Pier_00010 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces piomogenus var. Hangzhouwanensis
Strain
Entry name	Piericidin
Contig	HQ840721
Start / Stop / Direction	1 / 600 / + [in whole cluster] 1 / 600 / + [in contig]
Location	1..600 [in whole cluster] 1..600 [in contig]
Type	CDS
Length	600 bp (199 aa)

Annotation

Category	4.1 transcriptional regulator
Product	putative transcriptional regulator(fragment)
Product (GenBank)	PieR
Gene	pieR
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)	transcriptional regulator
Reference	ACC H8XZQ7 PmId [22365607] Elucidation of Piericidin A1 biosynthetic locus revealed a thioesterase-dependent mechanism of alpha-pyridone ring formation. (Chem Biol. , 2012) comment Piericidin A1生合成gene clusterの報告。 PieR: Transcriptional regulator homolog: AurD [Streptomyces thioluteus] pieRはStreptomyces antibiotic regulatory proteins(SARPs) familyに属し、pathway-specific regulatory proteinをコードする。配列解析のみで、機能解析はされていない。また、二次代謝に関与するものに有意な類似のない膜タンパクなどと並んでいることから、pieRはpie gene clusterの境界遺伝子であると予測されている。
Related Reference	ACC Q70DY8 NITE Pimar_00030 PmId [15090496] Identification of PimR as a positive regulator of pimaricin biosynthesis in Streptomyces natalensis. (J Bacteriol. , 2004) [22693644] Hierarchical Control on Polyene Macrolide Biosynthesis: PimR Modulates Pimaricin Production via the PAS-LuxR Transcriptional Activator PimM. (PLoS One. , 2012) comment Blast id44%, 部分hit Streptomyces natalensis_pimR Pimaricin regulator (1198 AA) fragment[Pimar_00030][Pimar_00031]の全長配列を示すPimR。 -- [PMID: 15090496](2004) pimR置換でpimaricin非産生。gene clusterの自身を除いたすべてのgenes(特にpimE)はPimRのdeletionで転写抑制。 pimaricin gene clusterに属するすべての遺伝子の転写を活性化するが、pimR自身の転写は活性化しないことが実証された。 N末にSARP domainを持つが、pimaricin生合成genesのpromoter推定領域での配列解析から、おそらくSARPsとは異なる調節パターンに従うと判断されている。 -- [PMID: 22693644](2012) PimRはpimM(transcriptional activatorをコード)の発現レベルを調節することにより、pimaricin産生におけるpositive effectを発揮することが実験的に確認されている。 PimR SARP domainの結合promoter同定、mutantsでの転写産物定量など。 pimaricin非産生pimR mutantは、pimMを恒常的に発現することにより、pimaricin産生を回復する。
Related Reference	ACC Q2MGB3 NITE Fred_00260 PmId [18556785] Identification and utility of FdmR1 as a Streptomyces antibiotic regulatory protein activator for fredericamycin production in Streptomyces griseus ATCC 49344 and heterologous hosts. (J Bacteriol. , 2008) comment Blast id39%, 部分hit Streptomyces griseus Regulatory protein (611 AA) Fredericamycin(FDM)生合成遺伝子 FdmR1はStreptomyces antibiotic regulatory protein (SARP) familyのメンバーに高い類似性を示す。 fdmR1不活化でFDM生合成不可、相補で回復。 RT-PCRによる転写解析で、fdm gene cluster 28genesのうちfdmRとfdmT2以外の26genesが、FdmR1のpositive control下にあることが判明。 fdmR1過剰発現でFDM力価は5.6倍に改善。 fdm clusterを異種性に発現した時、S. albusではFDM産生可能だが、S. lividansではできない。しかし、fdmR1を恒常的に発現するとFDM産生をもたらすことができる。そしてputative ketoreductaseをコードするfdmCを、fdmR1と同時に過剰発現することによってさらに拡大される。

Sequence

>putative transcriptional regulator(fragment) [PieR]
MANLHSYVSNLRRLLEPNRPPRSRDTVLRREATGYVLTVDDDCIDAFRFERLLHEGRRQL
QAGLHQNARRTLERALALWRGSAYPEVSDYAVGAQAASRFEELRLLALESLWEAALAEER
DFSMIAAELPALATRFPARERFSWLLMKALYRSGRRAEAIDAYHRTRRTLAEEYGVDPGN
ELQELFGTILRGERLAGSA

>putative transcriptional regulator(fragment) [PieR]
ATGGCGAACCTGCACAGCTACGTCTCCAATCTCCGGCGGCTGCTGGAGCCGAACCGGCCG
CCGCGCAGCCGGGACACGGTCCTGCGGCGGGAGGCCACCGGCTACGTGCTGACGGTGGAC
GACGACTGCATCGACGCGTTCCGCTTCGAGCGGCTGCTGCACGAGGGCCGGCGGCAGCTC
CAGGCCGGGCTGCACCAGAACGCGCGCCGGACCCTGGAGCGGGCGCTGGCGCTGTGGCGC
GGGTCCGCGTATCCGGAGGTGAGCGACTACGCGGTGGGCGCCCAGGCGGCCTCGCGGTTC
GAGGAGTTGAGACTCCTGGCGCTGGAGAGCCTCTGGGAGGCCGCGCTGGCCGAGGAGCGC
GACTTCTCGATGATCGCCGCCGAACTCCCCGCGCTCGCCACGCGGTTCCCGGCCCGGGAG
CGGTTCAGCTGGCTGTTGATGAAGGCGCTCTACCGGTCCGGCCGGCGGGCCGAGGCGATC
GACGCGTACCACCGGACCCGCCGGACGCTGGCGGAGGAGTACGGCGTGGACCCCGGGAAC
GAGTTGCAGGAGCTGTTCGGCACCATCCTGCGCGGCGAGCGCCTCGCCGGGTCCGCCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR005158 Bacterial transcriptional activator domain (Domain) PF03704 BTAD SM01043 BTAD
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

first Pier_00020