Vanco_00350 : CDS information

Location

Organism	Amycolatopsis orientalis
Strain	ATCC 19795 (=NBRC 12806)
Entry name	Vancomycin
Contig	HE589771
Start / Stop / Direction	65,235 / 66,032 / + [in whole cluster] 65,235 / 66,032 / + [in contig]
Location	65235..66032 [in whole cluster] 65235..66032 [in contig]
Type	CDS
Length	798 bp (265 aa)

Annotation

Category	2.1 modification addition of extender units
Product	putative enoyl-CoA hydratase
Product (GenBank)	putative enoyl-CoA hydratase
Gene
Gene (GenBank)	dpgD
EC number	4.2.1.-
Keyword	Dpg
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC G4V4T7 comment A. orientalis ATCC 19795でのvancomycin生合成 gene clusterとして配列が登録されているが、cluster報告論文なし。個々のタンパクなどでの続報もなし。
Related Reference	ACC O52797 NITE Chlor_00310 PmId [11752437] Glycopeptide antibiotic biosynthesis: enzymatic assembly of the dedicated amino acid monomer (S)-3,5-dihydroxyphenylglycine. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2001) comment BLAST id86% Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis) PCZA361.9 ORF30, dpgDに相当するentry. --- chloroeremomycin産生株A. orientalis NRRL 18098由来dpgA-D（もともとはORFs 27-30としてリストされたもの）を、E. coliで発現・精製し、酵素活性と産物同定の実験に使用している。 DpgAはmalonyl-CoAから3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA(DPA-CoA)とCoASHを産生。DPA-CoAはかろうじて検出できる程度だが、DpgBを追加すると劇的に産生促進された。DpgB単独ではmalonyl-CoAを基質として活性を持たない。DpgA/DpgBによるmalonyl-CoA利用のkcat and Km値測定あり。 DpgBの代わりにDpgDを加えてもDpgA活性に影響はなかったが、DpgA/DpgBにDpgDを加えるとさらに2倍の増加が見られた。 DpgB and DpgDは、β-hydroxy acyl-CoA基質→α,β-enoyl-CoAsへの可逆的dehydrationを触媒するcrotonase superfamilyのメンバーに似ていることから、いくつかのenoyl-CoA and β-hydroxy acyl-CoA基質でテストされた。crotonyl- and β-methylcrotonyl-CoAでのhydratase活性が検出されたが、kcat値が低かったのでこれらは生理学的基質ではない。Dpg生合成では逆反応のdehydratasesとして働き、DPA-SR(R = DpgA or CoA)へのaromatizationを促進するのかもしれない。
Related Reference	ACC R4T068 PmId [24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014) comment BLAST id89% Amycolatopsis orientalis HCCB10007_(AORI_1505) vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。 AORI_1505(dpgD): Dehydration protein このORFに関しては配列解析のみ。 Figure 5ではL-Dpg合成に割り当てられている。

Sequence

>putative enoyl-CoA hydratase [putative enoyl-CoA hydratase]
MSETRVRYEKKDHVAYVTMDRPAVLNAMDRRMHEELAGIWDDVEADDDVRAVVLTGAGDR
AFSVGQDLKERARLNESGVAPTTFGSGGQAGHPRLTDRFTLSKPVVARVRGYALGGGFEL
VLACDIVIAAEDAVFALPEVRLGLIAGAGGVFRLPRQLPQKVAMGYLLTGRRMDAATALR
HGLVNEVVPAAELDQCVADWTDSLVRAAPLSVRAIKEAALRSVDLPLEEAFTTSYHWEER
RRRSADAIEGVRAFAEKRDPIWTGQ

>putative enoyl-CoA hydratase [putative enoyl-CoA hydratase]
ATGAGCGAAACCCGGGTGCGGTACGAGAAGAAGGACCACGTCGCCTACGTGACGATGGAC
CGGCCCGCCGTGCTGAACGCGATGGACCGGCGGATGCACGAGGAACTCGCCGGGATCTGG
GACGACGTCGAGGCCGACGACGACGTCAGGGCGGTGGTGCTGACCGGCGCCGGGGACCGC
GCGTTCTCCGTCGGGCAGGACCTCAAGGAACGCGCCCGGCTGAACGAATCGGGCGTCGCG
CCCACGACGTTCGGCAGCGGGGGACAGGCGGGACATCCCCGGCTGACGGACCGGTTCACG
CTGTCCAAACCGGTGGTCGCCCGGGTGCGCGGGTACGCGCTGGGCGGCGGTTTCGAGCTG
GTGCTCGCCTGCGACATCGTCATCGCCGCCGAGGACGCGGTCTTCGCGCTGCCGGAGGTC
CGGCTCGGCCTGATCGCCGGGGCGGGAGGCGTGTTCCGGCTGCCCCGGCAGCTGCCGCAG
AAGGTGGCGATGGGCTATCTGCTGACGGGGCGCCGGATGGACGCGGCCACGGCGCTGCGC
CACGGGCTGGTCAACGAGGTCGTCCCGGCGGCCGAGCTGGACCAGTGCGTCGCGGACTGG
ACCGACAGCCTGGTGCGGGCCGCCCCGCTTTCGGTCCGCGCGATCAAGGAGGCCGCGTTG
CGGTCGGTGGACCTTCCGCTCGAAGAAGCGTTCACGACGTCCTATCACTGGGAAGAGCGC
CGACGCCGGAGCGCGGACGCGATCGAGGGTGTCCGTGCCTTCGCCGAAAAACGCGATCCG
ATATGGACGGGGCAGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001753 Crotonase, core (Domain) PF00378 ECH IPR018376 Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site (Conserved_site) PS00166 ENOYL_COA_HYDRATASE
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Vanco_00340 Vanco_00360