A4793_00180 A4793_00180   A4793_00200 A4793_00200

A4793_00190 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 15009
Entry nameA47934
Contig
Start / Stop / Direction50,222 / 49,419 / - [in whole cluster]
50,222 / 49,419 / - [in contig]
Locationcomplement(49419..50222) [in whole cluster]
complement(49419..50222) [in contig]
TypeCDS
Length804 bp (267 aa)
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Category2.1 modification addition of extender units
Productputative enoyl-CoA hydratase
Product (GenBank)DpgD
GenedpgD
ORF15
Gene (GenBank)dpgD
EC number4.2.1.-
Keyword
  • Dpg
Note
Note (GenBank)
  • enhances DpgA activity
Reference
ACC
PmId
[12060705] Assembling the glycopeptide antibiotic scaffold: The biosynthesis of A47934 from Streptomyces toyocaensis NRRL15009. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2002)
comment
Streptomyces toyocaensis NRRL15009由来A47934生合成gene clusterの同定論文。

34のORFsからなるclusterは、A47934の生合成とその調節に必要だと予測される遺伝子をすべて含む。グリコペプチド耐性を担う酵素をコードするORFsも含む。

DpgD: Enhances DpgA activity

配列解析のみ。ORFs 12-15は3,5-dihydroxyphenylglycine(DHPG)生合成で機能すると予想される。
Related Reference
ACC
O52797
NITE
Chlor_00310
PmId
[11752437] Glycopeptide antibiotic biosynthesis: enzymatic assembly of the dedicated amino acid monomer (S)-3,5-dihydroxyphenylglycine. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2001)
comment
BLAST id77%
Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis)
PCZA361.9

ORF30, dpgDに相当するentry.

---
chloroeremomycin産生株A. orientalis NRRL 18098由来dpgA-D（もともとはORFs 27-30としてリストされたもの）を、E. coliで発現・精製し、酵素活性と産物同定の実験に使用している。

DpgAはmalonyl-CoAから3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA(DPA-CoA)とCoASHを産生。DPA-CoAはかろうじて検出できる程度だが、DpgBを追加すると劇的に産生促進された。DpgB単独ではmalonyl-CoAを基質として活性を持たない。DpgA/DpgBによるmalonyl-CoA利用のkcat and Km値測定あり。

DpgBの代わりにDpgDを加えてもDpgA活性に影響はなかったが、DpgA/DpgBにDpgDを加えるとさらに2倍の増加が見られた。

DpgB and DpgDは、β-hydroxy acyl-CoA基質→α,β-enoyl-CoAsへの可逆的dehydrationを触媒するcrotonase superfamilyのメンバーに似ていることから、いくつかのenoyl-CoA and β-hydroxy acyl-CoA基質でテストされた。crotonyl- and β-methylcrotonyl-CoAでのhydratase活性が検出されたが、kcat値が低かったのでこれらは生理学的基質ではない。Dpg生合成では逆反応のdehydratasesとして働き、DPA-SR(R = DpgA or CoA)へのaromatizationを促進するのかもしれない。

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selected fasta
>putative enoyl-CoA hydratase [DpgD]
MTGDRTRVRYEKKQHVARITLDRPDVLNAMDLRMHEELAEIWDDVEADDDIRVAVLTGAG
DRAFSVGQDLKERARLDRQGVAPTTFGSRGQPGWPRLTDRFTLYKPVLARVHGYALGGGF
ELALACDLIIASDQAVFALPEARLGLVPGAGGAFRLARQLPEKIAMGYLLTGRRLSAATA
LRHGLVNEVVPADRLDACVQEWTDDLVRSAPLSVRAIKEAAAKSVDMPLEQAFTAEYGWE
ERRRRSSDAVEGVRAFADRRDPVWTGR
selected fasta
>putative enoyl-CoA hydratase [DpgD]
ATGACCGGCGACCGTACGCGGGTGCGCTACGAGAAGAAGCAGCACGTCGCCCGTATCACG
CTCGACCGTCCCGACGTGCTCAACGCGATGGATCTGCGCATGCACGAGGAGCTCGCCGAG
ATCTGGGACGACGTCGAGGCCGACGACGACATCAGGGTCGCCGTGCTGACCGGAGCGGGT
GACCGTGCCTTCTCCGTCGGCCAGGACCTCAAGGAGCGGGCCCGCCTGGACCGTCAGGGC
GTCGCTCCGACGACCTTCGGCAGCCGCGGGCAGCCGGGCTGGCCCCGGCTCACCGACCGC
TTCACGCTGTACAAACCGGTGCTCGCACGGGTCCACGGTTACGCCCTGGGCGGCGGTTTC
GAACTCGCCCTGGCCTGCGACCTGATCATCGCCTCGGACCAGGCGGTCTTCGCCCTGCCC
GAGGCGCGGCTCGGTCTCGTGCCCGGTGCGGGCGGTGCGTTCCGGCTGGCCAGGCAGCTG
CCGGAGAAGATCGCCATGGGGTACCTGCTCACCGGTCGTCGGCTGAGCGCCGCGACGGCC
CTGCGCCACGGGCTCGTCAACGAGGTGGTCCCGGCCGACCGGTTGGACGCCTGCGTCCAG
GAGTGGACCGACGACCTGGTCCGCAGCGCCCCGCTCTCGGTCCGGGCCATCAAGGAAGCC
GCTGCGAAATCCGTCGACATGCCCCTCGAGCAGGCGTTCACCGCCGAGTACGGCTGGGAG
GAGCGCCGCAGGCGCAGCAGCGACGCGGTCGAAGGAGTCCGGGCCTTCGCGGACAGGCGC
GATCCCGTCTGGACCGGCCGCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001753 Crotonase, core (Domain)
[10-257] 5.89999999999994e-61 PF00378
PF00378   ECH
IPR018376 Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site (Conserved_site)
[108-128] PS00166
PS00166   ENOYL_COA_HYDRATASE
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
A4793_00180 A4793_00180   A4793_00200 A4793_00200
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