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Vanco_00340 : CDS information

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Organism
StrainATCC 19795 (=NBRC 12806)
Entry nameVancomycin
Contig
Start / Stop / Direction63,934 / 65,238 / + [in whole cluster]
63,934 / 65,238 / + [in contig]
Location63934..65238 [in whole cluster]
63934..65238 [in contig]
TypeCDS
Length1,305 bp (434 aa)
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Category2.1 modification addition of extender units
Productputative 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase
Product (GenBank)hydroxyacyl-dehydrogenase
Gene
Gene (GenBank)dpgC
EC number
Keyword
  • Dpg
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
comment
A. orientalis ATCC 19795でのvancomycin生合成 gene clusterとして配列が登録されているが、cluster報告論文なし。個々のタンパクなどでの続報もなし。
Related Reference
ACC
O52812
NITE
Chlor_00300
PmId
[11752437] Glycopeptide antibiotic biosynthesis: enzymatic assembly of the dedicated amino acid monomer (S)-3,5-dihydroxyphenylglycine. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2001)
[15380180] DpgC is a metal- and cofactor-free 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase in the vancomycin biosynthetic pathway. (Chem Biol. , 2004)
comment
BLAST id85%
Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis)
PCZA361.8

ORF29, dpgCに相当するentry.

---
[PMID: 11752437](2001)
chloroeremomycin産生株A. orientalis NRRL 18098由来dpgA-D（もともとはORFs 27-30としてリストされたもの）を、E. coliで発現・精製し、酵素活性と産物同定の実験に使用している。

DpgAはmalonyl-CoAから3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA(DPA-CoA)とCoASHを産生することがHPLC解析で確認された。DPA-CoAはかろうじて検出できる程度だが、DpgBを追加すると劇的に産生促進された。

DpgA/DpgBの反応にDpgCを追加したときと、合成DPA-CoAとDpgCを反応させたときに、3,5-dihydroxyphenylglyoxylateの産生とCoASHの放出が見られた。
よってDpgCは、DPA-CoA → 3,5-dihydroxyphenylglyoxylateへの変換をする。

DpgCは嫌気下で活性を示さなかったのでoxygenaseであると示唆されたが、有機cofactorや金属イオンとの結合は見られなかった。

---
[PMID: 15380180](2004)
DpgCによるDPA-CoA → 3,5-dihydroxyphenylglyoxylate (DPGx)への変換メカニズムをさらに調べている。DpgCは酸素移動過程によりthioester切断を媒介する1,2-dioxygenaseであることを確立している。
ACC
R4SZ98
PmId
[24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014)
comment
BLAST id75%
Amycolatopsis orientalis HCCB10007_(AORI_1504)

vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。

AORI_1504(dpgC): Thioesterase

このORFに関しては配列解析のみ。
Figure 5ではL-Dpg合成に割り当てられている。

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selected fasta
>putative 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase [hydroxyacyl-dehydrogenase]
MTTDSPTLSLSPGLDHRALAKAAQRVDELLDGLPSPSARTPAQREAASSALDEIRAARTE
YVEAHAEEIYDRLTDGRTRYLRLDELVRAAASAYPGLVPTEAQMAAERSRRQAEKEGREI
DQGIFLRGILSAPKAGPHLLDAMLRPTARALELLPEFVETGVVRMEAASLERRDGVAYLT
LCRDDCLNAEDAQQVDDMETAVDLALLDPAVRVGMLRGGVMSHPRYAGRRVFCAGINLKK
LSSGDIPLVDFLLRRELGYIHKIVRGVATDGSWRARVIDKPWLAAVDSFAIGGGAQLLLV
FDHVVAASDAYFSLPAATEGIIPGAANYRLSRFTGPRLARQVILGGRRITADEPDARLLV
DQVVPPEEMDAAIESALAALDGDAVRANRRMVNLAEEPPDGFRRYMAEFALQQALRIYGA
DVIGKVGGFAAGSR
selected fasta
>putative 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase [hydroxyacyl-dehydrogenase]
GTGACCACGGATTCCCCGACGCTGTCGCTTTCGCCGGGGCTCGACCATCGAGCCCTGGCG
AAGGCGGCACAGCGTGTCGACGAGCTGCTCGACGGGTTGCCGTCGCCCTCGGCCAGGACG
CCCGCGCAGCGTGAGGCCGCGTCCTCGGCGCTGGACGAGATCAGGGCGGCGCGGACGGAG
TACGTGGAAGCGCACGCCGAGGAGATCTACGACCGGCTCACCGACGGCCGCACCCGCTAT
CTACGCCTCGACGAACTCGTCCGGGCCGCCGCGTCGGCCTATCCCGGCCTGGTGCCCACG
GAGGCGCAGATGGCGGCCGAGCGGTCCCGACGGCAGGCGGAGAAGGAAGGCCGTGAGATC
GATCAGGGCATTTTCCTGCGCGGGATCCTGAGCGCGCCGAAAGCCGGGCCGCATCTGCTC
GACGCCATGCTCAGGCCCACCGCCAGGGCGCTGGAGCTGCTGCCGGAGTTCGTCGAGACC
GGTGTGGTGCGGATGGAGGCCGCCTCCCTGGAGCGCCGTGACGGCGTCGCGTACCTGACC
CTGTGCCGGGACGACTGCCTGAACGCCGAGGACGCCCAGCAGGTCGACGACATGGAGACC
GCGGTCGATCTGGCGCTGCTCGACCCGGCCGTCCGGGTGGGGATGCTGCGGGGCGGCGTG
ATGAGCCATCCCCGGTACGCGGGGCGCCGGGTGTTCTGCGCGGGGATCAACCTCAAGAAG
CTGAGTTCGGGCGACATCCCGCTCGTCGATTTCCTCCTGCGGCGGGAATTGGGCTATATC
CACAAGATCGTGCGCGGGGTGGCCACGGACGGTTCGTGGCGAGCACGGGTGATCGACAAG
CCCTGGCTGGCGGCCGTCGATTCCTTCGCCATCGGGGGCGGGGCCCAGCTCCTGCTGGTC
TTCGACCACGTGGTGGCGGCGTCCGACGCCTATTTCTCCCTGCCCGCGGCGACCGAGGGG
ATCATTCCCGGCGCCGCGAACTACCGGCTTTCGCGGTTCACCGGGCCGCGGCTCGCCCGG
CAGGTGATCCTCGGCGGCCGCCGGATCACGGCGGACGAGCCGGACGCCCGGCTGCTCGTC
GACCAGGTCGTCCCGCCGGAGGAGATGGACGCGGCGATCGAGAGCGCGCTCGCCGCCCTC
GACGGCGACGCGGTGCGCGCCAACCGGCGCATGGTGAATCTCGCCGAGGAACCGCCGGAC
GGATTCCGCCGGTACATGGCCGAGTTCGCCCTGCAACAGGCTTTGCGCATCTACGGCGCC
GACGTGATCGGCAAGGTCGGCGGCTTCGCGGCGGGGTCGCGATGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001753 Crotonase, core (Domain)
[171-391] 5.00000000000001e-22 PF00378
PF00378   ECH
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Vanco_00330 Vanco_00330   Vanco_00350 Vanco_00350
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