A4793_00140 A4793_00140   A4793_00160 A4793_00160

A4793_00150 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 15009
Entry nameA47934
Contig
Start / Stop / Direction43,657 / 44,352 / + [in whole cluster]
43,657 / 44,352 / + [in contig]
Location43657..44352 [in whole cluster]
43657..44352 [in contig]
TypeCDS
Length696 bp (231 aa)
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Category4.1 transcriptional regulator
Productputative two-component system response regulator
Product (GenBank)VanRst
GenevanRst
ORF19
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • two-domain response regulator
Reference
ACC
PmId
[12060705] Assembling the glycopeptide antibiotic scaffold: The biosynthesis of A47934 from Streptomyces toyocaensis NRRL15009. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2002)
comment
Streptomyces toyocaensis NRRL15009由来A47934生合成gene clusterの同定論文。

34のORFsからなるclusterは、A47934の生合成とその調節に必要だと予測される遺伝子をすべて含む。グリコペプチド耐性を担う酵素をコードするORFsも含む。

VanRst: Two-domain response regulator

ORFs 18 and 19 (vanRst and vanSst) は、vancomycin耐性腸球菌(VRE)でグリコペプチド耐性遺伝子調節を担うvanR and vanSのhomologuesである。配列解析のみ。
Related Reference
ACC
Q8CJW1
PmId
[16420361] ( , )
comment
BLAST id90%
Streptomyces coelicolor_SCO3590
Putative two-component system response regulator
vanRに相当するentry.

---
[PMID: 15130128](2004)
vancomycinに高い耐性のあるS. coelicolorで、vancomycin耐性cluster(vanSRJKHAX)を同定。vanR and vanSはこれらの転写誘導を媒介するtwo-componentシグナル伝達システムをコードする。

van genesは4つの転写ユニットvanRS, vanJ, vanK, vanHAXに組織化され、これら転写物はvanR依存様式でvancomycinにより誘導されることがvanR mutantを使って確認された。

---
[PMID: 16420361](2006)
vancomycin耐性VanRS two-componentシグナル伝達システムについてmutantを使って調査している。

vancomycinがないと、acetyl phosphateがVanRをリン酸化し、VanSは脱リン酸化酵素として働き、リン酸化VanRのレベルを抑制する。vancomycinへの暴露でVanS活性は脱リン酸化酵素 → リン酸化酵素 へとスイッチし、リン酸化VanRによってvan genesが発現されvancomycin耐性が誘導される。
ACC
Q799B5
NITE
Balhi_00020
PmId
[21690280] Self-resistance and cell wall composition in the glycopeptide producer Amycolatopsis balhimycina. (Antimicrob Agents Chemother. , 2011)
comment
BLAST id88%
Amycolatopsis balhimycina_vanR
Putative two-component system response regulator

vancomycin様グリコペプチドであるbalhimycinの生合成gene clusterにあるaccessory resistance gene orthologs vanY, vnlR(vanR), vnlS(vanS)の役割を調査している論文。

balhimycin産生A. balhimycinaでは、耐性を媒介するvanHAX genesはbalhimycin生合成clusterから2Mb離れた染色体上にある。vanHAXはbalhimycin産生開始前から恒常的に発現されていることがRT-PCR実験で確認された。

in-frame vnlR deletion mutantは、balhimycinの存在下で普通に生育することができ、wild株に匹敵するレベルのbalhimycinを産生した。よってvnlRはグリコペプチド耐性の発現に必要ではない。

また、このmutantでのvanHAX と vanYの発現レベルはwild株と同じだった。よって、vnlRはA. balhimycinaにおいてvanHAX と vanYを調節しない。

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selected fasta
>putative two-component system response regulator [VanRst]
MRVLIVEDELYMAEAIRDGLRLEAIAADIAGDGDTALELLSVNAYDIAVLDRDIPGPSGD
EVAERIVATGSGMPILMLTAADRLDDKASGFQLGADDYLTKPFELRELILRIRALDRRRA
HIRPPVREIAGLRLDPFRREVYRDDRYIALTRKQFAVLEVLVAAEGGVVSAEELLERAWD
ENADSFTNAVRITVSALRKRLGEPQIIATVPGVGYRIATPTDIRREGDAGA
selected fasta
>putative two-component system response regulator [VanRst]
ATGCGTGTCTTGATCGTCGAGGACGAGCTGTACATGGCAGAGGCCATCCGCGACGGGCTG
CGCCTGGAGGCGATCGCGGCGGACATCGCCGGAGACGGCGACACCGCGTTGGAGCTACTG
AGCGTCAACGCCTACGACATCGCCGTTCTCGACCGCGACATTCCCGGCCCTTCCGGTGAC
GAGGTCGCCGAGCGGATCGTCGCGACGGGATCCGGAATGCCCATCCTCATGCTCACCGCC
GCCGACCGGCTCGACGACAAGGCCTCCGGGTTTCAGCTCGGTGCCGACGACTACCTCACC
AAGCCGTTCGAACTGCGTGAACTGATCCTCCGGATCAGGGCGCTCGACCGCAGGCGCGCG
CACATAAGGCCGCCCGTGCGGGAGATCGCGGGCCTGCGCCTGGACCCCTTCCGTCGCGAG
GTCTACCGCGACGACCGCTACATCGCACTCACCCGCAAACAATTCGCCGTGCTCGAAGTG
CTCGTCGCCGCCGAGGGCGGCGTCGTCAGCGCCGAGGAACTGTTGGAGCGGGCCTGGGAC
GAGAACGCCGACTCGTTCACCAACGCCGTGCGTATCACGGTCTCGGCTCTGCGCAAACGC
CTCGGTGAACCTCAGATCATCGCCACCGTGCCCGGCGTCGGATACCGGATTGCCACCCCG
ACGGACATCAGGCGTGAGGGCGATGCGGGTGCATAG

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001789 Signal transduction response regulator, receiver domain (Domain)
[3-112] 5.69999999999998e-21 PF00072
PF00072   Response_reg
[1-112] 4.40000933643891e-32 SM00448
SM00448   REC
[2-116] PS50110
PS50110   RESPONSE_REGULATORY
IPR001867 Signal transduction response regulator, C-terminal (Domain)
[145-217] 1.20000117458134e-22 SM00862
SM00862   Trans_reg_C
[147-217] 6.40000000000001e-19 PF00486
PF00486   Trans_reg_C
IPR011006 CheY-like superfamily (Domain)
[1-187] 1.40000506907309e-34 SSF52172
SSF52172   CheY_like
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[126-219] 1.4e-25 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
A4793_00140 A4793_00140   A4793_00160 A4793_00160
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