C1027_00230 C1027_00230   C1027_00250 C1027_00250

C1027_00240 : CDS information

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Organism
StrainC-1027
Entry nameC-1027
Contig
Start / Stop / Direction28,585 / 29,583 / + [in whole cluster]
28,585 / 29,583 / + [in contig]
Location28585..29583 [in whole cluster]
28585..29583 [in contig]
TypeCDS
Length999 bp (332 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
Productputative dTDP-glucose 4,6-dehydratase
Product (GenBank)dNTP-glucose dehydratase
GenesgcA
Gene (GenBank)
EC number4.2.1.46
Keyword
  • deoxy aminosugar
Note
Note (GenBank)
  • SgcA
Reference
ACC
PmId
[10639366] Genes for production of the enediyne antitumor antibiotic C-1027 in Streptomyces globisporus are clustered with the cagA gene that encodes the C-1027 apoprotein. (Antimicrob Agents Chemother. , 2000)
[12183628] Biosynthesis of the enediyne antitumor antibiotic C-1027. (Science. , 2002)
comment
[PMID:10639366]
Apoprotein CagAとclusterを形成するSgcA,SgcBの解析

sgcAのcloning、発現解析している。
配列解析から、NGDH enzymeであることがわかった。
sgcA欠損株はC-1027の生産ができないことより、C-1027の生合成に必須であることを示した。sgcA mutantsの相補によりC-1027の生産が回復した事を見ている。
SgcAの酵素学的解析はしていない。


[PMID:12183628]
C-1027の生合成遺伝子クラスターの報告

sgcA to sgcA6, encoding deoxy aminosugar biosynthesis.
TDP-glucose 4,6-dehydrataseであるとしている。
このORFの機能解析はしていない。
Related Reference
ACC
A8WEY5
PmId
comment
Streptomyces spectabilis_spcE
dTDP-glucose 4,6-dehydratase

spectinomycin生合成遺伝子spcEを大腸菌にてE発現・精製、酵素活性を見ている。dTDP-glucoseに対して基質特異性を示した。

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selected fasta
>putative dTDP-glucose 4,6-dehydratase [dNTP-glucose dehydratase]
MRMLVTGGAGFIGSQFVRATLHGELPGSEDARVTVLDKLTYSGNPANLTSVAAHPRYTFV
QGDTVDPRVVDEVVAGHDVIVHFAAESHVDRSIDTATRFVTTNVLGTQTLLEAALRHGVG
RFVHVSTDEVYGSIASGSWTEDTPLAPNVPYAASKAGSDLMALAWHRTRGLDVVVTRCTN
NYGPYQYPEKVIPLFVTNILDGLRVPLYGDGAHRRDWLHVSDHCRAIQMVMNSGRAGEVY
HIGGGTELSNEELTGLLLTACGTDWSCVDRVADRQGHDRRYSLDITKIRQELGYEPLVAF
EDGLAATVKWYHENRSWWQPLKEAAGLLDAVG
selected fasta
>putative dTDP-glucose 4,6-dehydratase [dNTP-glucose dehydratase]
ATGAGGATGCTGGTGACGGGCGGAGCGGGTTTCATCGGCTCGCAGTTCGTGCGGGCCACA
CTGCACGGCGAGCTGCCGGGTTCCGAGGACGCCCGGGTGACGGTCCTGGACAAGCTGACG
TACTCCGGCAATCCGGCCAACCTCACCTCCGTCGCGGCCCATCCGCGGTACACCTTCGTC
CAGGGCGACACCGTCGACCCGCGCGTCGTCGACGAGGTGGTCGCCGGCCACGACGTCATC
GTCCACTTCGCGGCGGAGTCGCACGTGGACCGCTCGATCGACACCGCCACCCGGTTCGTC
ACGACCAACGTGCTCGGGACCCAGACGCTGCTGGAAGCGGCTCTCCGGCACGGGGTCGGC
CGGTTCGTGCACGTGTCGACCGACGAGGTCTACGGGTCGATCGCCTCCGGCTCATGGACC
GAGGACACCCCGCTCGCCCCCAACGTCCCCTACGCGGCGTCGAAGGCGGGTTCGGACCTG
ATGGCGCTCGCCTGGCACCGCACCCGGGGCCTGGACGTCGTCGTCACCCGGTGCACCAAC
AACTACGGTCCCTACCAGTACCCCGAGAAGGTGATCCCGCTCTTCGTCACCAACATCCTC
GACGGCTTGCGGGTGCCCCTGTACGGGGACGGCGCCCACCGCCGGGACTGGCTGCACGTG
TCCGACCACTGCCGGGCCATCCAGATGGTCATGAACTCCGGCCGGGCCGGGGAGGTCTAC
CACATCGGCGGCGGCACCGAACTCTCCAACGAGGAACTCACCGGCCTGTTGCTCACGGCG
TGCGGCACCGACTGGTCCTGCGTGGACCGGGTGGCCGACCGGCAGGGGCACGACCGCCGC
TACTCGCTCGACATCACGAAGATCCGGCAGGAACTGGGCTACGAGCCCCTGGTCGCCTTC
GAGGACGGCCTGGCCGCGACGGTGAAGTGGTACCACGAGAACCGTTCGTGGTGGCAGCCG
CTGAAGGAAGCGGCCGGCCTCCTGGACGCCGTCGGCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001509 NAD-dependent epimerase/dehydratase (Domain)
[3-243] 2.39999999999997e-65 PF01370
PF01370   Epimerase
IPR005888 dTDP-glucose 4,6-dehydratase (Family)
[2-321] 1.60000000000002e-129 TIGR01181
TIGR01181   DTDP_gluc_dehyt
IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain)
[1-199] 3.2e-64 G3DSA:3.40.50.720
G3DSA:3.40.50.720   NAD(P)-bd
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
C1027_00230 C1027_00230   C1027_00250 C1027_00250
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