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Teicp_00280 : CDS information

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Organism
StrainDSM 43866 (=NBRC 13999)
Entry nameTeicoplanin
Contig
Start / Stop / Direction58,171 / 59,955 / + [in whole cluster]
58,171 / 59,955 / + [in contig]
Location58171..59955 [in whole cluster]
58171..59955 [in contig]
TypeCDS
Length1,785 bp (594 aa)
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Category5.1 general function
Productputative carboxylic acid--ACP ligase
putative acyl-ACP synthetase
Product (GenBank)Acyl-CoA synthase
Gene
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • ORF13*
Reference
ACC
PmId
[15113000] Biosynthetic gene cluster of the glycopeptide antibiotic teicoplanin: characterization of two glycosyltransferases and the key acyltransferase. (Chem Biol. , 2004)
[27285718] Characterization of the Post-Assembly Line Tailoring Processes in Teicoplanin Biosynthesis. (ACS Chem Biol. , 2016)
comment
[PMID: 15113000](2004)
DSM 43866株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。

tei orf13*: Acyl-CoA synthase

orf13*は他の関連gene clusterに対応物がない。配列解析からorf13*はacyl-CoA synthaseをコードするようなので、ORF11*によるN-acylationのacyl donorとしてacyl-ACPよりもacyl-CoAが使用されるという考えが裏付けられる。

---
[PMID: 27285718](2016)
acyl-CoA-synthetase Tei13* がなくても、Teicoplanin産生には困らない。
Related Reference
ACC
Q70AY2
NITE
Teicp2_00350
PmId
[14702401] Organization of the teicoplanin gene cluster in Actinoplanes teichomyceticus. (Microbiology. , 2004)
comment
DSM 43866株 tei orf13*との違いはN末の長さのみ。

---
ATCC 31121株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。

tcp ORF26: Acyl-CoA ligase

ORF26はputative acyl-CoA ligaseをコードする。配列解析のみ。
ACC
Q50E76
PmId
comment
BLAST id45%
Streptomyces filamentosus (Streptomyces roseosporus)_dptE
Acyl-CoA ligase

daptomycin生合成において脂質化に関与すると考えられているdptEとdptFのクローニング、異種性発現、精製したタンパクの生化学的特徴づけ。

DptEはATPを消費して中〜長鎖分枝脂肪酸を優先的に活性化してacyl-AMPとし、これをCoAではなく、他のACPより特異的にDptF(同族のACP)へ移すことが確認されている。
ACC
D2IKP9
PmId
comment
BLAST id43%
Streptomyces sp. 88-682_rkA
Palmitoyl-CoA synthetase

protein phosphatase inhibitor RK-682生合成に関与するrk genesについての報告。

single-module PKS multienzyme RkCでの伸長の前にRkAがpalmitic acidを活性化してそれをACP RkBへロードするという提唱をテストするため、palmitic acid, CoA, ATP, MgCl2 and RkAを含んだ混合物にholo-RkBを追加したところ、palmitic acid → palmitoyl-S-RkB への実質的変換(約80%)が起こった。

in vitroの結果に一致して、rkAのin-frame deletion mutantはRK-682の産生が約2000倍減少した。mutantはまだわずかな量のRK-682を産生したので、他の酵素が（たとえ弱くても）RkAを代替できるのかもしれない。

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selected fasta
>putative carboxylic acid--ACP ligase [Acyl-CoA synthase]
MATAPDLVTLIRQHVAGRPDADAVGFLTDPDDIRGGVVSWTYGQLDREARGYAAWLQQRL
PAGSRVLLLYPNGLDFVAAFFGCLYAGMIAVPAPLPGRYRHHQHRVATISADARVSAVLT
TAAHLGEVRDWARACGLDHLLIAVGDEPEFGDPAGWTPASPERATIALLQYTSGSTGDPK
GVVVTHDNILYNLDACVRGLRWPDDWRVGGWLPLYHDLAMQGLLNMAVVRGGYALLMEPV
SFVRDPVRWLRTIAEHDIQVTFAPTFAYQLCLDRVTDEQLAALDLSGWKIAGNAAEPVNP
AILAAFAEKFAPAGFRPESFAPIYGMAEATGYISGEVGRAPLVRTVGLDALAHGRLADPA
PDEPVREIVSCGTPNEACDIRVVDPETSRVRPDGWLGEIWIRGRSVSPGYWSDAGPAFAA
VTAEGEDGFLRTGDLGVLQDGELYVHGRLKETFTVHGRHLYPHDVEQELRARHPELGKCG
AVFPGRAPGAGGARGVVVTHEVTNAARDRLPELAAGLRHTVGRAFGVEVSAVLLLRPGAV
LRTTSGKIRRSAMRELFHEGKLTALYQHPPAPREPLPYVGDPSPATRVTSLSRP
selected fasta
>putative carboxylic acid--ACP ligase [Acyl-CoA synthase]
ATGGCCACCGCACCCGATCTCGTAACTCTGATCCGTCAGCATGTCGCCGGGCGGCCGGAC
GCCGACGCCGTCGGCTTTCTCACCGACCCGGACGACATCCGCGGCGGGGTCGTGTCGTGG
ACCTACGGGCAGCTCGACCGGGAGGCTCGCGGGTACGCGGCCTGGTTGCAGCAGCGCCTG
CCCGCCGGCTCGCGGGTGCTGCTGCTGTATCCCAACGGGCTCGACTTCGTCGCGGCGTTC
TTCGGCTGCCTGTATGCCGGCATGATCGCGGTACCGGCGCCGCTGCCCGGCCGTTATCGC
CATCACCAACATCGGGTCGCGACCATCAGCGCCGATGCCCGGGTCAGCGCGGTCCTGACC
ACGGCGGCGCATCTGGGGGAGGTCCGCGACTGGGCTCGGGCGTGCGGACTGGACCACCTG
CTGATCGCGGTCGGCGACGAACCGGAGTTCGGCGATCCGGCGGGCTGGACGCCGGCGTCA
CCGGAACGTGCGACCATCGCGCTGTTGCAGTACACGTCCGGGTCGACCGGCGACCCGAAG
GGAGTCGTGGTCACCCACGACAACATCCTGTACAACTTGGATGCCTGCGTCCGGGGCCTG
CGCTGGCCGGACGACTGGCGGGTGGGCGGGTGGCTTCCGCTCTACCACGACCTGGCGATG
CAGGGGCTGCTCAACATGGCCGTCGTGCGCGGCGGCTATGCCTTGCTGATGGAGCCGGTC
TCGTTCGTGCGCGATCCGGTGCGCTGGCTGCGGACGATAGCCGAACACGACATCCAGGTG
ACGTTCGCGCCCACCTTCGCGTACCAACTGTGCCTCGACCGGGTCACCGACGAGCAGCTG
GCCGCTCTCGATCTGTCCGGCTGGAAGATCGCCGGGAACGCCGCGGAGCCGGTGAACCCG
GCGATCCTGGCCGCGTTCGCTGAGAAGTTCGCGCCGGCCGGGTTCCGCCCCGAGTCCTTC
GCGCCCATCTACGGGATGGCGGAGGCCACCGGCTACATCAGCGGGGAGGTGGGGCGTGCG
CCGCTGGTGCGTACCGTCGGCCTCGACGCGCTCGCCCATGGCCGGCTCGCCGACCCGGCG
CCGGACGAGCCGGTACGCGAAATCGTCAGCTGCGGCACTCCGAACGAGGCGTGCGACATC
CGTGTGGTGGACCCGGAGACGTCGCGCGTGCGGCCCGACGGGTGGTTGGGCGAGATCTGG
ATACGCGGGCGCAGCGTGTCCCCGGGCTACTGGAGCGATGCCGGGCCGGCCTTCGCCGCG
GTGACGGCCGAGGGGGAGGACGGCTTCCTGCGTACCGGCGACCTCGGCGTGCTGCAGGAC
GGTGAGCTGTACGTGCACGGCCGGCTCAAGGAGACGTTCACCGTGCACGGTCGCCACCTC
TACCCGCACGACGTCGAGCAGGAACTGCGCGCACGGCACCCGGAACTCGGCAAGTGCGGC
GCGGTCTTCCCGGGACGGGCTCCCGGCGCCGGCGGCGCGCGGGGCGTGGTCGTGACCCAT
GAGGTGACCAACGCGGCGCGGGATCGGCTGCCGGAGCTGGCCGCCGGGTTACGGCATACC
GTGGGGCGGGCATTCGGCGTCGAGGTCTCCGCGGTGCTGCTGCTACGTCCGGGTGCCGTG
CTGCGTACCACCAGCGGGAAGATCCGCCGCTCGGCCATGCGTGAGCTGTTCCACGAGGGA
AAGCTGACCGCTCTCTACCAGCATCCTCCGGCGCCGCGGGAGCCGCTGCCCTACGTGGGG
GATCCGTCGCCGGCGACCAGGGTGACCAGCCTTTCGCGTCCGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000873 AMP-dependent synthetase/ligase (Domain)
[41-477] 2.09999999999996e-82 PF00501
PF00501   AMP-binding
IPR020845 AMP-binding, conserved site (Conserved_site)
[169-180] PS00455
PS00455   AMP_BINDING
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Teicp_00270 Teicp_00270   Teicp_00290 Teicp_00290
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