Vanco_00190 Vanco_00190   Vanco_00210 Vanco_00210

Vanco_00200 : CDS information

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Organism
StrainATCC 19795 (=NBRC 12806)
Entry nameVancomycin
Contig
Start / Stop / Direction47,597 / 48,445 / + [in whole cluster]
47,597 / 48,445 / + [in contig]
Location47597..48445 [in whole cluster]
47597..48445 [in contig]
TypeCDS
Length849 bp (282 aa)
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Category3.2 modification methylation
Productputative SAM-dependent N-methyltransferase
Product (GenBank)vancomycin putative N-methyltransferase
Gene
Gene (GenBank)vmt
EC number2.1.1.-
Keyword
  • Leu1
Note
  • The N-terminal position was modified from original INSDC entry.
Note (GenBank)
Reference
ACC
comment
A. orientalis ATCC 19795でのvancomycin生合成 gene clusterとして配列が登録されているが、cluster報告論文なし。このORFに関する続報もなし。
Related Reference
ACC
O52805
NITE
Chlor_00170
PmId
[19389626] Structure and function of the glycopeptide N-methyltransferase MtfA, a tool for the biosynthesis of modified glycopeptide antibiotics. (Chem Biol. , 2009)
comment
BLAST id67%
Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis)
PCZA361.24
Orf16/MtfAに相当するentry.

---
[PMIDなし]Expression and assay of an N-methyltransferase involved in the biosynthesis of a vancomycin group antibiotic. Chem. Commun., 2000, p103-104

MtfA(ORF16)をクローニング、発現、精製して測定に使用。
N-demethylvancomycin, そのaglycone, 環化されていない線状heptapeptide, (R)- and (S)-leucineを基質としてメチル化の程度を確認。基質を2つ用いた競合実験の結果もふまえ、chloroeremomycinの生合成経路におけるN-メチル化はheptapeptide骨格の酸化的架橋形成の後、ring 4 disaccharideの付加の前に起こると示唆される。

---
[PMID: 19389626](2009)
MtfAは、vancomycin骨格を持つchloroeremomycinと違いteicoplanin骨格を持つdesulfo-A47934とteicoplaninを、SAM依存的様式でメチル化することができた。

さらにMtfAとMtfA複合体の結晶構造を解析している。
ACC
R4T056
PmId
[24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014)
comment
BLAST id63%
Amycolatopsis orientalis HCCB10007_(AORI_1490)

vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。

AORI_1490(vmt): Methyltransferase

mutant作成あり。vmt mutantはdemethylvancomycinを蓄積した。demethylvancomycinの生物活性はvancomycinに匹敵する。

demethylvancomycin or aglucovancomycinを基質として、異種性発現したAORI_1490はdimethylvancomycin or dimethylaglucovancomycinを生成した。2つのメチル基はLeuのN末にある。メチル化はin vitroでも抗菌活性に影響しなかった。

close this sectionSequence

selected fasta
>putative SAM-dependent N-methyltransferase [vancomycin putative N-methyltransferase]
MSEQLTRSPLRTAYADVLLASAGERGVLCGFYDEAAAEIYRDLVQDGDGGPEVRAIAARV
RPGSGPVLELAAGMGRLTFPFLELGWEMTALELAPAVITAFRDRLAAATADVRDRCTVVQ
GDMSDFALGKRFGTVVISAGSLNVLDRSRRPGLYASVRDHLEPGGKLLFGVPKPPPAKPE
PEPLERRQEFTGRSGRRYVLHARNIPAEETQEITIHPADVTADPLLVCTHRIWHIGVEQA
MEELTLAGFEVTAPSSFGSIEGSSDDMVLVEAVAREITEGAE
selected fasta
>putative SAM-dependent N-methyltransferase [vancomycin putative N-methyltransferase]
ATGAGTGAACAGTTGACGCGTAGCCCGTTGCGGACCGCGTACGCCGACGTCCTGCTGGCT
TCGGCAGGCGAGCGAGGCGTGCTGTGCGGTTTCTACGACGAGGCCGCCGCGGAAATCTAC
CGGGATCTGGTACAGGACGGGGACGGCGGCCCGGAAGTGCGGGCGATCGCCGCCCGCGTC
CGCCCGGGCTCCGGGCCCGTCTTGGAACTCGCGGCGGGTATGGGCAGGCTGACGTTCCCG
TTCCTGGAGCTCGGCTGGGAAATGACCGCGCTGGAACTGGCTCCCGCGGTGATCACCGCC
TTCCGGGACCGGCTGGCCGCAGCGACGGCGGACGTCCGTGATCGATGCACGGTCGTCCAG
GGCGACATGAGCGATTTCGCGCTGGGCAAGCGTTTCGGCACGGTGGTCATCAGCGCCGGC
TCGCTCAACGTCCTGGACAGATCCCGCAGACCCGGCCTGTACGCGTCGGTCCGGGACCAT
CTCGAGCCCGGCGGGAAACTGTTGTTCGGCGTGCCCAAGCCGCCGCCGGCCAAACCCGAG
CCCGAGCCGCTGGAGCGCCGGCAAGAGTTCACGGGCCGGAGCGGACGGCGGTACGTGCTG
CACGCGAGGAACATTCCGGCGGAGGAGACCCAGGAGATCACCATCCACCCCGCCGACGTG
ACGGCGGATCCCCTTCTCGTTTGCACGCACCGAATCTGGCATATCGGGGTGGAGCAGGCC
ATGGAGGAACTGACGCTGGCGGGCTTCGAGGTGACCGCGCCGAGTTCATTCGGGTCCATC
GAGGGAAGCAGTGACGACATGGTGCTGGTGGAGGCGGTCGCCCGCGAAATCACGGAAGGC
GCGGAGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0 		No significant hit
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Vanco_00190 Vanco_00190   Vanco_00210 Vanco_00210
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