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Vanco_00310 : CDS information

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Organism
StrainATCC 19795 (=NBRC 12806)
Entry nameVancomycin
Contig
Start / Stop / Direction61,447 / 62,064 / + [in whole cluster]
61,447 / 62,064 / + [in contig]
Location61447..62064 [in whole cluster]
61447..62064 [in contig]
TypeCDS
Length618 bp (205 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
Productputative dTDP-3-amino-4-keto-2,3,6-trideoxy-3-C-methyl-D-glucose 5-epimerase
Product (GenBank)dTDP-4-keto-6-deoxyglucose 3,5-epimerase
Gene
Gene (GenBank)vcaD
EC number5.1.3.-
Keyword
  • L-vancosamine
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
comment
A. orientalis ATCC 19795でのvancomycin生合成 gene clusterとして配列が登録されているが、cluster報告論文なし。このORFに関する続報もなし。
Related Reference
ACC
R4SKI5
PmId
[24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014)
comment
BLAST id84%
Amycolatopsis orientalis HCCB10007_(AORI_1501)

vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。

AORI_1501(vcaD): Epimerase

このORFに関しては配列解析のみ。
Figure 5ではVasDとされていて、dTDP-L-vancosamineの生合成に割り当てられている。
ACC
O52806
NITE
Chlor_00270
PmId
[11035791] Deoxysugars in glycopeptide antibiotics: enzymatic synthesis of TDP-L-epivancosamine in chloroeremomycin biosynthesis. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2000)
[12077451] Purification, crystallization and preliminary structural studies of dTDP-4-keto-6-deoxy-glucose-5-epimerase (EvaD) from Amycolatopsis orientalis, the fourth enzyme in the dTDP-L-epivancosamine biosynthetic pathway. (Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. , 2002)
[15159413] The position of a key tyrosine in dTDP-4-Keto-6-deoxy-D-glucose-5-epimerase (EvaD) alters the substrate profile for this RmlC-like enzyme. (J Biol Chem. , 2004)
comment
BLAST id79%
Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis)
PCZA361.16
ORF26(EvaD)に相当するentry.

---
[PMID: 11035791](2000)
dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucoseからdTDP-L-epivancosamineを生合成する5つの酵素を、E.coliで発現・精製し、特徴づけしている。

ORF26でdTDP-3-amino-2,3,6-trideoxy-3-C-methyl-D-erythro-hexopyranos-4-uloseを反応させると、分子量は変わらないがchromatographyだと明らかに異なる化合物をもたらしたことから、ORF26はC-5 epimeraseとして機能すると予測された。C-5での重水素の取り込みで、これを確認している。

すべての結果から提唱されている経路は次の通り。

dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose

↓ ORF23(EvaA): C-2 deoxygenation

↓ ORF25(EvaB): C-3 amination

dTDP-3-amino-2,3,6-trideoxy-D-threo-hexopyranos-4-ulose

↓ ORF14(EvaC): C-3 methylation

dTDP-3-amino-2,3,6-trideoxy-3-C-methyl-D-erythro-hexopyranos-4-ulose

↓ ORF26(EvaD): C-5 epimerization

↓ ORF24(EvaE): C-4 ketoreduction

dTDP-L-epivancosamine

---
[PMID: 12077451] (2002)
dTDP-3-amino-4-keto-2,3,6-trideoxy-3-C-methyl-glucose-5-epimerase (EvaD)の結晶構造解析。

---
[PMID: 15159413](2004)
結晶構造解析のグループの続報。EvaDの構造解析と生化学的特徴づけ。

EvaDはRmlCクラスの酵素なのにdouble epimerization活性がとても低いのは、触媒残基Tyrの位置に関係することをmutant作成などで確認している。

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selected fasta
>putative dTDP-3-amino-4-keto-2,3,6-trideoxy-3-C-methyl-D-glucose 5-epimerase [dTDP-4-keto-6-deoxyglucose 3,5-epimerase]
MQARKLAVEGAIEFTPRVFPDDRGLFVSPFQEEAFAEARGGPLFRVAQTNHSMSKRGVVR
GVHYTMTPPGIAKYVYCARGSVLDIVVDIRVGSPTFGRWDAVLLDQRDHRAMYFPVGVGH
AFVALEDDSVMWYMLSASYVPRNELALSALDPALDLPIDASVEPILSDRDKVAITLAEAE
RQGLLPDYATSLELERRLSEVPLTA
selected fasta
>putative dTDP-3-amino-4-keto-2,3,6-trideoxy-3-C-methyl-D-glucose 5-epimerase [dTDP-4-keto-6-deoxyglucose 3,5-epimerase]
GTGCAAGCACGCAAACTGGCCGTCGAGGGCGCGATCGAGTTCACTCCCCGGGTCTTCCCC
GACGACCGCGGCCTGTTCGTCTCGCCGTTCCAGGAAGAGGCCTTCGCCGAGGCCCGCGGC
GGTCCGCTCTTCCGGGTGGCGCAGACGAACCACAGCATGTCCAAACGCGGCGTGGTGCGG
GGAGTCCACTACACCATGACGCCGCCCGGGATCGCGAAGTACGTCTACTGCGCCCGCGGC
AGTGTCCTGGACATCGTGGTCGACATCCGGGTCGGTTCGCCGACGTTCGGCCGGTGGGAC
GCGGTCCTGCTCGACCAGCGGGACCACCGGGCGATGTACTTCCCGGTCGGCGTCGGCCAC
GCGTTCGTGGCGCTCGAAGACGACAGCGTCATGTGGTACATGCTCTCCGCGAGCTACGTA
CCGCGGAACGAACTCGCCCTCTCGGCGCTGGATCCCGCGCTGGACCTGCCCATCGACGCG
AGTGTCGAGCCGATCCTGTCCGATCGGGACAAGGTGGCCATCACCCTCGCCGAGGCCGAG
CGGCAGGGGCTGCTGCCGGATTACGCCACCAGCCTGGAACTCGAGCGACGGCTTTCCGAA
GTCCCGCTCACCGCCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000888 dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related (Family)
[1-183] PD001462
PD001462   dTDP_sugar_isom
[4-178] 4.10000000000004e-58 PF00908
PF00908   dTDP_sugar_isom
IPR011051 RmlC-like cupin domain (Domain)
[1-183] 1.3000049540733e-66 SSF51182
SSF51182   RmlC_like_cupin
IPR014710 RmlC-like jelly roll fold (Domain)
[1-189] 1.2e-59 G3DSA:2.60.120.10
G3DSA:2.60.120.10   RmlC-like_jellyroll
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Vanco_00300 Vanco_00300   Vanco_00320 Vanco_00320
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