C1027_00560 C1027_00560   C1027_00580 C1027_00580

C1027_00570 : CDS information

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Organism
StrainC-1027
Entry nameC-1027
Contig
Start / Stop / Direction76,316 / 75,873 / - [in whole cluster]
76,316 / 75,873 / - [in contig]
Locationcomplement(75873..76316) [in whole cluster]
complement(75873..76316) [in contig]
TypeCDS
Length444 bp (147 aa)
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Category5.1 general function
Productputative HxlR family transcriptional regulator
Product (GenBank)hypothetical protein
GenesgcE1
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
  • This ORF is not involved in C-1027 biosynthesis.
Note (GenBank)
  • ORF51
Reference
ACC
PmId
[12183628] Biosynthesis of the enediyne antitumor antibiotic C-1027. (Science. , 2002)
[21250756] Improvement of the enediyne antitumor antibiotic C-1027 production by manipulating its biosynthetic pathway regulation in Streptomyces globisporus. (J Nat Prod. , 2011)
comment
[PMID:1218628]
C-1027の生合成遺伝子クラスターの報告

ORF51=sgcE1
SgcE1は機能が同定されているタンパクとの相同性は見られないと記述あり。


[PMID:21250756]
SgcR, SgcEの機能解析

putative DNA-binding proteinsと推定されるsgcE1,sgcRの不活性化株作製。sgcE1はC-1027の生合成に影響を与えなかったがsgcR不活性化株はC-1027とheptaeneのtitersが著しく増加した。S.globisporus wild-typeとsgcE1の不活性化株間でassayに変化は見られないことから、SgcE1はC-1027 biosynthesisに必須ではないことを示した。enediyne core biosynthesis geneだけでなくregulatory geneでもないことを示した。sgcE1の機能は明らかになっていない。
Related Reference
ACC
P42406
PmId
[10572115] Bacillus subtilis yckG and yckF encode two key enzymes of the ribulose monophosphate pathway used by methylotrophs, and yckH is required for their expression. (J Bacteriol. , 1999)
[15978081] HxlR, a member of the DUF24 protein family, is a DNA-binding protein that acts as a positive regulator of the formaldehyde-inducible hxlAB operon in Bacillus subtilis. (Mol Microbiol. , 2005)
comment
Bacillus subtilis
HTH-type transcriptional activator HxlR _hxlR
BSU03470
Blast id32%, 2e-07

[PMID:10572115]
破壊株の実験から、YckH(hxlR)は、3-hexulose-6-phosphate synthaseをコードするhxlA(yckG)と6-phospho-3-hexuloisomeraseをコードするhxlB(yckF)からなる hxlAB operonをpositiveに制御している転写因子ではないかとされている。

--
[PMID:15978081]
HxlRのリコンビナントをE. coliを用いて作成し、HxlRがhxlAB operonの上流のDNA領域特異的に結合するDNA-binding proteinであることを示している。
Family/Domain
FD
IPR002577
comment
[IPR002577] Helix-turn-helix, HxlR type (Domain)

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selected fasta
>putative HxlR family transcriptional regulator [hypothetical protein]
MLPRTYEGQDCSLARSLEVIGERWNLLIVRSALLGACRYDEFLRQMPISRNVLADRLGRL
VDLGVMRRVVYQEKPVRHEYPLTPMGRELTVAVVALMQWGDRNLPAELGPSRQAQHTGCD
GGVRVRLGCASCGRDVHEDEVAVRRTR
selected fasta
>putative HxlR family transcriptional regulator [hypothetical protein]
ATGCTGCCACGGACGTACGAAGGACAGGACTGCTCGCTGGCCCGGTCCCTGGAAGTGATC
GGAGAGCGCTGGAACCTGCTGATCGTCCGCTCCGCCCTGCTGGGCGCCTGCCGGTACGAC
GAGTTCCTGCGCCAGATGCCGATCTCCCGGAACGTGCTGGCCGACCGTCTCGGCCGTCTC
GTCGACCTGGGTGTCATGCGGCGGGTCGTGTACCAGGAGAAGCCGGTACGCCACGAGTAC
CCGCTCACGCCCATGGGCCGTGAACTCACCGTCGCCGTGGTCGCCCTCATGCAGTGGGGC
GACCGGAACCTGCCCGCGGAGCTGGGACCGTCCCGGCAGGCGCAGCACACCGGATGCGAC
GGCGGTGTACGGGTGCGGCTGGGCTGCGCGTCCTGCGGGCGGGACGTCCACGAGGACGAG
GTGGCGGTACGCCGGACGCGCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR002577 Helix-turn-helix, HxlR type (Domain)
[11-108] PS51118
PS51118   HTH_HXLR
[19-106] 6.3e-23 PF01638
PF01638   HxlR
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[10-99] 1e-08 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
C1027_00560 C1027_00560   C1027_00580 C1027_00580
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