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Teicp_00210 : CDS information

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Organism
StrainDSM 43866 (=NBRC 13999)
Entry nameTeicoplanin
Contig
Start / Stop / Direction48,296 / 49,450 / + [in whole cluster]
48,296 / 49,450 / + [in contig]
Location48296..49450 [in whole cluster]
48296..49450 [in contig]
TypeCDS
Length1,155 bp (384 aa)
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Category3.3 modification reduction
Productcytochrome P450
Product (GenBank)P450 monooxygenase
GeneoxyE
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • 2nd cross-linking
  • F-O-G ring
Note
Note (GenBank)
  • ORF6*
Reference
ACC
PmId
[15113000] Biosynthetic gene cluster of the glycopeptide antibiotic teicoplanin: characterization of two glycosyltransferases and the key acyltransferase. (Chem Biol. , 2004)
[20974107] Structural characterization of CYP165D3, a cytochrome P450 involved in phenolic coupling in teicoplanin biosynthesis. (Arch Biochem Biophys. , 2011)
[21445994] Crystal structure of a phenol-coupling P450 monooxygenase involved in teicoplanin biosynthesis. (Proteins. , 2011)
comment
[PMID: 15113000](2004)
DSM 43866株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。

tei orf6*: P450 monooxygenase

配列比較においてbalhimycin生合成genesに対応物のないOrf6*は、残基1-3の架橋を触媒する候補である。

---
[PMID: 20974107](2011)
DSMZ 43866株を使用しているが、gene nameはATCC 31121株由来のtcpを採用している。

tcp18(内容から判断してtcp18→tcp19の間違い)によってコードされるOxyE (CYP165D3)をクローニング、発現、精製し、基質結合を調査。配列解析、結晶構造解析もしている。OxyBを除くOxy proteinsは、基質ペプチドにPCPとOxyBによる架橋の存在を必要とする。

---
[PMID: 21445994](2011)
ATCCから購入したActinoplanes teichomyceticusを使用。
cytochrome P450 monooxygenase Orf6* (CYP165D3)の結晶構造解析。
Related Reference
ACC
Q6ZZI7
NITE
Teicp2_00280
PmId
[11386360] Teicoplanin biosynthesis genes in Actinoplanes teichomyceticus. (Antonie Van Leeuwenhoek. , 2000)
[14702401] Organization of the teicoplanin gene cluster in Actinoplanes teichomyceticus. (Microbiology. , 2004)
[25686610] X-domain of peptide synthetases recruits oxygenases crucial for glycopeptide biosynthesis. (Nature. , 2015)
comment
DSM 43866株でのtei orf6*とAA配列完全一致。
UniProt同一entry.

---
[PMID: 11386360, 14702401]
ATCC 31121株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。

tcp ORF19: Oxy, cross-linking aa 1-3

balhimycin生合成cluster genesと高い相同性があることから、AA4-6間の架橋形成が割り当てられている。

配列比較においてbalhimycin clusterに対応物はないが、sta and dbv clustersにはあるORF19は、AA1-3の架橋に関与するはずである。

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[PMID: 25686610](2015)
SUPPLEMENTARY INFORMATION内のリストでATCC 31121株由来UniProt entryの記載があるが、同グループの他論文(PMID: 20974107, 25358800, 25586301)ではDSM43866株を使用してATCC 31121株由来のgene nameを採用している混乱があるため、同様の可能性あり。

X-domainの結晶構造解析や相互作用の実験から、X-domainがcytochrome P450(oxy genesでコードされる)による架橋形成に関与することがわかった。OxyA-CはX-domainと相互作用するが、OxyEはしない。OxyAとOxyBによる架橋形成には、X-domainを含む基質を必要とする。
ACC
Q8KLL8
NITE
A4793_00080
PmId
[17884639] The biosynthesis of teicoplanin-type glycopeptide antibiotics: assignment of p450 mono-oxygenases to side chain cyclizations of glycopeptide a47934. (Chem Biol. , 2007)
comment
BLAST id87%
Streptomyces toyocaensis
Cytochrome P450 hydroxylase(StaG)
teicoplanin-type glycopeptide A47934生合成cluster gene

---
[PMID: 17884639](2007)
架橋形成に関するP450 monooxygenasesの調査。

mutants(ΔstaF, ΔstaG, ΔstaH, ΔstaJ）に蓄積した中間体の解析により、各架橋形成は特異的なoxygenaseへ明白に割り当てられ、環化の順番も決定された。
1) C-O-D by StaH
2) F-O-G by StaG
3) D-O-E by StaF
4) AB by StaJ

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selected fasta
>cytochrome P450 [P450 monooxygenase]
MALPLPHQRLRLDPVPEFEELQKAGPLHEYDTEPGMDGRKQWLVTGHDEVRAILADHERF
SSMRPVDDEADRALLPGILQAYDPPDHTRLRRTVAPAYSARRMERLRPRIEEIVEECLDD
FESVGAPVDFVRHAAWPIPAYIACEFLGVPRDDQAELSRMIRESRESRLPRQRTLSGLGI
VNYTKRLTSGKRRDPGDGMIGVIVREHGAEISDEELAGLAEGNLIMAAEQMAAQLAVAVL
LLVTHPDQMALLREKPELIDSATEEVLRHASIVEAPAPRVALADVRMAGRDIHAGDVLTC
SMLATNRAPGDRFDITREKATHMAFGHGIHHCIGAPLARLQLRVALPAVVGRFPSLRLAV
PEEDLRFKPGRPAPFAVEELPLEW
selected fasta
>cytochrome P450 [P450 monooxygenase]
ATGGCACTTCCTCTGCCGCATCAGCGGCTCCGGCTCGATCCGGTGCCGGAGTTCGAAGAG
CTGCAAAAAGCTGGGCCCCTGCACGAATACGACACCGAGCCGGGCATGGACGGCCGTAAG
CAGTGGCTGGTCACCGGACATGACGAGGTCCGCGCGATCCTCGCCGACCACGAGCGGTTC
AGTTCCATGCGGCCGGTCGACGACGAGGCGGATCGCGCCCTGTTGCCGGGAATCCTGCAG
GCGTACGACCCGCCGGATCACACCCGGCTGCGCAGGACGGTGGCCCCGGCGTATTCCGCC
CGACGGATGGAGCGGCTGCGACCCCGCATCGAGGAGATCGTCGAAGAGTGCTTGGACGAC
TTCGAGAGCGTGGGCGCGCCGGTCGACTTCGTCCGACATGCCGCCTGGCCCATCCCCGCG
TACATCGCCTGCGAATTCCTCGGCGTCCCGCGTGACGACCAGGCGGAGTTGTCGCGGATG
ATCAGGGAGAGCCGGGAGAGTCGGCTTCCCCGGCAGCGGACCCTGTCGGGTCTGGGCATC
GTCAATTACACCAAGCGGTTGACCTCCGGCAAACGCCGTGATCCTGGCGACGGGATGATC
GGCGTGATCGTGCGCGAACACGGCGCTGAGATCAGCGACGAGGAATTGGCGGGGCTCGCC
GAGGGGAACCTGATCATGGCGGCGGAGCAGATGGCCGCGCAGCTGGCGGTCGCGGTGCTC
CTGCTGGTGACCCACCCCGACCAGATGGCGCTGCTGCGCGAGAAACCGGAGCTCATCGAC
AGCGCCACCGAGGAAGTGCTGCGCCACGCGTCCATCGTCGAGGCCCCGGCTCCCCGGGTG
GCGCTCGCTGACGTGCGCATGGCCGGACGCGACATCCATGCCGGCGATGTCCTGACGTGT
TCCATGCTGGCGACCAATCGCGCCCCGGGAGATCGGTTCGACATCACCCGGGAGAAAGCC
ACCCACATGGCATTCGGACACGGCATCCACCACTGTATCGGGGCGCCGCTGGCCCGGCTC
CAGCTGCGGGTGGCGCTGCCGGCGGTGGTCGGCCGGTTCCCGTCTTTGCGGCTGGCGGTC
CCGGAGGAGGACCTGCGGTTCAAACCGGGCAGGCCGGCACCCTTCGCGGTAGAGGAGCTT
CCCCTTGAGTGGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001128 Cytochrome P450 (Family)
[11-384] 1.19999063421924e-77 SSF48264
SSF48264   Cytochrome_P450
[257-353] 8.40000000000001e-11 PF00067
PF00067   p450
[9-384] 9.3000000000001e-87 G3DSA:1.10.630.10
G3DSA:1.10.630.10   Cyt_P450
IPR002397 Cytochrome P450, B-class (Family)
[82-93] 1.50000306971104e-30 PR00359 [129-145] 1.50000306971104e-30 PR00359 [146-161] 1.50000306971104e-30 PR00359 [182-204] 1.50000306971104e-30 PR00359 [261-272] 1.50000306971104e-30 PR00359 [323-332] 1.50000306971104e-30 PR00359 [332-343] 1.50000306971104e-30 PR00359
PR00359   BP450
IPR017972 Cytochrome P450, conserved site (Conserved_site)
[325-334] PS00086
PS00086   CYTOCHROME_P450
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Teicp_00200 Teicp_00200   Teicp_00220 Teicp_00220
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