C1027_00550 C1027_00550   C1027_00570 C1027_00570

C1027_00560 : CDS information

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Organism
StrainC-1027
Entry nameC-1027
Contig
Start / Stop / Direction75,688 / 74,942 / - [in whole cluster]
75,688 / 74,942 / - [in contig]
Locationcomplement(74942..75688) [in whole cluster]
complement(74942..75688) [in contig]
TypeCDS
Length747 bp (248 aa)
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Category5.4 hypothetical protein
Producthypothetical protein
Product (GenBank)hypothetical protein
GenesgcE2
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • ORF50
Reference
ACC
PmId
[12183628] Biosynthesis of the enediyne antitumor antibiotic C-1027. (Science. , 2002)
comment
[PMID:12183628]
C-1027の生合成遺伝子クラスターの報告

ORF50=sgcE2

sgcE2は高く保存されているものの、機能のわかっているものとの相同性は見られないと記述あり。
Related Reference
ACC
Q8GMD8
NITE
C1027_00550
PmId
[12183628] Biosynthesis of the enediyne antitumor antibiotic C-1027. (Science. , 2002)
[12536216] A genomics-guided approach for discovering and expressing cryptic metabolic pathways. (Nat Biotechnol. , 2003)
comment
Streptomyces globisporus
Putative uncharacterized protein
DoBISCUIT:hypothetical protein_sgcE3(unbL)

[PMID:12183628]
C-1027の生合成遺伝子クラスターの報告

ORF49=sgcE3
sgcE3は高く保存されているものの、機能のわかっているものとの相同性は見られないと記述あり。


[PMID:12536216]
warhead cassette(UNBL-UNBV-UNBU-PKSE-TEBC)の報告

warhead cassette(UNBL-UNBV-UNBU-PKSE-TEBC)はactinomyceteにおいて全てのenediyne生合成遺伝子座で保存されているが、機能は未知のままである。enediyne warheadのformation, stabilization, or transport に関与しているのではないかと推測している。C-1027ではTEBC(thioesterase)のみが離れて存在する。
ACC
Q84HJ1
NITE
Dynm_00150
PmId
[18328078] The biosynthetic genes encoding for the production of the dynemicin enediyne core in Micromonospora chersina ATCC53710. (FEMS Microbiol Lett. , 2008)
comment
Micromonospora chersina_dynU15
DynU15

Dynemicin生合成遺伝子

dynE8, orf8, dynU15, dynU14 and orf23の欠損株を作製し、培養液中の産物をHPLCにて検出。orf8はdynemicin Aが検出できたが、dynE8, dynU15, dynU14，orf23の欠損株はdynemicin Aが検出できなかった。ただし、orf23の欠損株はdynemicin Aの新規化合物が検出された。
よって、dynE8, dynU15, dynU14 はdynemicin Aに必須であることを示した。

dynU15, U14, T3, E8, E7は、minimal enediyne cassetteとして知られている遺伝子。
DynU15, U14, T3はconserved unknown proteins。

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selected fasta
>hypothetical protein [hypothetical protein]
MASVPGSLRRLLMAPSLADVSFAGRGFPVVETAATRQLETIPQTVVTGFEWGIESKSLWE
TERRLSLVDEELRGFAYEGATMASVIRDSMPGRGGRTAELLQGAGRRHIFLNYIGIGFAM
AKLPRPLWKKAVPALDGDDLYPSMSWLAVDGYGFDRAYFAPERWVDEQRLDTPYGWEDRP
GYFQRAGGPGHRASPVVHPRRRGGCRVRRGQPVRLRSQAGPVGRCRARGHVRRLLHRGGA
GHASRPVG
selected fasta
>hypothetical protein [hypothetical protein]
GTGGCATCGGTACCGGGATCCCTGCGCAGACTTCTCATGGCTCCGTCCCTGGCCGACGTG
AGCTTCGCGGGCCGGGGTTTCCCGGTGGTCGAGACCGCCGCGACCCGCCAGCTGGAGACC
ATCCCCCAGACGGTGGTCACCGGATTCGAGTGGGGCATCGAGTCGAAGAGCCTGTGGGAG
ACCGAGCGGCGGCTCTCCCTGGTCGACGAGGAGCTGCGGGGCTTCGCCTACGAGGGCGCG
ACCATGGCTTCGGTGATCCGGGACTCGATGCCCGGACGGGGAGGCCGCACCGCGGAACTG
CTCCAGGGAGCCGGACGCCGCCACATCTTCCTCAACTACATCGGCATCGGTTTCGCGATG
GCCAAGCTGCCCAGGCCGCTGTGGAAGAAGGCCGTGCCCGCGCTCGACGGCGACGACCTC
TACCCGTCGATGAGCTGGCTCGCGGTCGACGGCTACGGCTTCGACCGCGCCTACTTCGCC
CCGGAGCGATGGGTGGACGAGCAGCGGCTGGACACCCCGTACGGCTGGGAGGACCGGCCC
GGCTACTTCCAGCGGGCGGGTGGACCAGGGCATCGGGCGAGCCCTGTGGTTCATCCACGG
CGCCGCGGTGGATGCCGTGTGCGCCGCGGTCAACCGGTTCGCCTCCGATCGCAGGCCGGA
CCTGTGGGCCGGTGTCGGGCTCGCGGCCACGTTCGCCGGCTGCTCCACCGCGGCGGAGCT
GGACACGCTTCGCGTCCGGTCGGGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR012964 Protein of unknown function DUF1702 (Family)
[5-186] 1.6e-61 PF08012
PF08012   DUF1702
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
C1027_00550 C1027_00550   C1027_00570 C1027_00570
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