Vanco_00170 : CDS information

Location

Organism	Amycolatopsis orientalis
Strain	ATCC 19795 (=NBRC 12806)
Entry name	Vancomycin
Contig	HE589771
Start / Stop / Direction	44,225 / 45,457 / + [in whole cluster] 44,225 / 45,457 / + [in contig]
Location	44225..45457 [in whole cluster] 44225..45457 [in contig]
Type	CDS
Length	1,233 bp (410 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	glycosyltransferase
Product (GenBank)	glycosyltransferase E
Gene
Gene (GenBank)	gtfE
EC number	2.4.1.310
Keyword	D-glucose Hpg4
Note	This ORF product can also catalyze a reversible reaction.
Note (GenBank)
Reference	ACC G4V4R9 PmId [11294642] Tandem action of glycosyltransferases in the maturation of vancomycin and teicoplanin aglycones: novel glycopeptides. (Biochemistry. , 2001) [12498883] Incorporation of glucose analogs by GtfE and GtfD from the vancomycin biosynthetic pathway to generate variant glycopeptides. (Chem Biol. , 2002) [16946071] Exploiting the reversibility of natural product glycosyltransferase-catalyzed reactions. (Science. , 2006) [24954524] Enzymatic glycosylation of vancomycin aglycon: completion of a total synthesis of vancomycin and N- and C-terminus substituent effects of the aglycon substrate. (Org Lett. , 2014) comment A. orientalis ATCC 19795でのvancomycin生合成 gene clusterとして配列が登録されているが、cluster報告論文なし。 --- [PMID: 11294642](2001) ・chloroeremomycin産生A. orientalis A82846由来 GtfB, C ・vancomycin産生A. orientalis ATCC19795由来 GtfD, E をコードする遺伝子をE. coliでサブクローニング、発現、精製し、活性の特徴づけをしている。 GtfBの活性により、UDP-glucoseとvancomycin aglyconeから、そのmonoglucosyl中間体であるvancomycin pseudoaglyconeが産生されることをHPLCで確認している。 GtfEは同様の活性があり、さらにteicoplanin aglyconeへのglucose移動もできた。 GtfB/Eによって付加されたglucose部分の2-OHに、GtfC/Dが4-epi-vancosaminyl基を付加することも確認されている。 --- [PMID: 12498883](2002) 合成した様々なUDP-/dTDP-glucose誘導体を用いてGtfEの基質特異性を調査したところ、どれもvancomycin and teicoplanin aglyconesへglucose誘導体を移動することができた。さらにそこでできたglucosylpeptide変異体へ、GtfDは4-epi-vancosamineを付加することができた（glycosylation部位である2-deoxy置換のあるものを除く）。これらは各酵素の天然基質ではなく、よってGtfE/GtfDは基質特異性がゆるいことが示されている。 -- [PMID: 16946071](2006) GtfEはふつうのglycosyltransferaseと違い、可逆的にvancomycin pseudoaglyconeからglucoseを切断することができる。また、glucoseのC-6 OH基がアジ基(-N3)で置換された糖を含む非天然acceptorから、その糖を切断することもできる。 --- [PMID: 24954524](2014) C末 and N末に修飾があるvancomycin aglycone誘導体を合成し、これを用いてGtfEの基質特異性を調査している。使用しているdonor(糖基質)はUDP-glucoseで、効率的に利用される。
Related Reference	ACC P96565 PmId [9115410] Production of hybrid glycopeptide antibiotics in vitro and in Streptomyces toyocaensis. (Chem Biol. , 1997) comment BLAST id90% Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis)_gtfE Glycosyltransferase ・A82846B(chloroeremomycin)産生菌A. orientalis A82846由来 gtfA, gtfB, gtfC ・vancomycin産生菌A. orientalis C329.4由来 gtfD, gtfE のクローニング、配列解析、E. coli発現して得た未精製抽出物を用いたGtfB, GtfEの活性測定など。配列解析から、GtfBとGtfEは同じ機能を持つと考えられた。 GtfBとGtfE'(single serine-for-proline置換ありGtfE変異体) は、dTDP-D-glucose, UDP-D-glucose, UDP-D-xyloseをsugar donorとしてaglycosyl vancomycinへglucoseを付加した。 GtfE' はdTDP-glucose or UDP-glucoseから代替heptapeptide cores A47934 and A41030Aにglucoseを効率的に付加し、抗菌活性産物をもたらした。GtfBはdTDP-D-glucoseからA41030Aにはglucoseを付加できるが、A47934にはできなかった。（この違いはGtfE'における1aa置換のせいではない。）
Related Reference	ACC R4SMY8 PmId [24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014) comment BLAST id90% Amycolatopsis orientalis HCCB10007_(AORI_1487) vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。 AORI_1487(gtfE): Glycosyl transferase mutant作成あり。gtfE mutantはaglucovancomycinを蓄積した。

Sequence

>glycosyltransferase [glycosyltransferase E]
MMRVLLATCGSRGDVEPLVALAVRLRARGAEVRMCAPPDCADRLAEVGVPHLPLGRSARP
AAAGEAKPLTAEDMLRFTTETIAMQFDRIPAAAEGCDAVVTTGLLAAALGVRSVAEKLGI
PYFYAFHCPSYVPSPYYAPPPPLGEPPAPEGTDIRALWERNNQSAFRRYGAPLNSQRAAI
GLPPVEDIFEHGYTDHPWMAADQVLAPLQPTDLDAVQTGAWILPDERPLSPEMEAFLDAG
TPPVYLGFGSLRAPADAAKVAIEAIRAHGRRVILSRGWADLVLPDDRDDCFATGEVNQQV
LFRRVAAVIHHGGAGTTHVATRAGAPQILVPQIADQPYYAGRVAELGIGVAHDGPTPTFE
SLSAALTTALAPETRVRAEAVAGTVLTDGAAAAADLLFAAVGEEKPAVPA

>glycosyltransferase [glycosyltransferase E]
GTGATGCGTGTGCTGTTGGCGACGTGCGGAAGTCGCGGGGACGTCGAACCCTTGGTGGCG
CTGGCGGTCCGGCTGCGGGCGCGCGGTGCCGAGGTGCGGATGTGCGCGCCGCCGGACTGC
GCGGACCGGCTGGCCGAGGTCGGGGTGCCGCATCTGCCCCTCGGCCGGTCGGCGCGCCCG
GCGGCGGCGGGGGAGGCGAAGCCCTTGACGGCCGAGGACATGCTCCGGTTCACGACCGAG
ACGATCGCCATGCAGTTCGACCGGATCCCGGCGGCCGCCGAGGGGTGCGACGCGGTGGTG
ACGACCGGGCTGCTGGCCGCCGCGCTCGGCGTCCGGTCGGTGGCCGAGAAGCTGGGGATC
CCCTACTTCTACGCCTTCCATTGCCCGAGCTACGTGCCGTCGCCGTACTACGCGCCGCCG
CCGCCACTCGGCGAGCCGCCCGCGCCGGAGGGGACCGACATCCGGGCGTTGTGGGAGCGG
AACAATCAGAGCGCCTTCCGCCGGTACGGGGCCCCGCTCAACAGCCAACGGGCCGCGATC
GGCCTTCCGCCGGTGGAAGACATCTTCGAACACGGCTACACCGATCACCCGTGGATGGCG
GCGGACCAGGTCCTGGCCCCGCTGCAGCCGACGGATCTCGACGCGGTGCAGACCGGCGCG
TGGATCCTCCCCGACGAGCGGCCGCTTTCCCCGGAGATGGAAGCGTTCCTGGACGCCGGG
ACACCGCCGGTCTACCTGGGATTCGGCAGCCTGCGTGCCCCCGCCGACGCCGCGAAGGTG
GCCATCGAGGCGATCCGGGCCCACGGCCGCCGCGTGATCCTCTCCCGTGGCTGGGCCGAT
CTGGTCCTGCCCGACGACCGTGACGACTGTTTCGCCACCGGTGAGGTGAACCAGCAGGTG
CTGTTCCGCCGGGTGGCCGCCGTCATCCACCACGGTGGCGCGGGGACGACGCATGTGGCC
ACGCGGGCGGGCGCACCCCAGATCCTGGTGCCCCAGATCGCGGACCAGCCGTACTACGCC
GGCCGGGTGGCCGAACTCGGGATCGGCGTCGCGCATGACGGCCCGACGCCGACCTTCGAG
TCCCTTTCGGCCGCGCTCACCACGGCCCTCGCGCCGGAAACGCGGGTGCGGGCGGAGGCC
GTGGCGGGCACCGTCCTCACCGACGGGGCGGCGGCTGCCGCGGATCTGTTGTTCGCCGCG
GTCGGCGAGGAGAAGCCCGCCGTTCCCGCGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR004276 Glycosyl transferase, family 28 (Domain) PF03033 Glyco_transf_28
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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