd18がprelasalocidのbisepoxylasalocidへのsequential epoxydationに関与するようだ。
酵素学的エポキシ化反応の解析。

---
[PMID:23796908](2013)
Lsd18,Lsd19について続報有り。abstract only.
ACC
B5M9L6
NITE
Lasal2_00240
PmId
[19025863] Analysis of specific mutants in the lasalocid gene cluster: evidence for enzymatic catalysis of a disfavoured polyether ring closure. (Chembiochem. , 2008)
comment
Blast id35%
Streptomyces lasaliensis NRRL3382R(ATCC 31180)_lasC
Putative epoxidase

S. lasaliensis ATCC31180におけるLasalocid生合成gene clusterの報告。
lasC deletion mutant作製し機能推定している。

flavin-linked epoxidaseをコードしていると予測されているlasCを欠損すると、lasalocidとiso-lasalocid両方の生産ができなかったことから、full-length polyketide productの放出より前にポリエーテル環の酸化的環化がPKSで行われていると思われる。

また、相補実験の結果から、PKS結合dieneがLasC, LasBの基質であると推測された。
ACC
Q846W9
NITE
Monen_00220
PmId
[12940979] Analysis of the biosynthetic gene cluster for the polyether antibiotic monensin in Streptomyces cinnamonensis and evidence for the role of monB and monC genes in oxidative cyclization. (Mol Microbiol. , 2003)
comment
Blast id33%
Streptomyces cinnamonensis_monC1
Monensin epoxidase

Streptomyces cinnamonensisのmonensin biosynthetic gene clusterにおけるmonB と monCの機能について調べた文献。
monCI について、S. coelicolorにおけるHeterologous expressionを行ったところ、linaloolをlinalool oxideにepoxidizeする能力が10-20倍に増加することを確認している。

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selected fasta
>putative monooxygenase [squalene monooxygenase-like protein]
MTKHARDRAVVLGAGMAGLLAARVLSETYKEVLVIDRDRLGGTEQRRGVPHGRHAHALLA
KGQQILNELFPGLDTELTSAGIPAGDIAGNLRWYFNGRRLQPFDTGLISVSATRPELESH
VRARVAALPQVKIMDGCVIRGLTASADRSRVTGVEVVDESGTDTPTRLEADLVVDVTGRG
SRTPAWLEEFGYERPAEDRFKIDLAYTTRHFKLKEDPYGTDLSINPVASPSNPRGAFFPR
LADGSSQLSLTGILGDHPPTDDEGFLAFAKSLAAPEIYRAVRDAEPLDEPVTFRFPASVR
RRYERLRRFPGGFLVMGDGVCSFNPVYGQGMTVAALEAVALRDHLRDAPDPDALRFFRRI
STVIDVPWDIAAGADLNFPGVEGPRTMKVKMANAYMARLHAAAAVDGAVTGAFFRVAGLV
DPPQALMRPSLALRVMRNSSAKPSVPSGAAV
selected fasta
>putative monooxygenase [squalene monooxygenase-like protein]
ATGACCAAGCACGCCCGTGACCGCGCGGTAGTCCTCGGCGCAGGGATGGCGGGGCTGCTC
GCCGCGCGCGTCCTGTCCGAGACGTACAAGGAAGTGCTGGTGATCGACCGGGACCGGTTG
GGCGGCACGGAGCAGCGCCGCGGTGTCCCGCACGGACGCCACGCCCATGCGCTGCTGGCC
AAGGGACAGCAGATCCTCAACGAACTCTTCCCCGGACTCGACACCGAACTCACCTCGGCC
GGAATCCCCGCCGGGGACATCGCCGGGAACCTGCGGTGGTACTTCAACGGCCGCCGGCTC
CAGCCCTTCGACACCGGGCTGATCAGCGTCTCGGCGACGAGGCCCGAGCTGGAGTCCCAC
GTGCGCGCACGGGTCGCCGCGCTGCCACAGGTGAAGATCATGGACGGGTGCGTGATCCGG
GGCCTGACCGCCTCGGCCGACCGCAGCCGCGTCACCGGTGTCGAGGTGGTCGACGAGTCG
GGTACGGACACCCCGACGCGCCTGGAGGCCGACCTCGTCGTCGACGTCACGGGGCGCGGC
TCGCGGACTCCCGCCTGGCTGGAGGAGTTCGGATACGAGCGGCCCGCGGAGGACCGCTTC
AAGATCGATCTGGCGTACACCACGCGCCACTTCAAGCTCAAGGAAGACCCCTACGGCACG
GACCTGTCGATCAACCCGGTGGCATCGCCGAGCAACCCGCGCGGCGCGTTCTTCCCCCGG
CTCGCGGACGGCAGCTCCCAGCTCTCCCTCACCGGAATCCTCGGCGACCACCCGCCCACC
GACGACGAGGGCTTCCTGGCGTTCGCCAAGTCGCTTGCCGCGCCGGAGATCTACCGGGCC
GTCCGCGATGCCGAACCTCTCGACGAACCGGTCACCTTCCGCTTCCCGGCGAGCGTCCGC
CGCCGTTACGAGAGGCTGCGCCGTTTCCCCGGCGGGTTCCTCGTCATGGGCGACGGCGTG
TGCAGCTTCAACCCCGTCTACGGCCAGGGCATGACGGTCGCCGCCCTGGAGGCCGTGGCG
CTGCGGGACCACTTGCGCGACGCCCCGGACCCCGACGCCCTGCGCTTCTTCCGGCGTATC
TCCACGGTCATCGACGTTCCGTGGGACATCGCCGCCGGAGCGGATCTGAACTTCCCCGGG
GTGGAGGGCCCCCGCACCATGAAGGTGAAGATGGCCAACGCCTACATGGCCCGCCTGCAC
GCAGCGGCAGCCGTCGACGGCGCGGTGACCGGGGCGTTCTTCCGGGTGGCCGGGCTGGTG
GACCCCCCGCAGGCCCTGATGCGCCCCTCCCTCGCCCTGCGGGTCATGCGCAACTCCTCG
GCGAAGCCGTCGGTCCCTTCGGGCGCCGCCGTATGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0 		No significant hit
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
C1027_00210 C1027_00210   C1027_00230 C1027_00230
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