A4793_00150 A4793_00150   A4793_00170 A4793_00170

A4793_00160 : CDS information

close this sectionLocation

Organism
StrainNRRL 15009
Entry nameA47934
Contig
Start / Stop / Direction44,345 / 45,442 / + [in whole cluster]
44,345 / 45,442 / + [in contig]
Location44345..45442 [in whole cluster]
44345..45442 [in contig]
TypeCDS
Length1,098 bp (365 aa)
Click on the icon to see Genetic map.

close this sectionAnnotation

Category5.1 general function
Productputative two-component system histidine kinase
Product (GenBank)VanSst
GenevanSst
ORF18
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
  • The N-terminal position was modified from original INSDC entry.
Note (GenBank)
  • Transmembrane histidine kinase
Reference
ACC
PmId
[12060705] Assembling the glycopeptide antibiotic scaffold: The biosynthesis of A47934 from Streptomyces toyocaensis NRRL15009. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2002)
comment
Streptomyces toyocaensis NRRL15009由来A47934生合成gene clusterの同定論文。

34のORFsからなるclusterは、A47934の生合成とその調節に必要だと予測される遺伝子をすべて含む。グリコペプチド耐性を担う酵素をコードするORFsも含む。

VanSst: Transmembrane histidine kinase

ORFs 18 and 19 (vanRst and vanSst) は、vancomycin耐性腸球菌(VRE)でグリコペプチド耐性遺伝子調節を担うvanR and vanSのhomologuesである。配列解析のみ。
Related Reference
ACC
Q9X942
PmId
[16420361] ( , )
[20383152] ( , )
[23836175] ( , )
comment
BLAST id67%
Streptomyces coelicolor_SCO3589
Putative two component sensor kinase
vanSに相当するentry.

---
[PMID: 15130128](2004)
vancomycinに高い耐性のあるS. coelicolorで、vancomycin耐性cluster(vanSRJKHAX)を同定。vanR and vanSはこれらの転写誘導を媒介するtwo-componentシグナル伝達システムをコードする。

van genesは4つの転写ユニットvanRS, vanJ, vanK, vanHAXに組織化され、これら転写物はvanR依存様式でvancomycinにより誘導されることがvanR mutantを使って確認された。

---
[PMID: 16420361](2006)
vancomycin耐性VanRS two-componentシグナル伝達システムについてmutantを使って調査している。

vancomycinがないと、acetyl phosphateがVanRをリン酸化し、VanSは脱リン酸化酵素として働き、リン酸化VanRのレベルを抑制する。vancomycinへの暴露でVanS活性は脱リン酸化酵素 → リン酸化酵素 へとスイッチし、リン酸化VanRによってvan genesが発現されvancomycin耐性が誘導される。

---
[PMID: 20383152](2010) abstract
vancomycinは直接的にS. coelicolor VanS (VanSsc)を結合し、この結合は耐性と相関し、vanH, vanA, vanXの発現に要求されることが実験的に示されている。

---
[PMID: 23836175](2013)
VanS sensor kinaseは、細胞壁ペプチドグリカン前駆体のD-Ala-D-Ala末端と結合したvancomycinにより活性される。

close this sectionSequence

selected fasta
>putative two-component system histidine kinase [VanSst]
MHRAPGMSVRLKFTLSYAGFVMLAGTLMLVTVWVYLLRGLPDAASSPNGLVPVRAIVLHA
YAPATAVVLALLLVFGLLGGWLLAGRMLAPLTRITDATRTAANGSLSHRIELEGRKDEFR
ELADAFDTMLARLEAHVAEQRRFAATASHELRTPLAITKALLEVTINGPGRDLGELIGRL
HNVNARAIDLTEALLLLSRADQRSFTREPVDLSLNVEEAVETLLPLAEKHGVAIEASGDI
TPAMGSRALLLQLTVNLIHNAIVHNLHGRGIVRVTTGIESGSVTLSVENTGEVLPAQLVS
TLTEPFRRGTERIRQDHAGVGLGLAIVKSITEAHDGTLTIVPRPGGGLQVTVRLPAAPPP
ETLNR
selected fasta
>putative two-component system histidine kinase [VanSst]
GTGCATAGGGCACCGGGCATGAGCGTCCGCCTCAAATTCACCCTCAGCTATGCGGGCTTC
GTCATGCTCGCGGGCACGCTGATGCTGGTCACCGTGTGGGTGTACCTGTTGCGCGGCCTG
CCCGATGCGGCGAGCAGCCCCAACGGGCTCGTACCCGTCCGCGCCATCGTGCTGCACGCC
TACGCTCCGGCGACGGCCGTAGTGCTGGCCCTCCTGCTGGTGTTCGGCCTGCTGGGAGGG
TGGCTGCTCGCCGGCCGGATGCTCGCCCCACTGACCCGCATCACCGACGCCACCCGCACG
GCCGCGAACGGCTCGCTCTCCCACCGGATCGAGCTGGAAGGCCGCAAGGACGAGTTCCGC
GAGCTGGCCGACGCCTTCGACACCATGCTCGCGCGCCTTGAGGCGCACGTCGCCGAGCAG
CGGAGGTTCGCGGCCACCGCCTCCCACGAGCTGCGCACCCCGCTGGCGATCACGAAGGCC
CTTCTCGAAGTGACGATCAACGGCCCGGGGCGAGACCTGGGCGAGCTGATCGGACGCCTC
CACAACGTCAATGCCAGGGCGATCGACCTCACCGAGGCGTTGCTCCTGCTCAGCCGCGCC
GACCAGCGCTCCTTCACCCGGGAGCCCGTCGACCTGTCACTGAACGTCGAGGAGGCCGTC
GAGACACTGCTTCCCCTGGCGGAGAAGCACGGCGTCGCCATCGAGGCCTCCGGCGACATC
ACCCCGGCCATGGGCTCCCGCGCGCTCCTGCTGCAGCTGACGGTCAATCTCATCCATAAC
GCGATCGTCCACAACCTGCACGGTCGGGGCATCGTGCGAGTGACGACCGGCATCGAGTCC
GGAAGCGTGACGCTCAGCGTCGAGAACACCGGCGAGGTTCTCCCGGCTCAGCTGGTCTCG
ACCCTCACCGAGCCCTTCCGGCGGGGCACCGAACGCATCCGCCAGGACCACGCGGGCGTC
GGCCTGGGTCTGGCCATCGTCAAGAGCATCACCGAAGCACACGACGGAACGCTCACCATC
GTCCCGCGACCCGGAGGCGGCCTCCAGGTCACGGTGCGGCTGCCGGCCGCGCCTCCGCCG
GAAACCCTCAACAGGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR003594 ATPase-like, ATP-binding domain (Domain)
[245-358] 1.5e-21 SM00387
SM00387   Histidine kinase-like ATPases
[204-359] 2.1e-34 SSF55874
SSF55874   ATPase domain of HSP90 chaperone/DNA topoisomerase II/histidine kinase
[205-361] 2e-29 G3DSA:3.30.565.10
G3DSA:3.30.565.10   no description
[250-356] 3.6e-18 PF02518
PF02518   HATPase_c
IPR003660 HAMP linker domain (Domain)
[85-138] 11.073 PS50885
PS50885   HAMP
[85-138] 1.8e-12 SM00304
SM00304   HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases,
[66-134] 8.8e-18 PF00672
PF00672   HAMP
IPR003661 Signal transduction histidine kinase, subgroup 1, dimerisation/phosphoacceptor domain (Domain)
[139-203] 4.7e-07 SM00388
SM00388   His Kinase A (phosphoacceptor) domain
[140-202] 3.9e-08 PF00512
PF00512   HisKA
IPR004358 Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal (Domain)
[283-297] 5.4e-09 PR00344 [318-336] 5.4e-09 PR00344 [342-355] 5.4e-09 PR00344
PR00344   BCTRLSENSOR
IPR005467 Signal transduction histidine kinase, core (Domain)
[146-358] 33.832 PS50109
PS50109   HIS_KIN
IPR009082 Signal transduction histidine kinase, homodimeric (Domain)
[121-205] 3e-14 SSF47384
SSF47384   Homodimeric domain of signal transducing histidine kinase
SignalP No significant hit
TMHMM
[13-35] Transmembrane (i-o) [61-83] Transmembrane (o-i)
Transmembrane 2   
A4793_00150 A4793_00150   A4793_00170 A4793_00170
Page top