Vanco_00180 : CDS information

Location

Organism	Amycolatopsis orientalis
Strain	ATCC 19795 (=NBRC 12806)
Entry name	Vancomycin
Contig	HE589771
Start / Stop / Direction	45,500 / 46,726 / + [in whole cluster] 45,500 / 46,726 / + [in contig]
Location	45500..46726 [in whole cluster] 45500..46726 [in contig]
Type	CDS
Length	1,227 bp (408 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	putative dTDP-3-amino-4-keto-2,3,6-trideoxy-D-glucose C-3 C-methyltransferase
Product (GenBank)	putative C-3 methyltransferase
Gene
Gene (GenBank)	vcaC
EC number	2.1.1.-
Keyword	L-vancosamine
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC G4V4S0 comment A. orientalis ATCC 19795でのvancomycin生合成 gene clusterとして配列が登録されているが、cluster報告論文なし。このORFに関する続報もなし。
Related Reference	ACC R4SV93 PmId [24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014) comment BLAST id95% Amycolatopsis orientalis HCCB10007_(AORI_1488) vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。 AORI_1488(vcaC): Methyltransferase family protein このORFに関しては配列解析のみ。 Figure 5ではVasCとされていて、dTDP-L-vancosamineの生合成に割り当てられている。
Related Reference	ACC P96561 NITE Chlor_00150 PmId [11035791] Deoxysugars in glycopeptide antibiotics: enzymatic synthesis of TDP-L-epivancosamine in chloroeremomycin biosynthesis. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2000) comment BLAST id93% Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis) PCZA361.22 ORF14(EvaC)に相当するentry. dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucoseからdTDP-L-epivancosamineを生合成する5つの酵素を、E.coliで発現・精製し、特徴づけしている。 ORF23はdTDP-6-deoxy-4-keto-D-glucoseを基質として、2,6-dideoxy-3,4-diketo-dTDP sugarの分解化合物をもたらした。ORF23とORF25の組み合わせは、C-3アミノ基がequatorialなdTDP-3-amino-2,3,6-trideoxy-D-threo-hexopyranos-4-uloseをもたらした。さらにORF14を加えた組み合わせで補助基質としてSAMを使用すると、C-3メチル基がequatorialなdTDP-3-amino-2,3,6-trideoxy-3-C-methyl-D-erythro-hexopyranos-4-uloseをもたらした。また、ORF14によるdTDP-3-amino-2,3,6-trideoxy-D-threo-hexopyranos-4-uloseのC-methylationが、1.14ppmでのmethyl peakによって確認された。すべての結果から提唱されている経路は次の通り。 dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose ↓ ORF23(EvaA): C-2 deoxygenation ↓ ORF25(EvaB): C-3 amination dTDP-3-amino-2,3,6-trideoxy-D-threo-hexopyranos-4-ulose ↓ ORF14(EvaC): C-3 methylation dTDP-3-amino-2,3,6-trideoxy-3-C-methyl-D-erythro-hexopyranos-4-ulose ↓ ORF26(EvaD): C-5 epimerization ↓ ORF24(EvaE): C-4 ketoreduction dTDP-L-epivancosamine

Sequence

>putative dTDP-3-amino-4-keto-2,3,6-trideoxy-D-glucose C-3 C-methyltransferase [putative C-3 methyltransferase]
MSTTSQCRICDGTVTEFIDFGRQPLSDAFVVPGDEKKEFFFRLATGICESCTMVQLMEEV
PRDLMFHEAYPYHSSGSAVMRTHFHDLAKRFLTTELTGEDPFIVELGCNDGIMLKAIAEA
GVRQLGVEPSGGVADLAAAKGIRVRKDFFEEATAADIRKNDGPADVIYAANTLCHIPYMD
SILKGVTTLLGPNGVFVFEDPYLGDIVERTSFDQIYDEHFFFFTARSVQEMARRNGLELV
DVERIPVHGGEVRYTLALAGARKPTEAVAELLAWEAERKLSEFATLERFAANVKKVKEDL
IALLTKLRAEGKRVVGYGATAKSATVTNFCGITPDLVEFISDTTPAKQGKLSPGQHIPVR
EYREFADDHPDYALLFAWNHADEIMNAEQAFRDAGGQWIRYVPNVHVS

>putative dTDP-3-amino-4-keto-2,3,6-trideoxy-D-glucose C-3 C-methyltransferase [putative C-3 methyltransferase]
ATGTCGACCACGTCCCAGTGCCGTATCTGTGACGGCACCGTCACCGAGTTCATCGACTTC
GGACGTCAGCCGCTTTCGGACGCGTTCGTGGTTCCCGGTGACGAGAAGAAGGAGTTCTTC
TTCCGGCTCGCCACCGGGATCTGCGAGTCCTGCACGATGGTGCAGCTGATGGAAGAGGTC
CCGCGGGACCTGATGTTCCACGAGGCATACCCCTACCACTCGTCCGGTTCGGCCGTCATG
CGCACGCATTTCCACGATCTGGCCAAACGCTTCCTGACCACGGAGCTGACCGGCGAGGAC
CCGTTCATCGTCGAACTCGGCTGCAACGACGGCATCATGCTCAAGGCCATCGCGGAGGCG
GGAGTGCGCCAGCTCGGCGTCGAACCCTCCGGCGGTGTCGCGGATCTGGCCGCGGCCAAG
GGAATCCGCGTCCGCAAGGACTTCTTCGAAGAGGCGACGGCGGCCGACATCCGGAAGAAC
GACGGCCCCGCCGACGTGATCTACGCGGCCAACACCCTGTGCCACATCCCTTACATGGAC
TCGATCCTCAAGGGCGTCACCACCTTGCTGGGCCCGAACGGCGTGTTCGTGTTCGAGGAC
CCGTACCTCGGTGACATCGTCGAGCGCACGTCGTTCGACCAGATCTACGACGAGCATTTC
TTCTTCTTCACCGCGCGCTCGGTGCAGGAGATGGCCCGGCGCAACGGGCTCGAACTCGTG
GACGTCGAGCGCATCCCGGTGCACGGCGGCGAGGTCCGCTACACCCTCGCCCTCGCCGGG
GCCCGCAAGCCGACCGAGGCCGTGGCGGAACTCCTGGCGTGGGAGGCGGAGCGCAAGCTG
TCCGAGTTCGCCACGCTGGAACGCTTCGCCGCCAACGTGAAGAAGGTCAAGGAAGACCTC
ATCGCGCTGCTGACCAAGCTCCGCGCCGAGGGCAAACGCGTCGTCGGCTACGGCGCGACG
GCCAAGAGCGCCACGGTGACCAACTTCTGTGGCATCACCCCGGATCTGGTCGAGTTCATC
TCGGACACCACTCCCGCCAAACAGGGCAAGCTCAGCCCGGGGCAGCACATCCCGGTCCGC
GAGTACCGGGAGTTCGCCGACGATCACCCCGACTACGCGCTGCTGTTCGCCTGGAACCAC
GCCGACGAGATCATGAACGCGGAGCAGGCTTTCCGTGACGCCGGTGGGCAGTGGATCCGG
TACGTGCCGAACGTGCACGTGAGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR013630 Methyltransferase putative zinc binding domain (Domain) PF08421 Methyltransf_13 IPR013691 C-methyltransferase (Domain) PF08484 Methyltransf_14
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Vanco_00170 Vanco_00190