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Dynm_00190 : CDS information

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Organism
StrainATCC 53710 (=NBRC 15963)
Entry nameDynemicin
Contig
Start / Stop / Direction32,556 / 32,990 / + [in whole cluster]
32,556 / 32,990 / + [in contig]
Location32556..32990 [in whole cluster]
32556..32990 [in contig]
TypeCDS
Length435 bp (144 aa)
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Category1.4 Other
Productputative thioesterase
Product (GenBank)DynE7
GenedynE7
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • TEBC family
  • enediyne core
Note
  • Similar to Hotdog-fold thioesterase.
Note (GenBank)
  • putative thioesterase
Reference
ACC
PmId
[18328078] The biosynthetic genes encoding for the production of the dynemicin enediyne core in Micromonospora chersina ATCC53710. (FEMS Microbiol Lett. , 2008)
[20888341] Induced-fit upon ligand binding revealed by crystal structures of the hot-dog fold thioesterase in dynemicin biosynthesis. (J Mol Biol. , 2010)
[12536216] A genomics-guided approach for discovering and expressing cryptic metabolic pathways. (Nat Biotechnol. , 2003)
comment
[PMID:18328078]
dynemicin生合成遺伝子クラスターの報告

dynE7 Putative thioesterase

dynU15, dynU14, dynT3, dynE8, dynE7は、minimal enediyne cassetteとして知られている遺伝子と推定している。dynU15, dynU14, dynT3はconserved unknown proteinsだと記述あり。


[PMID:20888341]
DynE7の結晶構造解析

R35A, E36Aのsingle mutant作製、酵素活性を確認したところR35Aは触媒活性が欠如し、E36Aは産物形成に影響を及ぼした。また、DynE8とDynE7 mutantとのE.coliでの共発現は、E36A mutantはわずかに低い効率性でpolyenesをreleaseでき、R35A mutantはDynE8から産物をhydrolytic releaseするためのDynE7の酵素学的な活性を本質的に破壊することを示した。このことはCalE7のin vitro enzymatic assaysの結果と一致した。

エンジイン生合成に関与するhot-dog fold thioesterasesはthioester hydrolysisを触媒するために既知のhot-dog fold thioesterasesとは異なる残基を使って新規なcatalytic mechanismを行うことが推測された。


[PMID:12536216]
warhead cassette(UNBL-UNBV-UNBU-PKSE-TEBC)の報告

warhead cassette(UNBL-UNBV-UNBU-PKSE-TEBC)はactinomyceteにおいて全てのenediyne生合成遺伝子座で保存されているが、機能は未知のままである。enediyne warheadのformation, stabilization, or transport に関与しているのではないかと推測している。
dynemicinでも並びが保存されている。
Related Reference
ACC
Q8KNG2
NITE
Calm_00350
PmId
[19357082] Structure and catalytic mechanism of the thioesterase CalE7 in enediyne biosynthesis. (J Biol Chem. , 2009)
comment
Micromonospora echinospora_calE
CalE7

CalE7の結晶構造解析

CalEのアミノ酸配列は、typeI, II thioesteraseの特徴を示さないが、hotdog fold thioesteraseに相同性を示す。しかし、hotdog fold thioesteraseが保存するbinding pocketの両側にある
Glu/Asp残基をこのORFは保存していない。

calE7とcalE8をcloning, E.coliにて発現・精製し、構造解析している。HPLCの解析からCalE7はchain lengthの決定因子ではないことを示した。

構造解析からCalE7の基質はCalE8のACP domainのphosphopantetheinyl基に共有結合することが示された。

binding pocketに存在する極性アミノ酸を変異株の解析から、活性に必須な残基はArg37であることを示した。そして、Tyr29や水素結合した水分子がβ-ケトカルボン酸中間体の脱炭酸に関与することが推測された。

さらに、CalE7のhomologであるsgcE10をcloning・発現させ、calE8とsgcE10から発現する産物を解析。産物の構造は主に CalE8やSgcEなどのPKSで決定され、CalE8からpolyene部分をreleseする際にSgcE10よりCalE7のほうがより効率的だと考えている。

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selected fasta
>putative thioesterase [DynE7]
MPDSYVHRHVVTFDETNLVGNVYFAHYLHWQGHCREHFLADHAPGVMAALADGLALVTVD
CHADFYAEGSAFDEVEVRMMLDRLDGHRIAMSFDYVRVAPGPPTLLAQGRQTVACMRRAG
HGLEPVEVPAELRRALSRYAVVAR
selected fasta
>putative thioesterase [DynE7]
ATGCCCGACAGCTACGTCCACCGGCACGTGGTGACCTTCGACGAGACGAACCTCGTGGGG
AACGTCTACTTCGCCCACTACCTGCACTGGCAGGGCCACTGCCGGGAGCACTTCCTGGCC
GACCACGCGCCCGGCGTCATGGCCGCGCTGGCCGACGGGCTGGCCCTGGTGACCGTCGAC
TGCCACGCCGACTTCTACGCCGAGGGCAGCGCCTTCGACGAGGTCGAGGTGCGGATGATG
CTGGACCGGCTGGACGGCCACCGGATCGCGATGTCCTTCGACTACGTCCGGGTGGCGCCC
GGCCCGCCGACGCTGCTGGCGCAGGGCCGGCAGACGGTGGCCTGCATGCGCCGGGCCGGG
CACGGCCTGGAACCGGTCGAGGTGCCGGCCGAGCTGCGCCGGGCGCTGAGCCGGTACGCG
GTGGTGGCCCGATGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0 		No significant hit
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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