Vanco_00290 : CDS information

Location

Organism	Amycolatopsis orientalis
Strain	ATCC 19795 (=NBRC 12806)
Entry name	Vancomycin
Contig	HE589771
Start / Stop / Direction	59,340 / 60,317 / + [in whole cluster] 59,340 / 60,317 / + [in contig]
Location	59340..60317 [in whole cluster] 59340..60317 [in contig]
Type	CDS
Length	978 bp (325 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	putative dTDP-hexose C-4 ketoreductase
Product (GenBank)	NAD-dependent epimerase dehydratase
Gene
Gene (GenBank)	vcaE
EC number
Keyword	L-vancosamine axial-OH
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC G4V4T1 comment A. orientalis ATCC 19795でのvancomycin生合成 gene clusterとして配列が登録されているが、cluster報告論文なし。このORFに関する続報もなし。
Related Reference	ACC R4SZ93 PmId [24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014) comment BLAST id75% Amycolatopsis orientalis HCCB10007_(AORI_1499) vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。 AORI_1499(vcaE): Reductase このORFに関しては配列解析のみ。 Figure 5ではVasEとされていて、dTDP-L-vancosamineの生合成に割り当てられている。
Related Reference	ACC O52794 NITE Chlor_00250 PmId [11035791] Deoxysugars in glycopeptide antibiotics: enzymatic synthesis of TDP-L-epivancosamine in chloroeremomycin biosynthesis. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2000) comment BLAST id78% Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis) PCZA361.4 ORF24(EvaE)に相当するentry. dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucoseからdTDP-L-epivancosamineを生合成する5つの酵素を、E.coliで発現・精製し、特徴づけしている。 ORF26でdTDP-3-amino-2,3,6-trideoxy-3-C-methyl-D-erythro-hexopyranos-4-uloseを反応させると、分子量は変わらないがchromatographyだと明らかに異なる化合物をもたらしたことから、ORF26はC-5 epimeraseとして機能すると予測された。C-5での重水素の取り込みで、これを確認している。さらにORF24と補助基質NADPHを追加して反応させると、dTDP-L-epivancosamineが得られた。すべての結果から提唱されている経路は次の通り。 dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose ↓ ORF23(EvaA): C-2 deoxygenation ↓ ORF25(EvaB): C-3 amination dTDP-3-amino-2,3,6-trideoxy-D-threo-hexopyranos-4-ulose ↓ ORF14(EvaC): C-3 methylation dTDP-3-amino-2,3,6-trideoxy-3-C-methyl-D-erythro-hexopyranos-4-ulose ↓ ORF26(EvaD): C-5 epimerization ↓ ORF24(EvaE): C-4 ketoreduction dTDP-L-epivancosamine

Sequence

>putative dTDP-hexose C-4 ketoreductase [NAD-dependent epimerase dehydratase]
MKTITVLGASGFVGSAVTRALVRQPIRLRAVARRYFTPPAGRAETTVVAADLTDRAALAE
AVAGSDAVVYLLLADGGWRAAETTDAARVNVGVMRDLVEVIGSGGGTPPLVVYSGTSMQV
GVPPREPLDGSEPDLPVTPYAMQKLAAEEILKKATANGRVRGISLRLPTVFGENTVEGGK
HDSGVVSAMARRALEGQALPIWGDGTVRRDLVHVDDVAAAFTAALAAPDSLVGAHWLLGA
GRGDRLGEVFRLVAREMAEHTGRHPVEVIRAEPPAHAPVTDSLNLVVDSTPFRKITGWRP
EISLSDGVRRTVAALTSSVEGKVRT

>putative dTDP-hexose C-4 ketoreductase [NAD-dependent epimerase dehydratase]
ATGAAGACGATCACCGTCCTCGGCGCGTCGGGCTTCGTCGGCTCGGCCGTCACGCGCGCG
CTCGTGCGGCAGCCGATCCGGCTGCGCGCGGTGGCGCGCAGGTACTTCACGCCGCCGGCG
GGCCGGGCCGAGACCACCGTCGTCGCCGCCGATCTCACCGACCGCGCGGCGCTCGCCGAA
GCGGTCGCGGGATCGGACGCGGTCGTGTACCTGCTCCTCGCCGACGGCGGCTGGCGGGCG
GCCGAAACCACGGATGCCGCCCGCGTGAACGTCGGCGTGATGCGGGATCTCGTCGAGGTC
ATCGGAAGCGGCGGCGGAACGCCCCCGCTGGTGGTGTACAGCGGCACCAGCATGCAGGTC
GGCGTGCCCCCTCGGGAGCCGCTCGACGGCAGCGAGCCCGACCTCCCGGTGACTCCCTAC
GCCATGCAGAAGCTGGCGGCGGAAGAGATCCTCAAGAAGGCCACGGCGAACGGCCGGGTG
CGCGGTATCAGCCTGCGGCTGCCGACCGTTTTCGGGGAGAACACGGTGGAAGGCGGGAAG
CACGACAGCGGTGTCGTGTCCGCCATGGCGCGCCGCGCGCTCGAAGGCCAGGCGCTCCCC
ATCTGGGGCGACGGGACGGTGCGGCGCGACCTGGTCCACGTCGACGACGTCGCGGCCGCG
TTCACGGCCGCGCTGGCCGCACCGGATTCGCTGGTGGGCGCCCACTGGCTGCTCGGCGCC
GGACGGGGCGATCGGCTGGGGGAGGTCTTCCGGCTGGTGGCGAGGGAAATGGCCGAGCAC
ACCGGACGGCATCCGGTCGAGGTGATCCGCGCGGAACCACCGGCACACGCGCCCGTGACG
GATTCCCTGAACCTCGTCGTCGATTCCACGCCGTTCCGGAAGATCACCGGCTGGCGCCCG
GAGATCTCGCTGTCCGACGGAGTACGCCGCACCGTCGCCGCTTTGACGTCATCAGTTGAG
GGAAAGGTTCGCACATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001509 NAD-dependent epimerase/dehydratase (Domain) PF01370 Epimerase IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain) G3DSA:3.40.50.720 NAD(P)-bd
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Vanco_00280 Vanco_00300