Vanco_00120 Vanco_00120   Vanco_00140 Vanco_00140

Vanco_00130 : CDS information

close this sectionLocation

Organism
StrainATCC 19795 (=NBRC 12806)
Entry nameVancomycin
Contig
Start / Stop / Direction38,837 / 40,033 / + [in whole cluster]
38,837 / 40,033 / + [in contig]
Location38837..40033 [in whole cluster]
38837..40033 [in contig]
TypeCDS
Length1,197 bp (398 aa)
Click on the icon to see Genetic map.

close this sectionAnnotation

Category3.3 modification reduction
Productcytochrome P450
Product (GenBank)P450 monooxygenase B
Gene
Gene (GenBank)oxyB
EC number
Keyword
  • 1st cross-linking
  • C-O-D ring
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
comment
A. orientalis ATCC 19795でのvancomycin生合成 gene clusterとして配列が登録されているが、cluster報告論文なし。個々のタンパクなどでの続報もなし。
Related Reference
ACC
Q8RN04
PmId
[15593150] ( , )
[17477533] ( , )
[18068978] ( , )
[18688478] ( , )
[20337711] Genome mining in Amycolatopsis balhimycina for ferredoxins capable of supporting cytochrome P450 enzymes involved in glycopeptide antibiotic biosynthesis. (FEMS Microbiol Lett. , 2010)
[23073849] ( , )
comment
BLAST id100%
Amycolatopsis orientalis_cyp165B3(oxyB)
Cytochrome P450 165B3 (Vancomycin biosynthesis protein OxyB)

G4V4R5とAA配列は全く同じ。

---
[PMID: 12207020](2002)
A. orientalis DSM40040からのoxyA, oxyB, and oxyCのクローニングとシークエンス。

E. coliで発現して可溶性タンパクとして得られたOxyBは、P450-like hemoproteinsに特徴的なUV可視スペクトルを示した。

OxyBを結晶構造解析すると、典型的なP450の折りたたみが見られた。他の類似したP450sと比べてactive siteが開いている。

---
[PMID: 15593150](2004)
m-chloro-3-hydroxytyrosineの代わりにtyrosineを含み、A. orientalis DSM40040のvancomycin NRPS PCP6を結合したhexapeptideを用いてOxyBによる変換を調査。hexapeptideはPCPへthioesterとして結合されるときだけ、効率よくmonocyclic peptideをもたらした。

---
[PMID: 17477533](2007)
beta-hydroxytyrosineの代わりにtyrosineを含む合成ペプチド基質を用い、OxyBによるHpg4とTyr6の架橋結合（monocyclic peptide形成）は、PCP6に結合したhexapeptideでも、PCP7に結合したheptapeptideでも起こりえることを確認。

代謝回転のためにOxyBは電子を必要とし、酸素分子の存在に依存する。これをふまえ、OxyB反応のメカニズムを提唱している。

Kcat, Km値測定あり。

---
[PMID: 18068978](2008)
OxyBによる反応の際に、ラベルした酸素が産物に取り込まれなかったことををふまえ、OxyBによる酸化的カップリング反応のメカニズムを提唱。

また、OxyBは(S)-Tyr6がエピマー(R)-Tyr6であるhexapeptideを用いた基質でもmonocyclic peptideを形成でき、立体特異性を欠くことが示された。

---
[PMID: 18688478](2008)
OxyBの基質特異性についてさらに調査。

これまで使用していた合成ペプチド基質hexapeptideのN末側を削除したり、他のAAで置換して反応を確認している。この結果から、C-O-D ringを形成するtripeptide(position 4-6残基、特にHpg)の立体配置と同一性が、OxyBによる認識と代謝回転に重要であることがわかった。

---
[PMID: 20337711](2010)
cytochrome P450の反応で電子供給するferredoxin partnersの捜索。

balhimycin産生株A. balhimycinaのドラフトゲノム配列から候補を見つけ、balFd-V と balFd-VII がA. balhimycina由来OxyB、vancomycin産生株A. orientalis由来CYP165Bに電子を供給してin vitroでの代謝回転を支持することを示している。

---
[PMID: 23073849](2012)
OxyBの基質特異性についての調査の続報。

これまで使用していた合成モデル基質はaglycone骨格のposition 2と6でTyrを含むものだったが、より最終産物に近いOH基やCl基のある基質を合成して、OxyBによる変換を確認している。

hexapeptide-S-PCPにOH基があってもmonocyclic産物形成の効率は変わらないが、OH基に加えてCl基があると変換比率は激しく減弱した。

さらに残基6がOH基とCl基を含むheptapeptide-S-PCPではmonocyclic産物の形成はなく、ほとんどが線状ペプチドのままだったので、これは基質ではない。

oxyA or oxyC mutantsでは架橋結合と塩素化のある産物が、oxyB mutantではどちらもされていない産物が得られたという報告があることから、halogenaseの活動はNRPSとOxyBの存在に依存するかもしれない。

halogenaseの基質が調査されていないので、塩素化と架橋結合の順番を定義するのは困難である。
ACC
R4SV88
PmId
[24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014)
comment
BLAST id86%
Amycolatopsis orientalis HCCB10007_(AORI_1483)

vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。

AORI_1483(oxyB): Cytochrome P450

このORFに関しては配列解析のみ。
Figure 5ではOxyBとされ、架橋形成に割り当てられている。

close this sectionSequence

selected fasta
>cytochrome P450 [P450 monooxygenase B]
MSEDDPRPLHIRRQGLDPADELLAAGALTRVTIGSGADAETHWMATAHAVVRQVMGDHQQ
FSTRRRWDPRDEIGGKGIFRPRELVGNLMDYDPPEHTRLRRKLTPGFTLRKMQRMAPYIE
QIVNDRLDEMERAGSPADLIAFVADKVPGAVLCELVGVPRDDRDMFMKLCHGHLDASLSQ
KRRAALGDKFSRYLLAMIARERKEPGEGMIGAVVAEYGDDATDEELRGFCVQVMLAGDDN
ISGMIGLGVLAMLRHPEQIDAFRGDEQSAQRAVDELIRYLTVPYSPTPRIAREDLTLAGQ
EIKKGDSVICSLPAANRDPALAPDVDRLDVTREPIPHVAFGHGVHHCLGAALARLELRTV
FTELWRRFPALRLADPAQDTEFRLTTPAYGLTELMVAW
selected fasta
>cytochrome P450 [P450 monooxygenase B]
TTGAGCGAGGACGACCCGCGCCCGCTGCACATTCGCAGGCAGGGCTTGGATCCGGCGGAC
GAACTGCTCGCCGCCGGAGCGCTGACGAGGGTCACCATCGGATCCGGAGCGGACGCCGAG
ACCCATTGGATGGCCACCGCGCACGCCGTCGTCCGGCAGGTGATGGGTGATCACCAGCAG
TTCAGCACCCGGCGCCGCTGGGACCCGCGGGACGAGATCGGCGGGAAGGGCATCTTCCGG
CCGCGGGAACTGGTCGGCAACCTGATGGACTACGACCCGCCCGAGCACACGCGGCTGCGG
CGGAAACTGACGCCCGGCTTCACCCTGCGGAAAATGCAGCGGATGGCGCCGTACATCGAG
CAGATCGTGAACGACCGCCTCGACGAGATGGAGCGGGCGGGATCCCCCGCGGATCTGATC
GCGTTCGTCGCCGACAAGGTGCCCGGCGCCGTGCTGTGCGAGCTGGTCGGGGTGCCGAGG
GACGACCGCGACATGTTCATGAAGCTCTGTCACGGGCATCTCGACGCCTCGCTGAGTCAA
AAGCGCCGGGCGGCGCTCGGCGACAAGTTCTCGCGCTATCTGCTGGCGATGATCGCCAGG
GAACGCAAGGAGCCGGGTGAGGGGATGATCGGCGCGGTCGTCGCCGAATACGGGGACGAC
GCCACGGACGAGGAGCTACGCGGTTTCTGCGTTCAGGTGATGCTGGCGGGCGACGACAAC
ATCTCCGGCATGATCGGCCTCGGTGTGCTGGCGATGCTGCGCCATCCCGAGCAGATCGAC
GCTTTCCGCGGCGACGAGCAGTCGGCGCAACGGGCGGTCGACGAGCTGATCCGGTACCTG
ACCGTGCCGTACAGCCCGACTCCCCGGATCGCCAGGGAGGACCTCACCCTCGCGGGGCAG
GAGATCAAGAAGGGGGACAGCGTCATCTGCTCGCTCCCCGCGGCCAACCGTGATCCCGCG
CTGGCACCGGATGTGGACCGCCTCGACGTCACCCGCGAGCCCATCCCGCATGTCGCCTTC
GGGCACGGAGTCCACCATTGCCTCGGCGCCGCGCTGGCCCGGCTCGAACTGCGCACGGTC
TTCACCGAGCTGTGGCGGCGTTTCCCGGCGCTGAGGCTCGCGGATCCCGCACAGGACACC
GAATTCCGGCTGACCACTCCCGCGTACGGATTGACCGAGCTGATGGTCGCCTGGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001128 Cytochrome P450 (Family)
[38-398] 2.4e-88 G3DSA:1.10.630.10
G3DSA:1.10.630.10   no description
[5-398] 1.8e-86 SSF48264
SSF48264   Cytochrome P450
[216-369] 1.3e-14 PF00067
PF00067   p450
IPR002397 Cytochrome P450, B-class (Family)
[91-102] 1.5e-52 PR00359 [138-154] 1.5e-52 PR00359 [155-170] 1.5e-52 PR00359 [192-214] 1.5e-52 PR00359 [271-282] 1.5e-52 PR00359 [289-316] 1.5e-52 PR00359 [317-332] 1.5e-52 PR00359 [338-347] 1.5e-52 PR00359 [347-358] 1.5e-52 PR00359
PR00359   BP450
IPR017972 Cytochrome P450, conserved site (Conserved_site)
[340-349] PS00086
PS00086   CYTOCHROME_P450
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Vanco_00120 Vanco_00120   Vanco_00140 Vanco_00140
Page top