Vanco_00220 : CDS information

Location

Organism	Amycolatopsis orientalis
Strain	ATCC 19795 (=NBRC 12806)
Entry name	Vancomycin
Contig	HE589771
Start / Stop / Direction	50,074 / 50,904 / + [in whole cluster] 50,074 / 50,904 / + [in contig]
Location	50074..50904 [in whole cluster] 50074..50904 [in contig]
Type	CDS
Length	831 bp (276 aa)

Annotation

Category	1.4 Other
Product	putative thioesterase
Product (GenBank)	vancomycin putative hydrolase
Gene
Gene (GenBank)	vhp
EC number
Keyword	Bht unusual type
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC G4V4S4 comment A. orientalis ATCC 19795でのvancomycin生合成 gene clusterとして配列が登録されているが、cluster報告論文なし。個々のタンパクなどでの続報もなし。
Related Reference	ACC Q939Y3 NITE Balhi_00220 PmId [11880037] Glycopeptide biosynthesis in Amycolatopsis mediterranei DSM5908: function of a halogenase and a haloperoxidase/perhydrolase. (Chem Biol. , 2002) [19998400] The thioesterase Bhp is involved in the formation of beta-hydroxytyrosine during balhimycin biosynthesis in Amycolatopsis balhimycina. (Chembiochem. , 2010) comment BLAST id88% Amycolatopsis balhimycina_bhp Putative hydrolase --- [PMID: 11880037](2002) bhaAの8.5ｋb下流にあるORF(bhp)が明らかになった。BhaAとBhpはbalhimycin生合成でのClの取り込みを担う酵素として検討され、BhaAのみがこれに必要とされることがわかった。 bhpでのin-frame deletion mutant(OP696)はbalhimycinを産生しなかったが、beta-hydroxytyrosineを補充するとbalhimycin産生を回復した。よってbhpはbalhimycinの前駆体であるbeta-hydroxytyrosineの生合成に関与する。 Bhpのアミノ酸配列にputative thioesterase domainが検出されることから、thioester結合の加水分解によりBpsDからbeta-hydroxylated tyrosineを放出する機能が推測される。 --- [PMID: 19998400](2010) Bhpは、S-L-tyrosyl-N-acetyl cysteamine thioester (L-Tyr-SNAC)の15倍の効率で、S-beta-hydroxytyrosyl-N-acetyl cysteamine thioester (beta-OH-Tyr-SNAC)の加水分解を触媒することが示された。よってBhpは、beta-OH-Tyr-S-PCP → 遊離beta-hydroxytyrosine (beta-OH-Tyr)への加水分解を高い基質特異性で触媒すると想像される。PCPに結合したままではNRPSに移されることができないと強く示唆される。
Related Reference	ACC R4SMZ4 PmId [24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014) comment BLAST id85% Amycolatopsis orientalis HCCB10007_(AORI_1492) vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。 AORI_1492(vhp): Hydrolase このORFに関しては配列解析のみ。 Figure 5ではVbhとして、L-Bht合成に割り当てられている。

Sequence

>putative thioesterase [vancomycin putative hydrolase]
MLMTTENGIRLSYHDQGSGPAVLLLTGTGAPSSVWDLHQVPALRAAGFRVITMDNRGIPP
SDDGAGGFTIEDLVADVAALIDYLDASPCHVIGTSMGSYIAQELALAHPELLESVVLMAA
CGRSSLVQRVLAESEAELIGRGTELPPGYLAAVRAMHNLGPATLADDDLAGDWLDLFEAS
GNWGPGVRAQLLLSALPDRREAYRAIKVPCHVISFEHDLVAPPAAGRELATVIPGATHHT
IPGGGHFGYLENPEAVNHELLGFLRSGSGARLGETA

>putative thioesterase [vancomycin putative hydrolase]
ATGCTGATGACAACCGAGAACGGGATCCGGTTGTCTTACCACGACCAAGGCTCCGGTCCG
GCTGTCCTGTTGCTGACCGGGACCGGGGCGCCGAGTTCCGTATGGGATCTGCATCAGGTG
CCCGCGCTCCGTGCCGCCGGATTCCGGGTGATCACCATGGACAACCGGGGGATCCCGCCG
AGCGACGACGGTGCCGGCGGGTTCACCATCGAAGACCTCGTCGCGGACGTGGCCGCCCTG
ATCGACTACCTCGACGCGTCGCCGTGTCACGTGATCGGCACGTCGATGGGCTCGTACATC
GCGCAGGAACTGGCGCTCGCGCATCCGGAGCTGCTGGAGTCCGTGGTGCTGATGGCGGCG
TGCGGCCGGAGCAGCCTCGTCCAGCGGGTGCTCGCCGAGAGCGAGGCCGAGCTGATCGGG
CGGGGGACCGAACTGCCGCCGGGGTATCTCGCCGCCGTGCGCGCCATGCACAACCTGGGG
CCCGCCACCCTCGCCGACGACGATCTCGCCGGCGACTGGCTCGACCTGTTCGAGGCGTCG
GGGAACTGGGGGCCCGGGGTCCGCGCGCAGTTGTTGCTGAGCGCGCTGCCCGACCGCCGC
GAGGCCTATCGCGCGATCAAGGTGCCCTGCCACGTCATTTCCTTCGAACACGACCTCGTG
GCGCCGCCGGCCGCGGGACGGGAGCTGGCCACCGTGATCCCTGGCGCCACACACCACACG
ATCCCGGGTGGTGGGCATTTCGGCTATCTGGAGAACCCGGAGGCGGTGAACCACGAGTTG
CTCGGGTTCCTGCGTTCCGGGTCCGGCGCACGCCTGGGGGAGACCGCATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR000073 Alpha/beta hydrolase fold-1 (Domain) PR00111 ABHYDROLASE IPR000639 Epoxide hydrolase-like (Family) PR00412 EPOXHYDRLASE
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Vanco_00210 Vanco_00230