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Vanco_00300 : CDS information

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Organism
StrainATCC 19795 (=NBRC 12806)
Entry nameVancomycin
Contig
Start / Stop / Direction60,314 / 61,423 / + [in whole cluster]
60,314 / 61,423 / + [in contig]
Location60314..61423 [in whole cluster]
60314..61423 [in contig]
TypeCDS
Length1,110 bp (369 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
Productputative dTDP-hexose C-3 aminotransferase
Product (GenBank)putative C-3 aminotransferase
Gene
Gene (GenBank)vcaB
EC number2.6.1.-
Keyword
  • L-vancosamine
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
comment
A. orientalis ATCC 19795でのvancomycin生合成 gene clusterとして配列が登録されているが、cluster報告論文なし。このORFに関する続報もなし。
Related Reference
ACC
R4T063
PmId
[24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014)
comment
BLAST id93%
Amycolatopsis orientalis HCCB10007_(AORI_1500)

vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。

AORI_1500(vcaB): Aminotransferase

このORFに関しては配列解析のみ。
Figure 5ではVasBとされていて、dTDP-L-vancosamineの生合成に割り当てられている。
ACC
O52807
NITE
Chlor_00260
PmId
[11035791] Deoxysugars in glycopeptide antibiotics: enzymatic synthesis of TDP-L-epivancosamine in chloroeremomycin biosynthesis. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2000)
comment
BLAST id89%
Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis)
PCZA361.5
ORF25(EvaB)に相当するentry.

dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucoseからdTDP-L-epivancosamineを生合成する5つの酵素を、E.coliで発現・精製し、特徴づけしている。

ORF23はdTDP-6-deoxy-4-keto-D-glucoseを基質として、2,6-dideoxy-3,4-diketo-dTDP sugarの分解化合物をもたらした。ORF23とORF25の組み合わせは、C-3アミノ基がequatorialなdTDP-3-amino-2,3,6-trideoxy-D-threo-hexopyranos-4-uloseをもたらした。

ORF25の補酵素としてPLPを使用。amino donorとして6つのアミノ酸を調査し、L-Gluが好まれた補助基質であると同定した。

すべての結果から提唱されている経路は次の通り。

dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose

↓ ORF23(EvaA): C-2 deoxygenation

↓ ORF25(EvaB): C-3 amination

dTDP-3-amino-2,3,6-trideoxy-D-threo-hexopyranos-4-ulose

↓ ORF14(EvaC): C-3 methylation

dTDP-3-amino-2,3,6-trideoxy-3-C-methyl-D-erythro-hexopyranos-4-ulose

↓ ORF26(EvaD): C-5 epimerization

↓ ORF24(EvaE): C-4 ketoreduction

dTDP-L-epivancosamine

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selected fasta
>putative dTDP-hexose C-3 aminotransferase [putative C-3 aminotransferase]
MTTRVWDYLAEYEAERLDLLDAVETVFNSGQLVLGASLRGFEAEFAAYHGVGHCVGLDNG
TNAIKLGLQALGVGPGDEVITVSNTAAPTVVAIDGTGATPVFVDVREDDFLMDTTQVEAA
ITERTKCLLPVHLYGQCVDLAPLKELAAKHGLSLLEDCAQAHGARQNGTVAGSTGDAAAF
SFYPTKVLGAYGDGGATITSDEAVERKLRRLRYYGMEERYYTVETPAHNSRLDEVQAEIL
RRKLKRLDAYVDGRRAVARRYEEGLGDTELKLPKTTPGNEHVYYVYVVRHPRRDEILERL
KAYDIHLNISYPWPVHTMTGFAHLGYGTGSLPVTEKLAGEIFSLPMYPALSTDLQDKVVH
AVREVLSAL
selected fasta
>putative dTDP-hexose C-3 aminotransferase [putative C-3 aminotransferase]
ATGACCACGCGTGTATGGGACTACCTGGCCGAATACGAGGCCGAGCGGCTCGACCTGCTC
GACGCGGTCGAGACGGTCTTCAACTCGGGCCAGCTCGTTCTCGGCGCGAGCCTGCGCGGC
TTCGAAGCGGAGTTCGCCGCCTATCACGGGGTCGGTCACTGTGTCGGCCTCGACAACGGC
ACGAACGCGATCAAGCTCGGCCTGCAGGCCCTCGGGGTCGGACCGGGCGACGAGGTGATC
ACGGTGTCGAACACCGCCGCCCCGACCGTGGTCGCCATCGACGGCACCGGCGCCACCCCG
GTCTTCGTCGACGTCCGCGAGGACGACTTCCTGATGGACACCACACAGGTCGAGGCCGCG
ATCACCGAGCGGACCAAATGCCTGCTGCCCGTGCACCTGTACGGCCAGTGCGTGGACCTG
GCCCCGCTGAAGGAACTCGCCGCGAAGCACGGACTGTCCCTTTTGGAGGATTGCGCCCAG
GCACACGGGGCCCGGCAGAACGGGACGGTCGCCGGTTCGACCGGTGACGCGGCCGCGTTC
TCCTTCTATCCCACCAAGGTGCTCGGCGCCTACGGCGACGGCGGCGCGACCATCACGTCC
GACGAAGCCGTGGAGCGCAAGCTGCGGAGGCTGCGGTACTACGGCATGGAAGAGCGTTAC
TACACGGTGGAAACGCCCGCCCACAACAGCCGTCTCGACGAGGTCCAGGCCGAGATCCTG
CGGCGCAAGCTCAAGCGGCTCGACGCCTACGTCGACGGACGCCGTGCCGTCGCCCGGCGC
TACGAAGAAGGCCTCGGCGACACCGAGCTGAAACTGCCGAAGACCACCCCCGGCAACGAG
CACGTGTACTACGTGTACGTGGTACGCCACCCGCGGCGCGACGAGATCCTCGAACGCCTC
AAGGCGTACGACATCCACCTGAACATCAGCTATCCGTGGCCGGTGCACACCATGACCGGG
TTCGCCCACCTCGGCTACGGCACGGGTTCGCTGCCGGTCACCGAGAAGCTGGCGGGCGAG
ATCTTCTCGCTCCCGATGTATCCCGCGCTTTCCACCGATCTGCAGGACAAGGTCGTCCAC
GCGGTCCGCGAAGTGCTGTCCGCCCTCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000653 DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase (Family)
[1-368] 2.89997807423186e-89 PIRSF000390
PIRSF000390   PLP_StrS
[18-363] 2.50000000000001e-115 PF01041
PF01041   DegT_DnrJ_EryC1
IPR015421 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (Domain)
[19-246] 6.7999999999999e-75 G3DSA:3.40.640.10
G3DSA:3.40.640.10   PyrdxlP-dep_Trfase_major_sub1
IPR015422 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2 (Domain)
[247-367] 1.2e-37 G3DSA:3.90.1150.10
G3DSA:3.90.1150.10   PyrdxlP-dep_Trfase_major_sub2
IPR015424 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (Domain)
[16-369] 3.49999466863949e-101 SSF53383
SSF53383   PyrdxlP-dep_Trfase_major
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Vanco_00290 Vanco_00290   Vanco_00310 Vanco_00310
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