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Vanco_00330 : CDS information

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Organism
StrainATCC 19795 (=NBRC 12806)
Entry nameVancomycin
Contig
Start / Stop / Direction63,284 / 63,937 / + [in whole cluster]
63,284 / 63,937 / + [in contig]
Location63284..63937 [in whole cluster]
63284..63937 [in contig]
TypeCDS
Length654 bp (217 aa)
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Category2.1 modification addition of extender units
Productputative enoyl-CoA hydratase
Product (GenBank)putative enoyl-CoA-hydratase isomerase
Gene
Gene (GenBank)dpgB
EC number4.2.1.-
Keyword
  • Dpg
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
comment
A. orientalis ATCC 19795でのvancomycin生合成 gene clusterとして配列が登録されているが、cluster報告論文なし。個々のタンパクなどでの続報もなし。
Related Reference
ACC
O52796
NITE
Chlor_00290
PmId
[11752437] Glycopeptide antibiotic biosynthesis: enzymatic assembly of the dedicated amino acid monomer (S)-3,5-dihydroxyphenylglycine. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2001)
comment
BLAST id78%
Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis)
PCZA361.7

ORF28, dpgBに相当するentry.

---
chloroeremomycin産生株A. orientalis NRRL 18098由来dpgA-D（もともとはORFs 27-30としてリストされたもの）を、E. coliで発現・精製し、酵素活性と産物同定の実験に使用している。

DpgAはmalonyl-CoAから3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA(DPA-CoA)とCoASHを産生。DPA-CoAはかろうじて検出できる程度だが、DpgBを追加すると劇的に産生促進された。DpgB単独ではmalonyl-CoAを基質として活性を持たない。DpgA/DpgBによるmalonyl-CoA利用のkcat and Km値測定あり。

DpgBの代わりにDpgDを加えてもDpgA活性に影響はなかったが、DpgA/DpgBにDpgDを加えるとさらに2倍の増加が見られた。

DpgB and DpgDは、β-hydroxy acyl-CoA基質→α,β-enoyl-CoAsへの可逆的dehydrationを触媒するcrotonase superfamilyのメンバーに似ていることから、いくつかのenoyl-CoA and β-hydroxy acyl-CoA基質でテストされた。crotonyl- and β-methylcrotonyl-CoAでのhydratase活性が検出されたが、kcat値が低かったのでこれらは生理学的基質ではない。Dpg生合成では逆反応のdehydratasesとして働き、DPA-SR(R = DpgA or CoA)へのaromatizationを促進するのかもしれない。
ACC
R4SVB0
PmId
[24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014)
comment
BLAST id78%
Amycolatopsis orientalis HCCB10007_(AORI_1503)

vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。

AORI_1503(dpgB): Isomerase

このORFに関しては配列解析のみ。
Figure 5ではL-Dpg合成に割り当てられている。

close this sectionSequence

selected fasta
>putative enoyl-CoA hydratase [putative enoyl-CoA-hydratase isomerase]
MNGELVLRLDGARPLSPASVEELSALCDRAEDDREAGPVTVHVTGVPSAGWTAGLTVGLV
SKWERVVRRFERLGRLTIAVASGECAGTALDLLLAADLRIVTPGTRLRLAPVGGSTWPGM
SVYRLTQQAGAAGIRRAVLLGTPIEVDRALALNLVDEVSDDPAKTLAGLAEAAAALDGAE
TAIRRQLIFEDGSTTFEDALGAHLAAADRALRREATS
selected fasta
>putative enoyl-CoA hydratase [putative enoyl-CoA-hydratase isomerase]
ATGAACGGCGAACTTGTGCTGCGTCTCGACGGCGCCCGTCCGCTTTCCCCCGCGTCGGTC
GAGGAGCTGAGCGCGCTCTGCGACCGCGCCGAGGACGACCGGGAAGCGGGTCCGGTCACC
GTCCACGTCACGGGCGTCCCGTCGGCGGGATGGACCGCCGGGCTGACGGTCGGGCTGGTC
TCCAAATGGGAACGGGTGGTGCGCCGGTTCGAGCGGCTCGGCAGGCTCACGATCGCCGTC
GCGTCGGGCGAATGCGCCGGAACGGCCTTGGACCTCCTCCTCGCCGCCGACCTCCGGATC
GTCACCCCGGGGACCCGGTTGCGGCTCGCCCCCGTCGGCGGTTCGACCTGGCCTGGGATG
TCCGTGTACCGGCTCACCCAGCAAGCCGGTGCGGCGGGGATCCGGCGGGCCGTGCTGCTC
GGAACCCCGATCGAGGTCGACCGCGCGCTCGCCCTCAACCTGGTCGACGAGGTGTCCGAC
GATCCGGCGAAGACGCTGGCCGGACTGGCCGAGGCGGCCGCCGCCCTCGACGGCGCGGAG
ACCGCGATCCGCCGTCAGCTGATCTTCGAAGACGGCTCGACCACCTTCGAGGACGCGCTC
GGCGCGCATCTGGCCGCCGCGGACCGGGCTTTGCGACGGGAAGCCACGTCGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001753 Crotonase, core (Domain)
[61-162] 9.60000000000001e-10 PF00378
PF00378   ECH
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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