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Teicp2_00350 : CDS information

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Organism
StrainATCC 31121 (=NBRC 13999)
Entry nameTeicoplanin
Contig
Start / Stop / Direction64,782 / 66,578 / + [in whole cluster]
64,782 / 66,578 / + [in contig]
Location64782..66578 [in whole cluster]
64782..66578 [in contig]
TypeCDS
Length1,797 bp (598 aa)
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Category5.1 general function
Productputative carboxylic acid--ACP ligase
putative acyl-ACP synthetase
Product (GenBank)acyl-CoA ligase
Gene
Gene (GenBank)tcp26
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[14702401] Organization of the teicoplanin gene cluster in Actinoplanes teichomyceticus. (Microbiology. , 2004)
comment
ATCC 31121株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。

tcp ORF26: Acyl-CoA ligase

ORF26はputative acyl-CoA ligaseをコードする。配列解析のみ。
Related Reference
ACC
Q6ZZI0
NITE
Teicp_00280
PmId
[15113000] Biosynthetic gene cluster of the glycopeptide antibiotic teicoplanin: characterization of two glycosyltransferases and the key acyltransferase. (Chem Biol. , 2004)
comment
ATCC 31121株 tcp ORF26との違いはN末の長さのみ。

---
DSM 43866株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。

tei orf13*: Acyl-CoA synthase

orf13*は他の関連gene clusterに対応物がない。配列解析からorf13*はacyl-CoA synthaseをコードするようなので、ORF11*によるN-acylationのacyl donorとしてacyl-ACPよりもacyl-CoAが使用されるという考えが裏付けられる。
ACC
Q50E76
PmId
comment
BLAST id45%
Streptomyces filamentosus (Streptomyces roseosporus)_dptE
Acyl-CoA ligase

daptomycin生合成において脂質化に関与すると考えられているdptEとdptFのクローニング、異種性発現、精製したタンパクの生化学的特徴づけ。

DptEはATPを消費して中〜長鎖分枝脂肪酸を優先的に活性化してacyl-AMPとし、これをCoAではなく、他のACPより特異的にDptF(同族のACP)へ移すことが確認されている。
ACC
D2IKP9
PmId
comment
BLAST id43%
Streptomyces sp. 88-682_rkA
Palmitoyl-CoA synthetase

protein phosphatase inhibitor RK-682生合成に関与するrk genesについての報告。

single-module PKS multienzyme RkCでの伸長の前にRkAがpalmitic acidを活性化してそれをACP RkBへロードするという提唱をテストするため、palmitic acid, CoA, ATP, MgCl2 and RkAを含んだ混合物にholo-RkBを追加したところ、palmitic acid → palmitoyl-S-RkB への実質的変換(約80%)が起こった。

in vitroの結果に一致して、rkAのin-frame deletion mutantはRK-682の産生が約2000倍減少した。mutantはまだわずかな量のRK-682を産生したので、他の酵素が（たとえ弱くても）RkAを代替できるのかもしれない。

close this sectionSequence

selected fasta
>putative carboxylic acid--ACP ligase [acyl-CoA ligase]
MGYDMATAPDLVTLIRQHVAGRPDADAVGFLTDPDDIRGGVVSWTYGQLDREARGYAAWL
QQRLPAGSRVLLLYPNGLDFVAAFFGCLYAGMIAVPAPLPGRYRHHQHRVATISADARVS
AVLTTAAHLGEVRDWARACGLDHLLIAVGDEPEFGDPAGWTPASPERATIALLQYTSGST
GDPKGVVVTHDNILYNLDACVRGLRWPDDWRVGGWLPLYHDLAMQGLLNMAVVRGGYALL
MEPVSFVRDPVRWLRTIAEHDIQVTFAPTFAYQLCLDRVTDEQLAALDLSGWKIAGNAAE
PVNPAILAAFAEKFAPAGFRPESFAPIYGMAEATGYISGEVGRAPLVRTVGLDALAHGRL
ADPAPDEPVREIVSCGTPNEACDIRVVDPETSRVRPDGWLGEIWIRGRSVSPGYWSDAGP
AFAAVTAEGEDGFLRTGDLGVLQDGELYVHGRLKETFTVHGRHLYPHDVEQELRARHPEL
GKCGAVFPGRAPGAGGARGVVVTHEVTNAARDRLPELAAGLRHTVGRAFGVEVSAVLLLR
PGAVLRTTSGKIRRSAMRELFHEGKLTALYQHPPAPREPLPYVGDPSPATRVTSLSRP
selected fasta
>putative carboxylic acid--ACP ligase [acyl-CoA ligase]
ATGGGCTACGACATGGCCACCGCACCCGATCTCGTAACTCTGATCCGTCAGCATGTCGCC
GGGCGGCCGGACGCCGACGCCGTCGGCTTTCTCACCGACCCGGACGACATCCGCGGCGGG
GTCGTGTCGTGGACCTACGGGCAGCTCGACCGGGAGGCTCGCGGGTACGCGGCCTGGTTG
CAGCAGCGCCTGCCCGCCGGCTCGCGGGTGCTGCTGCTGTATCCCAACGGGCTCGACTTC
GTCGCGGCGTTCTTCGGCTGCCTGTATGCCGGCATGATCGCGGTACCGGCGCCGCTGCCC
GGCCGTTATCGCCATCACCAACATCGGGTCGCGACCATCAGCGCCGATGCCCGGGTCAGC
GCGGTCCTGACCACGGCGGCGCATCTGGGGGAGGTCCGCGACTGGGCTCGGGCGTGCGGA
CTGGACCACCTGCTGATCGCGGTCGGCGACGAACCGGAGTTCGGCGATCCGGCGGGCTGG
ACGCCGGCGTCACCGGAACGTGCGACCATCGCGCTGTTGCAGTACACGTCCGGGTCGACC
GGCGACCCGAAGGGAGTCGTGGTCACCCACGACAACATCCTGTACAACTTGGATGCCTGC
GTCCGGGGCCTGCGCTGGCCGGACGACTGGCGGGTGGGCGGGTGGCTTCCGCTCTACCAC
GACCTGGCGATGCAGGGGCTGCTCAACATGGCCGTCGTGCGCGGCGGCTATGCCTTGCTG
ATGGAGCCGGTCTCGTTCGTGCGCGATCCGGTGCGCTGGCTGCGGACGATAGCCGAACAC
GACATCCAGGTGACGTTCGCGCCCACCTTCGCGTACCAACTGTGCCTCGACCGGGTCACC
GACGAGCAGCTGGCCGCTCTCGATCTGTCCGGCTGGAAGATCGCCGGGAACGCCGCGGAG
CCGGTGAACCCGGCGATCCTGGCCGCGTTCGCTGAGAAGTTCGCGCCGGCCGGGTTCCGC
CCCGAGTCCTTCGCGCCCATCTACGGGATGGCGGAGGCCACCGGCTACATCAGCGGGGAG
GTGGGGCGTGCGCCGCTGGTGCGTACCGTCGGCCTCGACGCGCTCGCCCATGGCCGGCTC
GCCGACCCGGCGCCGGACGAGCCGGTACGCGAAATCGTCAGCTGCGGCACTCCGAACGAG
GCGTGCGACATCCGTGTGGTGGACCCGGAGACGTCGCGCGTGCGGCCCGACGGGTGGTTG
GGCGAGATCTGGATACGCGGGCGCAGCGTGTCCCCGGGCTACTGGAGCGATGCCGGGCCG
GCCTTCGCCGCGGTGACGGCCGAGGGGGAGGACGGCTTCCTGCGTACCGGCGACCTCGGC
GTGCTGCAGGACGGTGAGCTGTACGTGCACGGCCGGCTCAAGGAGACGTTCACCGTGCAC
GGTCGCCACCTCTACCCGCACGACGTCGAGCAGGAACTGCGCGCACGGCACCCGGAACTC
GGCAAGTGCGGCGCGGTCTTCCCGGGACGGGCTCCCGGCGCCGGCGGCGCGCGGGGCGTG
GTCGTGACCCATGAGGTGACCAACGCGGCGCGGGATCGGCTGCCGGAGCTGGCCGCCGGG
TTACGGCATACCGTGGGGCGGGCATTCGGCGTCGAGGTCTCCGCGGTGCTGCTGCTACGT
CCGGGTGCCGTGCTGCGTACCACCAGCGGGAAGATCCGCCGCTCGGCCATGCGTGAGCTG
TTCCACGAGGGAAAGCTGACCGCTCTCTACCAGCATCCTCCGGCGCCGCGGGAGCCGCTG
CCCTACGTGGGGGATCCGTCGCCGGCGACCAGGGTGACCAGCCTTTCGCGTCCGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000873 AMP-dependent synthetase/ligase (Domain)
[45-481] 2.09999999999996e-82 PF00501
PF00501   AMP-binding
IPR020845 AMP-binding, conserved site (Conserved_site)
[173-184] PS00455
PS00455   AMP_BINDING
SignalP No significant hit
TMHMM
[71-93] Transmembrane (i-o)
Transmembrane 1   
Teicp2_00340 Teicp2_00340   Teicp2_00360 Teicp2_00360
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