Vanco_00190 : CDS information

Location

Organism	Amycolatopsis orientalis
Strain	ATCC 19795 (=NBRC 12806)
Entry name	Vancomycin
Contig	HE589771
Start / Stop / Direction	46,732 / 47,544 / + [in whole cluster] 46,732 / 47,544 / + [in contig]
Location	46732..47544 [in whole cluster] 46732..47544 [in contig]
Type	CDS
Length	813 bp (270 aa)

Annotation

Category	5.4 hypothetical protein
Product	hypothetical protein
Product (GenBank)	hypotetical protein
Gene
Gene (GenBank)	ORF113
EC number
Keyword
Note	The N-terminal position was modified from original INSDC entry. This ORF product lacks a metal binding site (histidine residue) required for deacetylase activity.
Note (GenBank)
Reference	ACC G4V4S1 comment A. orientalis ATCC 19795でのvancomycin生合成 gene clusterとして配列が登録されているが、cluster報告論文なし。このORFに関する続報もなし。
Related Reference	ACC O52804 NITE Chlor_00160 PmId [18482700] The role of cep15 in the biosynthesis of chloroeremomycin: reactivation of an ancestral catalytic function. (Chem Biol. , 2008) comment BLAST id77% Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis) PCZA361.23 Cep15(Orf15)に相当するentry. PMID: 17044690でCep15(=Orf15)はdTDP-glucose形成を触媒するglucose-1-phosphate thymidyltransferaseとして機能すると提唱されているが、このとき見られた低いnucleotidyltransferase活性はホストのE.coliに由来すると考えられた。よって精製したCep15で想定されたnucleotidyltransferase or deacetylaseの触媒活性を確認。Cep15はどちらの活性も持たず、chloroeremomycin生合成で明らかな役割を持たない。 teicoplanin産生株のorf2* in-frame deletion mutantはteicoplaninを産生しなくなる。cep15の代わりに遺伝子操作しやすいbal2のin-frame deletion mutantを作成したが、wild株と変わらずbalhimycinを産生した。 deacetylasesとわかっているOrf2* and Dbv21と配列比較したところ、Cep15とBal2はmetal-binding Hisの代わりにAsnを持っていた。Orf2*のHisをAsnに置換すると不活性になった。逆にCep15のN164H mutantは活性のあるdeacetylaseとなった。
	ACC Q939Y6 NITE Balhi_00190 PmId [18482700] The role of cep15 in the biosynthesis of chloroeremomycin: reactivation of an ancestral catalytic function. (Chem Biol. , 2008) comment BLAST id76% Amycolatopsis balhimycina Putative uncharacterized protein Orf2(Bal2)に相当するentry. teicoplanin cluster orf2*と似ていて紛らわしいので、balhimycin cluster orf2 を bal2 としてこの論文では扱っている。実験内容はO52804のコメント参照。
	ACC R4SZ84 PmId [24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014) comment BLAST id78% Amycolatopsis orientalis HCCB10007_(AORI_1489) vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。 AORI_1489(gene nameなし): LmbE family protein このORFに関しては配列解析のみ。

Sequence

>hypothetical protein [hypotetical protein]
MSQDLHTGRIVAISPHLDDAVLSFGAGLARATRDGAKVTVHTVFAGTAVAPFSPAADRLH
SIWGFSPEQDASLHRRNEDIAALGHLGAEYRHGRFLDAIYRKLPDGRWLADHVPGRQKLA
IGELSPQSDPELFSAVKDDIEAVVEECEPTLILTCGAISGHIDNKIARDATLLVARDKGI
PVRLWEDLPHALFAPDTPELPEGFQLGPPIHASVEPDLRTRKFEALRRYPSQMLMLHGPD
KDLFAQLDGHARKSSAQPGYGELTWPVVSR

>hypothetical protein [hypotetical protein]
ATGTCCCAAGACCTCCACACGGGCCGGATAGTGGCGATCTCCCCGCATCTGGACGACGCG
GTGCTGTCCTTCGGGGCCGGTCTCGCCCGGGCCACGCGGGACGGCGCGAAGGTGACCGTC
CACACGGTGTTCGCCGGTACCGCGGTGGCACCTTTCTCGCCGGCGGCGGACCGGCTGCAT
TCGATCTGGGGCTTCTCCCCGGAGCAGGACGCGTCGCTTCATCGCCGGAACGAGGACATC
GCCGCGCTCGGCCACTTGGGGGCCGAATACCGGCACGGCCGGTTCCTGGACGCCATCTAC
CGCAAACTCCCGGACGGCCGGTGGCTGGCGGACCACGTCCCGGGACGGCAGAAGCTGGCC
ATCGGTGAACTGTCGCCGCAGAGCGATCCGGAGCTGTTCTCCGCGGTCAAGGACGACATC
GAGGCCGTCGTCGAAGAGTGCGAGCCGACGCTGATCCTGACCTGTGGCGCCATCAGCGGT
CACATCGACAACAAGATCGCGCGGGACGCCACGCTGCTCGTCGCGCGGGACAAGGGCATC
CCGGTGCGGCTGTGGGAAGACCTTCCGCACGCGCTCTTCGCACCGGACACACCGGAACTG
CCGGAGGGCTTTCAGCTCGGCCCTCCGATCCACGCCTCCGTCGAACCCGACCTTCGGACG
CGGAAATTCGAGGCTCTGCGGCGCTATCCATCGCAGATGTTGATGCTTCACGGACCCGAC
AAGGATCTTTTCGCTCAACTGGACGGGCATGCTCGGAAGAGCTCGGCGCAGCCCGGCTAC
GGCGAACTGACCTGGCCTGTCGTCTCTCGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR003737 N-acetylglucosaminyl phosphatidylinositol deacetylase (Family) PF02585 PIG-L IPR024078 Putative deacetylase LmbE-like domain (Domain) G3DSA:3.40.50.10320 no description SSF102588 LmbE-like
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Vanco_00180 Vanco_00200