Gelda2_00140 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces geldanamycininus
Strain	NRRL 3602 (=NBRC 14620)
Entry name	Geldanamycin
Contig	AY179507
Start / Stop / Direction	67,534 / 66,422 / - [in whole cluster] 56,234 / 55,122 / - [in contig]
Location	complement(66422..67534) [in whole cluster] complement(55122..56234) [in contig]
Type	CDS
Length	1,113 bp (370 aa)

Annotation

Category	2.1 modification addition of extender units
Product	putative glyceroyl-ACP biosynthesis protein putative 1,3-bisphospho-D-glycerate phosphatase/glyceroyltransferase
Product (GenBank)	GdmH
Gene
Gene (GenBank)	gdmH
EC number
Keyword	methoxymalonyl-ACP
Note
Note (GenBank)	similar to FkbH (putative methoxymalonyl-ACP pathway protein)
Reference	ACC Q84G18 PmId [12586396] Cloning and characterization of a gene cluster for geldanamycin production in Streptomyces hygroscopicus NRRL 3602. (FEMS Microbiol Lett. , 2003) comment ansamycin系抗生物質geldanamycin産生のgene clusterのクローニング、及び配列解析と遺伝子破壊による特性解析についての報告。 GdmH (370aa) : Methoxymalonyl-ACP biosynthesis GdmA1のmodule 2 と GdmA2のmodule 5は、2-methoxymalonateを利用する特異的なmotifsのあるAT domainsを持つ(unpublished data)。FK520とansamitocinのgene clusterで遺伝子的・機能的特徴づけされたhomologsがあることから、AT2 and AT5の基質はgdmG-gdmK genesの産物によって供給されると推定される。 gdmH破壊株（gdmNの部分的な不活化あり）はgeldanamycinと4,5-dihydro-7-descarbamoyl-7-hydroxygeldanamycinを合成した。この結果はGdmHの機能が不要であるか、その変異がパラログによりトランスに代償されることを示す。
Related Reference	ACC Q1G727 NITE Oxzol_00080 PmId [16895402] The bifunctional glyceryl transferase/phosphatase OzmB belonging to the HAD superfamily that diverts 1,3-bisphosphoglycerate into polyketide biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2006) comment Blast id64%, 1e-130 Streptomyces albus_ozmB Glyceroyl transferase/phosphatase OzmBは、まずD-3-phosphoglyceryl-S-OzmB中間体を形成するため、glycolytic poolからD-1,3-bisphosphoglycerateを隔離し、それからD-3-glyceryl-S-OzmB種を産出するためリン酸基を除去する（phosphataseとして働く）、そして最後にpolykeide生合成のためのステージをセットするためACPにglycoryl基を移動する（glyceryl transferaseとして働く）ことが実証された。・D-3-phosphoglycerate, ATP, Mg2+, and D-3-phosphoglycerate kinaseとOzmBのインキュベーションは、glyceryl-S-OzmBをもたらすことを質量分析で確認。・OzmBのglycerate付着部位はC(266)-R-V-V(270). ・tautomycin生合成gene cluster由来TtmDのholo-ACP変換型とglyceryl-S-OzmBからglyceryl-S-TtmDをもたらすので、glyceryl-S-OzmBはACPの4'-Ppant部分の-SH基へglycerylを移動できる。・脱リン酸化に重要であるaspartateを変異したOzmB(D14V)はD-3-phosphoglyceryl-S-OzmBをもたらし、phosphatase活性が廃止されている。
	ACC Q8KUG4 NITE Ansam_00180 PmId [11996558] Functional expression of genes involved in the biosynthesis of the novel polyketide chain extension unit, methoxymalonyl-acyl carrier protein, and engineered biosynthesis of 2-desmethyl-2-methoxy-6-deoxyerythronolide B. (J Am Chem Soc. , 2002) [17076505] On the biosynthetic origin of methoxymalonyl-acyl carrier protein, the substrate for incorporation of "glycolate" units into ansamitocin and soraphen A. (J Am Chem Soc. , 2006) comment Blast id68%, 1e-110 Actinosynnema pretiosum subsp. auranticum_asm16 Putative uncharacterized protein asm16 -- [PMID: 11996558](2002) S. lividansで、AT domainsのひとつがmethoxymalonateに特異的なATで置換されているerythromycin PKSのカセットとasm13-17を同時発現すると、予測された位置にmethoxymalonateが取り込まれた6- deoxyerythronolide Bの派生体が産生された。よって、asm13-17はmethoxymalonyl-ACP生合成に十分である。 -- [PMID: 17076505](2006) ansamitocin producerであるActinosynnema pretiosumと、soraphen producerであるSorangium cellulosumを使った追加のfeeding実験。ラベルした基質を用いた実験に基づき、1,3-bisphospho-D-glycerateからmehoxymalonyl-ACPが合成されると結論付けている。 methoxymalonyl-ACP生合成のproposed pathway: 1,3-bisphospho-D-glycetateは、Asm16によってACP(Asm14)のthiol基(-SH)へ移される。その結果できた3-phosphoglyceryl-ACPのphosphate ester基の切断もまた、Asm16によって触媒されるかもしれない。その理由→Asm16はタンパクレベルで少なくとも25-30%の相同性をaspartate-dependent hydrolasesのHAD superfamilyのIIIC subgroup(interpro IPR010033)のメンバーに示す。これらの酵素の多くの機能は不明だが、HAD III subfamilyの特徴付けられたメンバーは明らかに大きな基質(phosphorylated proteins)を使うphosphatases（脱リン酸化酵素）である。よってAsm16によって1,3-bisphospho-D-glycetate→glyceryl-ACPが形成される。
	ACC Q9KIE6 NITE Asco_00080 PmId [15179529] Engineered biosynthesis of 16-membered macrolides that require methoxymalonyl-ACP precursors in Streptomyces fradiae. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2004) comment Blast id72%, 1e-146 Streptomyces hygroscopicus subsp. ascomyceticus_fkbH FkbH S.hygroscopicus由来fkbG-Kを導入することにより、S. fradiaeはmalonyl-CoA, methylmalonyl-CoA, ethylmalonyl-CoAに加えてmethoxymalonyl-ACPもPKS前駆体として利用できるようになることを、midecamycin PKS genes（最後から2番目の縮合ステップでmethoxymalonateを要求）の異種性発現産物で確認している。
	ACC Q06BM0 NITE Gelda_00050 PmId [18214443] The LuxR family members GdmRI and GdmRII are positive regulators of geldanamycin biosynthesis in Streptomyces hygroscopicus 17997. (Arch Microbiol. , 2008) comment Streptomyces hygroscopicus 17997でのgeldanamycin生合成clusterにある対応遺伝子。

Sequence

>putative glyceroyl-ACP biosynthesis protein [GdmH]
MTEGKPVSEPPTAVKCLVWDLDNTLWRGTLLEDGEVLPFEWVRDVITTLDERGILQSIAS
KNDHDHAWERLEALGLAEYFVLPHIGWGPKSASLRAIADRLNFADRAMAFVDDQPAERAE
VTYRLPEVRCYAAEDLAGLTRLPEFSPAVVTVDSRQRRNMYQSGFRRDAERAEFSGPDED
FLRTLDIRMGISRATERELSRVEELTLRTSQMNATGVHYPDSALRGLLTDPAHEVLVITM
ADRFGPHGAVGIVLLERHPAVWHLKLLATSCRVVSYGAGSTLLSWLADQAAQAGVHLAAD
FRRTDRNRMMEVAYRFAGFADTTCACTVALAVPDEEGVERLHLTPACQPAPTTLRLTAPE
LADAALPRSR

>putative glyceroyl-ACP biosynthesis protein [GdmH]
ATGACGGAGGGGAAGCCCGTGAGCGAGCCGCCGACGGCCGTCAAATGTCTCGTCTGGGAC
CTGGACAACACACTGTGGCGCGGCACCCTGCTCGAAGACGGCGAGGTGCTGCCGTTCGAG
TGGGTGCGCGATGTCATCACCACCCTCGACGAACGCGGCATTCTCCAGTCGATCGCCAGC
AAGAACGACCACGACCACGCCTGGGAGCGCCTGGAAGCGCTGGGCCTGGCCGAGTACTTC
GTACTGCCGCACATCGGCTGGGGCCCCAAGTCCGCATCGCTGCGCGCCATCGCCGATCGG
CTGAACTTCGCCGACCGCGCCATGGCGTTCGTCGACGACCAGCCCGCCGAACGGGCCGAG
GTCACCTACCGGCTCCCCGAAGTGCGCTGCTACGCGGCCGAGGACCTGGCCGGGCTCACC
CGGCTGCCCGAGTTCAGCCCCGCCGTGGTCACCGTGGACTCGCGGCAGCGCCGGAACATG
TACCAGTCCGGGTTCCGCCGTGACGCCGAGCGGGCCGAGTTCAGCGGCCCCGACGAGGAC
TTTCTGCGCACCCTGGACATACGCATGGGCATCTCCCGCGCCACGGAGCGGGAGCTGTCC
CGGGTCGAGGAACTGACCCTGCGCACCAGCCAGATGAACGCCACCGGTGTGCATTACCCC
GACTCCGCACTGCGCGGACTGCTCACCGACCCCGCACACGAGGTGCTGGTCATCACGATG
GCCGACCGGTTCGGTCCGCACGGGGCCGTCGGCATCGTGCTGCTGGAACGGCACCCCGCG
GTGTGGCATCTGAAACTGCTGGCCACCTCGTGCCGCGTGGTCTCCTACGGCGCCGGGTCC
ACCCTGCTGAGCTGGCTGGCCGATCAGGCGGCGCAGGCCGGGGTGCACCTGGCCGCCGAC
TTCCGGCGCACCGATCGCAACCGGATGATGGAGGTCGCCTACCGCTTCGCCGGGTTCGCC
GACACCACCTGCGCCTGCACCGTCGCCCTCGCGGTCCCCGACGAGGAGGGGGTCGAACGC
CTCCACCTCACCCCCGCGTGCCAGCCGGCTCCGACGACGCTGCGGCTGACGGCGCCTGAG
CTCGCCGACGCGGCGCTGCCGCGCTCCCGGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR010033 HAD-superfamily phosphatase, subfamily IIIC (Domain) TIGR01681 HAD-SF-IIIC IPR010037 FkbH domain (Domain) TIGR01686 FkbH IPR016181 Acyl-CoA N-acyltransferase (Domain) SSF55729 Acyl_CoA_acyltransferase G3DSA:3.40.630.30 Acyl_CoA_acyltransferase IPR023214 HAD-like domain (Domain) G3DSA:3.40.50.1000 HAD-like_dom SSF56784 HAD-like_dom
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Gelda2_00130 Gelda2_00150