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Dynm_00360 : CDS information

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Organism
StrainATCC 53710 (=NBRC 15963)
Entry nameDynemicin
Contig
Start / Stop / Direction49,551 / 50,054 / + [in whole cluster]
49,551 / 50,054 / + [in contig]
Location49551..50054 [in whole cluster]
49551..50054 [in contig]
TypeCDS
Length504 bp (167 aa)
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Category3.1 modification hydroxylation
Productputative hydroxylase
Product (GenBank)putative hydroxylase
GenedynA2
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • ORF25
Reference
ACC
PmId
[18328078] The biosynthetic genes encoding for the production of the dynemicin enediyne core in Micromonospora chersina ATCC53710. (FEMS Microbiol Lett. , 2008)
comment
Dynemicin生合成遺伝子クラスターの報告。

dynA2 Putative hydroxylase
genbank: orf25

homologyから機能推測している。maturation or fusionに関与すると推測されているが、機能解析はされていない。
Related Reference
ACC
Q9RN64
NITE
Nogl_00150
PmId
[16650858] Crystal structures of SnoaL2 and AclR: two putative hydroxylases in the biosynthesis of aromatic polyketide antibiotics. (J Mol Biol. , 2006)
[11683270] The entire nogalamycin biosynthetic gene cluster of Streptomyces nogalater: characterization of a 20-kb DNA region and generation of hybrid structures. (Mol Genet Genomics. , 2001)
[22633406] SnoaW/SnoaL2: a different two-component monooxygenase. (Chem Biol. , 2012)
[22633415] Discovery of a two-component monooxygenase SnoaW/SnoaL2 involved in nogalamycin biosynthesis. (Chem Biol. , 2012)
comment
Streptomyces nogalater_snoL
SnoL
[DoBISCUIT]C-1 hydroxylase_snoaL2

---
[PMID: 16650858] abstract
SnoaL2 and AclRの構造解析。

gene transfer experimentsから、SnoaL2がpolyketide鎖のC-1 hydroxylationを触媒することが示唆されている。
たぶんこの記述は引用。

↓元はこれ
---
[PMID: 11683270]
S. nogalater genomic DNA fragmentの配列解析と、異種性発現による産物解析。
nogalamycin生合成に関する20ORFsが明らかになった。

snoaL2: C1-hydroxylase

aklavinoneを蓄積するS.galilaeus mutant H063で、snoaL2を発現すると、1-OH-aklavinoneを形成。
よってSnoaL2はnogalamycin aglycone合成におけるC-1 hydroxylationを担うと考えられる。
このC1-OH基にnogalamineが付着する。

---
[PMID: 22633415]
Comment in [PMID: 22633406]

snoaL2 または snoaWの不活化による産物解析から、1-OH化にはSnoaW/SnoaL2の両方が必要であることがわかった。

精製されたSnoaW/SnoaL2を使ったvitroでの実験、hydroperoxy intermediateの存在を確認するH2O2の検出から、

1) 非定型SDR酵素 SnoaWがmonoglycosylated anthracycline substrate(3',4'-demethoxy-nogalose-nogalamycinone) → dihydroquinoneへの還元をする

2) 酸素との反応のために基質を活性化し、hydroperoxy intermediateを形成する

3) hydroxylase SnoaL2によってプロトン化して最終産物(3',4'-demethoxy-nogalose-1-hydroxy-nogalamycinone)を得る

という新しいtwo-component monooxygenase systemを提唱している。
この反応はO2とNAD(P)Hの存在下で起こる。

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selected fasta
>putative hydroxylase [putative hydroxylase]
MTGHHPDLAQRKREFEETVRNFRKAVLFDYDLTAVQHVLAPGFVDHFAPPWDPPSRDGVA
HRFDHANQVLTTRKVEVLVSVCEGDILAQAILLHFEHTGPFMGIPATGRRFEIGGSNTFR
FENGRIAEHWGVFDVAKIPDLLAGEPGAAGGWSSMWDREEIGTAGKG
selected fasta
>putative hydroxylase [putative hydroxylase]
ATGACCGGACACCACCCGGATCTGGCGCAGCGCAAACGCGAGTTCGAGGAGACCGTGCGG
AATTTCCGCAAGGCGGTGCTGTTCGACTACGACCTCACGGCCGTGCAGCACGTCCTCGCG
CCGGGCTTCGTCGACCATTTCGCCCCGCCGTGGGACCCGCCGAGCCGCGACGGCGTGGCG
CACCGGTTCGACCACGCGAACCAGGTGCTCACCACCCGCAAGGTCGAGGTGCTCGTGTCG
GTGTGCGAGGGCGACATCCTGGCCCAGGCCATCCTGCTGCACTTCGAGCACACCGGGCCG
TTCATGGGCATCCCGGCGACCGGCCGCCGGTTCGAGATCGGCGGCTCCAACACGTTCCGG
TTCGAGAACGGCAGGATCGCCGAGCACTGGGGCGTCTTCGACGTCGCGAAGATCCCCGAC
CTGCTGGCCGGCGAGCCGGGTGCGGCCGGCGGCTGGTCGTCCATGTGGGACCGCGAGGAG
ATCGGCACCGCCGGCAAGGGCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR009959 Polyketide cyclase SnoaL-like domain (Domain)
[19-129] 1.3e-11 PF12680
PF12680   SnoaL_2
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Dynm_00350 Dynm_00350   Dynm_00370 Dynm_00370
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