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A4793_00140 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 15009
Entry nameA47934
Contig
Start / Stop / Direction43,398 / 41,455 / - [in whole cluster]
43,398 / 41,455 / - [in contig]
Locationcomplement(41455..43398) [in whole cluster]
complement(41455..43398) [in contig]
TypeCDS
Length1,944 bp (647 aa)
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Category4.3 transport
Productputative ABC transporter ATP-binding/permease protein
Product (GenBank)StaU
GenestaU
ORF20
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • ABC transporter
Reference
ACC
PmId
[12060705] Assembling the glycopeptide antibiotic scaffold: The biosynthesis of A47934 from Streptomyces toyocaensis NRRL15009. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2002)
comment
Streptomyces toyocaensis NRRL15009由来A47934生合成gene clusterの同定論文。

34のORFsからなるclusterは、A47934の生合成とその調節に必要だと予測される遺伝子をすべて含む。グリコペプチド耐性を担う酵素をコードするORFsも含む。

StaU: ABC transporter

本文中ではstaTと述べられている。putative integral membrane ion transporter StaNと協力して、もしくは単独で、細胞内部から環境へ抗生物質を排出する役割をするかもしれない。配列解析のみ。
Related Reference
ACC
Q799B1
NITE
Balhi_00060
PmId
[17693715] The border sequence of the balhimycin biosynthesis gene cluster from Amycolatopsis balhimycina contains bbr, encoding a StrR-like pathway-specific regulator. (J Mol Microbiol Biotechnol. , 2007)
[17823795] The ABC transporter Tba of Amycolatopsis balhimycina is required for efficient export of the glycopeptide antibiotic balhimycin. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2007)
comment
BLAST id71%
Amycolatopsis balhimycina_abc
Putative ABC transporter ATP-binding protein

---
[PMID: 17693715](2007)
グリコペプチド系抗生物質balhimycinの生合成gene clusterの追加報告。
新たにVanS, VanR, VanY, Bbr, Pdh, Tba, Dahpを同定している。

Tba(651aa) : ABC transporter ATP-binding protein

Tbaのpromoter領域にregulator Bbrが結合することが確認されている。

---
[PMID: 17823795](2007)
配列解析から、ABC-transporter様遺伝子によってコードされるTbaはexporterであると示唆された。Tbaに似ているものとして、CZA382.30(O52818)が挙げられている。

E. coliで発現、精製されたTbaは、ATPase活性を有する活性型であることが確認された。

tba不活化mutantは生育やグリコペプチド耐性に影響しなかったが、細胞外balhimycin濃度が減少し、細胞内balhimycin濃度は10倍高くなった。

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selected fasta
>putative ABC transporter ATP-binding/permease protein [StaU]
MVMMPSIGGALRAGGGADPEPSRISPGTSRRVIAYLRPHSGKIAVFVVVAVLESLIVVAT
PLLLKQIVDEGILKHDSKTVTLLACLTAGLAVLDALLQLALAYIAGAIGQGVSYDLRIRA
IGHVQRLPVAFFTRTQTGVLVGRLHTDLIMTQQAFSQLLMAVTGAVSVVLVMAELFYLSW
LVALITLVLIPLFLIPWVYVGRVIQRHTRQSMEVNAGLAGLLQERFNVQGAMLSKLFGRP
HEEMAEYEDRSRKLRRIGVNVVVFSRMAFIIMALMASLATALTYGVGGGLVLSGTFQLGT
LVALATLLGRLFGPITQLSGMQANAVIVLVSFDRIFELLDLKPLIEERSDAVVLRSDTAP
EIEFEDVSFRYPGADEVSLPSLEQNVRGGREPGEATPEVLRHVSLHAPAGTLTALVGPSG
AGKSTLTHLVSRLYDPTSGTVRVGGLDLRDLSFASLHETVGVVSQDTYLFHDTIRENLRY
ARPSAMEDEVIEACKGAQIWDLIESLPRGLDTVVGDRGYRLSGGEKQRLAIARLLLKAPS
VVVLDEATAHLDSESEAAVQRALRTALRDRTSLVIAHRLSTIREADQIVVIDDGGVRERG
THEELLAEGGLYAELYHTQFANSGGDGAAPEGDGAGPVPQMAAEGGR
selected fasta
>putative ABC transporter ATP-binding/permease protein [StaU]
ATGGTCATGATGCCGTCCATCGGGGGGGCGCTGAGGGCCGGCGGAGGTGCTGATCCCGAG
CCGTCCAGGATCAGCCCCGGCACGTCCCGCAGAGTGATCGCCTACCTTCGCCCGCACAGC
GGAAAGATCGCGGTCTTCGTCGTCGTCGCCGTCCTGGAGTCGCTCATCGTGGTGGCGACT
CCGCTGTTGCTCAAGCAGATCGTCGACGAGGGGATCCTCAAGCACGACTCCAAAACCGTC
ACCCTGCTGGCCTGCCTCACCGCCGGGCTCGCCGTCCTCGACGCGTTACTGCAGCTGGCG
CTCGCCTACATCGCCGGTGCGATCGGGCAGGGGGTCAGCTACGACCTCCGGATCCGGGCG
ATCGGTCACGTCCAGCGGCTGCCGGTCGCGTTCTTCACCCGCACCCAGACCGGGGTCCTG
GTCGGACGGCTCCACACGGACCTGATCATGACGCAGCAGGCCTTCAGCCAGCTGCTGATG
GCGGTCACCGGCGCGGTCTCGGTCGTCCTGGTGATGGCCGAGCTGTTCTACCTGTCGTGG
CTCGTCGCCCTCATCACGCTGGTGCTGATCCCGCTGTTCCTCATTCCCTGGGTGTACGTG
GGCCGAGTGATACAGCGGCACACCAGGCAGTCGATGGAGGTGAACGCCGGCCTGGCCGGC
CTGCTGCAGGAGCGGTTCAACGTGCAGGGGGCGATGCTCTCCAAGCTCTTCGGCCGTCCG
CACGAGGAGATGGCCGAGTACGAGGACCGGTCGCGCAAGCTCCGCCGGATCGGGGTGAAC
GTCGTCGTCTTCAGCCGGATGGCCTTCATCATCATGGCGCTGATGGCCTCGCTCGCCACG
GCGCTCACCTACGGGGTCGGCGGCGGCCTCGTGCTCTCCGGGACCTTCCAGCTCGGCACG
CTGGTCGCTCTCGCCACCCTGCTGGGGCGGCTGTTCGGGCCGATCACCCAGCTCTCCGGG
ATGCAGGCGAACGCGGTGATCGTCCTGGTGAGCTTCGACCGGATCTTCGAGCTCCTCGAC
CTGAAGCCGCTGATCGAGGAACGCTCCGACGCCGTCGTGCTCAGGAGCGACACAGCCCCG
GAGATCGAGTTCGAGGACGTGTCGTTCCGCTATCCGGGTGCGGACGAGGTCTCGCTGCCG
TCGCTGGAGCAGAACGTGCGTGGCGGACGGGAGCCGGGGGAGGCGACGCCGGAGGTCCTG
CGCCACGTGAGCCTGCATGCGCCGGCCGGAACCCTCACCGCACTCGTCGGCCCGTCCGGC
GCGGGGAAGAGCACTCTCACCCACCTGGTGTCCCGGCTGTACGACCCGACCTCCGGCACC
GTCCGTGTCGGCGGACTCGATCTGCGGGATCTCTCCTTCGCCTCGCTGCACGAGACGGTG
GGCGTGGTCAGCCAGGACACCTACCTCTTCCACGACACCATTCGGGAGAACCTTCGCTAC
GCCCGTCCGAGCGCCATGGAGGACGAGGTGATCGAGGCGTGCAAGGGGGCCCAGATCTGG
GACCTGATCGAATCCCTCCCGAGAGGGCTCGACACCGTCGTGGGAGACCGCGGCTACCGG
CTGTCGGGCGGGGAGAAGCAGCGACTGGCCATCGCGAGGCTGCTGCTGAAGGCGCCCTCG
GTCGTCGTGCTCGACGAGGCCACCGCTCACCTGGACTCCGAGTCGGAGGCCGCCGTCCAG
CGGGCCCTCAGGACCGCGCTGCGCGACCGCACCTCTCTGGTGATCGCCCACCGGTTGTCC
ACGATCCGCGAGGCCGATCAGATCGTCGTGATCGACGACGGAGGCGTCCGTGAGCGCGGG
ACGCACGAGGAGCTGCTGGCCGAGGGCGGCCTCTACGCGGAGCTGTACCACACGCAGTTC
GCCAATTCGGGTGGCGACGGAGCCGCGCCCGAAGGCGACGGGGCCGGGCCGGTCCCCCAG
ATGGCTGCTGAAGGGGGACGATGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001140 ABC transporter, transmembrane domain (Domain)
[46-314] 1.4e-24 PF00664
PF00664   ABC_membrane
IPR003439 ABC transporter-like (Domain)
[362-618] PS50893
PS50893   ABC_TRANSPORTER_2
[424-549] 1.3e-23 PF00005
PF00005   ABC_tran
IPR003593 AAA+ ATPase domain (Domain)
[409-595] 3.39999972437717e-17 SM00382
SM00382   AAA
IPR011527 ABC transporter, transmembrane domain, type 1 (Domain)
[18-343] 4.60000044330866e-65 SSF90123
SSF90123   ABC_TM_1
IPR017871 ABC transporter, conserved site (Conserved_site)
[521-535] PS00211
PS00211   ABC_TRANSPORTER_1
IPR017940 ABC transporter, integral membrane type 1 (Domain)
[44-321] PS50929
PS50929   ABC_TM1F
SignalP No significant hit
TMHMM
[43-64] Transmembrane (i-o) [79-101] Transmembrane (o-i) [154-173] Transmembrane (i-o) [178-200] Transmembrane (o-i) [262-284] Transmembrane (i-o)
Transmembrane 5   
A4793_00130 A4793_00130   A4793_00150 A4793_00150
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