Vanco_00210 : CDS information

Location

Organism	Amycolatopsis orientalis
Strain	ATCC 19795 (=NBRC 12806)
Entry name	Vancomycin
Contig	HE589771
Start / Stop / Direction	49,730 / 48,426 / - [in whole cluster] 49,730 / 48,426 / - [in contig]
Location	complement(48426..49730) [in whole cluster] complement(48426..49730) [in contig]
Type	CDS
Length	1,305 bp (434 aa)

Annotation

Category	2.1 modification addition of extender units
Product	putative aminotransferase
Product (GenBank)	phenylglycine aminotransferase
Gene
Gene (GenBank)	pgat
EC number	2.6.1.-
Keyword	Hpg Dpg
Note	The N-terminal position was modified from original INSDC entry.
Note (GenBank)
Reference	ACC G4V4S3 comment A. orientalis ATCC 19795でのvancomycin生合成 gene clusterとして配列が登録されているが、cluster報告論文なし。個々のタンパクなどでの続報もなし。
Related Reference	ACC O52815 NITE Chlor_00180 PmId [11137816] Biosynthesis of L-p-hydroxyphenylglycine, a non-proteinogenic amino acid constituent of peptide antibiotics. (Chem Biol. , 2000) comment BLAST id90% Amycolatopsis orientalis PCZA361.25 --- [PMID: 11137816](2000) L-p-hydroxyphenylglycine(Hpg)はvancomycinグループの抗生物質のaglyconeで構造的役割をする。L-Hpgを生合成する経路に提唱された酵素の特徴づけを、chloroeremomycin生合成gene clusterのタンパクで確認している。 ORF17は多くのamino acid transaminasesに配列相同性があるので、p-hydroxybenzoylformate → L-Hpgへの変換を触媒するp-hydroxyphenylglycine transaminase (HpgT)であると仮定。 ORF17はHmoと同様にN末maltose binding protein(MBP) fusion proteinとして発現、精製し、補酵素PLPと共にアッセイに使用した。まず、HpgTにより L-Hpg + p-hydroxyphenylpyruvate → p-hydroxybenzoylformate + tyrosine をもたらす逆方向反応が実証された。次に順方向が検討され、p-hydroxymandelate(Hmo基質), L-tyrosine, Hmo, HpgTでの反応で、p-hydroxybenzoylformate(Hmo産物) と L-Hpgが形成された。また、HmaS基質であるp-hydroxybenzoylformateがHpgTの反応に関与することから、HmaS, Hmo, HpgTの3酵素による触媒サイクルが確立された。その他のアミノ供与体またはアミノ受容体で、HpgTの基質特異性が検討されている。3-Cl-L-tyrosineもアミノ供与体として受け入れられる。 prephenate ↓　prephenate dehydrogenase (ORF1) p-hydroxyphenylpyruvate ↓　4-hydroxymandelate synthase (ORF21, HmaS) L-p-hydroxymandelate ↓　p-hydroxymandelate oxidase (ORF22, Hmo) p-hydroxybenzoylformate ↓　L-p-hydroxyphenylglycine transaminase (ORF17, HpgT) + L-Tyr L-p-hydroxyphenylglycine + p-hydroxyphenylpyruvate --- [PMIDなし]Biosynthesis of the di-meta-hydroxyphenylglycine constituent of the vancomycin-group antibiotic chloroeremomycin. Chemical Communications(2001) 発現、精製してN末His-tag付きタンパクとして得たHpgT(ORF17)を L-di-meta-hydroxyphenylglycine (L-DHPG)、PLPなどと反応させると、di-meta-hydroxyphenylglyoxylic acidがもたらされた。この結果から、HpgTは既に報告されたp-hydroxyphenylglycine生合成での役割に加えて、L-DHPGへのアミノ基転移も担うことが示される。 --- （参照）Dpg(L-DHPG)生合成に関する論文で提唱されている経路は、 malonyl-CoA ×4 ↓ type III PKS DpgA 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA precursor ↓ dehydratases DpgB/D 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA(DPA-CoA) ↓ dioxygenase DpgC 3,5-dihydroxyphenylglyoxylate(DPGx) ↓ aminotransferase DpgT(HpgT/Pgat) Dpg
	ACC Q939Y4 NITE Balhi_00210 PmId [11495926] A polyketide synthase in glycopeptide biosynthesis: the biosynthesis of the non-proteinogenic amino acid (S)-3,5-dihydroxyphenylglycine. (J Biol Chem. , 2001) comment BLAST id89% Amycolatopsis balhimycina_pgat Phenylglycine amino transferase balhimycinのaglycone構成アミノ酸(S)-3,5-dihydroxyphenylglycine(Dpg)の生合成についての報告。 DpgA, DpgB, DpgC, and DpgDによって産生される3,5-dihydroxyphenylglyoxylic acidにアミノ基を転移してDpgをもたらすtransaminase geneとしてpgatを調査。pgatは、chloroeremomycin生合成gene clusterの4-hydroxyphenylglycine (Hpg) aminotransferase gene hpgTに相当する。 in-frame deletionでPgatを不活化したmutant株JR1は、抗菌活性のある化合物を産生せず、3,5-dihydroxyphenylglyoxylic acidをwild株の10倍多く蓄積した。よってPgatはDpg生合成に関与する。また、mutant株JR1はHpg と Dpgの両方の補充でのみbalhimycin産生を回復したので、Hpg と Dpgの生合成に関与する二重機能が想定される。
	ACC R4SKH8 PmId [24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014) comment BLAST id89% Amycolatopsis orientalis HCCB10007_(AORI_1491) vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。 AORI_1491(hpgT): 4-hydroxyphenylglycine aminotransferase このORFに関しては配列解析のみ。 Figure 5ではL-Hpg合成とL-Dpg合成に割り当てられている。

Sequence

>putative aminotransferase [phenylglycine aminotransferase]
MEILVFMDSNGLSTQLSMETLHGSLTDPAISSMNLLNELIDEYPVAISMAAGRPYEEFFD
VRLIHEYIDAYCEHLRGDRKLNEAAVTRTLFQYGTTKGVIADLIARNLAEDEDIDAAPES
VVVTVGAQEAMFLVLRTLRAGERDVLLAPAPTYVGLTGAALLTDTPVWPVRSGENGIDPD
DLALQLKRADEQGKRVRACYVTPNFANPTGTSMDLASRHRLLEVAEAHGILLLEDNAYGL
FGAERLPSLKSLDRSGSVVYIGSFAKTGMPGARVGYVVADQQVPGGGLLADQLSKLKGML
TVNTSPIAQAVIAGKLLLNGFSLVKANAREVDIYQRNLRLTLGELDRRLGAFPDVTWNTP
TGGFFVTVTVPFVVDDELLERAARDHGVLFTPMHHFFGGKGGFHQLRLSISLLTPELIEE
GVSRLAALITPRLP

>putative aminotransferase [phenylglycine aminotransferase]
ATGGAAATCCTAGTATTTATGGATTCGAACGGTTTGTCCACTCAGTTGAGCATGGAAACA
CTGCATGGATCACTCACCGATCCGGCCATCTCGTCGATGAACCTGCTCAACGAGCTGATC
GACGAATATCCTGTCGCCATTTCCATGGCGGCGGGCCGCCCGTACGAAGAGTTCTTCGAC
GTGCGGCTCATTCACGAATACATCGACGCTTATTGTGAACACCTCCGCGGTGACCGGAAA
CTGAACGAAGCGGCGGTCACCCGCACGCTCTTCCAATACGGGACCACCAAGGGCGTCATC
GCCGATCTCATCGCCCGCAATCTCGCCGAGGACGAGGACATCGACGCCGCCCCCGAATCC
GTGGTCGTCACCGTGGGCGCCCAGGAGGCGATGTTCCTGGTCCTCCGCACGCTGCGGGCG
GGCGAGCGGGACGTGCTGCTCGCCCCCGCCCCCACCTACGTCGGCCTGACCGGGGCGGCG
CTGCTCACCGACACCCCGGTCTGGCCGGTCCGGTCAGGTGAGAACGGCATCGACCCCGAC
GACCTCGCGCTCCAGCTGAAGCGCGCCGACGAACAGGGAAAACGGGTCCGGGCCTGCTAT
GTGACGCCGAACTTCGCCAACCCGACCGGCACGAGCATGGACCTGGCTTCCCGCCACCGT
CTCCTCGAAGTCGCCGAAGCGCACGGGATCCTGCTCCTGGAGGACAACGCGTACGGGCTC
TTCGGCGCCGAGCGGCTTCCCTCGCTGAAATCCCTCGACCGGTCGGGAAGCGTGGTCTAC
ATCGGTTCCTTCGCCAAGACCGGCATGCCGGGCGCCCGGGTCGGTTACGTGGTGGCGGAT
CAGCAGGTGCCCGGGGGCGGTCTGCTCGCCGACCAGCTTTCGAAGCTCAAGGGCATGCTC
ACGGTGAACACCTCCCCCATCGCGCAGGCGGTGATCGCCGGAAAGCTCCTTCTCAACGGT
TTCAGCCTGGTCAAGGCCAACGCCCGCGAGGTCGACATCTACCAGCGCAATCTCCGGCTC
ACCTTGGGCGAACTCGACCGCAGGCTCGGCGCGTTCCCCGACGTCACCTGGAACACGCCG
ACCGGTGGCTTCTTCGTCACCGTCACCGTGCCCTTCGTCGTCGACGACGAATTGCTGGAA
CGCGCCGCCCGCGATCACGGCGTGCTGTTCACGCCGATGCATCATTTCTTCGGTGGCAAG
GGTGGATTCCACCAGCTCCGGCTCTCGATCAGCCTGCTCACGCCGGAACTGATCGAAGAA
GGCGTCTCGCGGCTCGCGGCGCTCATCACTCCGCGCCTTCCGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR004839 Aminotransferase, class I/classII (Domain) PF00155 Aminotran_1_2 IPR015421 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (Domain) G3DSA:3.40.640.10 no description IPR015422 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2 (Domain) G3DSA:3.90.1150.10 no description IPR015424 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (Domain) SSF53383 PLP-dependent transferases
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Vanco_00200 Vanco_00220