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A4793_00200 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 15009
Entry nameA47934
Contig
Start / Stop / Direction51,535 / 50,219 / - [in whole cluster]
51,535 / 50,219 / - [in contig]
Locationcomplement(50219..51535) [in whole cluster]
complement(50219..51535) [in contig]
TypeCDS
Length1,317 bp (438 aa)
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Category2.1 modification addition of extender units
Product3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase
Product (GenBank)DpgC
GenedpgC
ORF14
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • Dpg
Note
Note (GenBank)
  • 3,5-Dihydroxyphenylacetyl-CoA oxygenase
Reference
ACC
PmId
[12060705] Assembling the glycopeptide antibiotic scaffold: The biosynthesis of A47934 from Streptomyces toyocaensis NRRL15009. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2002)
[17507985] Structural basis for cofactor-independent dioxygenation in vancomycin biosynthesis. (Nature. , 2007)
[18004875] Substrate recognition and catalysis by the cofactor-independent dioxygenase DpgC. (Biochemistry. , 2007)
[18703850] Not so clear on oxygen. Comment on Structural basis for cofactor-independent dioxygenation in vancomycin biosynthesis by Widboom et al. (2007), Nature (London), 447, 342-345. (Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. , 2008)
comment
[PMID: 12060705](2002)
Streptomyces toyocaensis NRRL15009由来A47934生合成gene clusterの同定論文。

34のORFsからなるclusterは、A47934の生合成とその調節に必要だと予測される遺伝子をすべて含む。グリコペプチド耐性を担う酵素をコードするORFsも含む。

DpgC: 3,5-Dihydroxyphenylacetyl-CoA oxygenase

配列解析のみ。ORFs 12-15は3,5-dihydroxyphenylglycine(DHPG)生合成で機能すると予想される。

---
[PMID: 17507985](2007)
DpgCの結晶構造解析。
疎水性ポケットの性質を理解するため、site-directed mutagenesisを用いて4つの疎水性残基を変異させ、活性への影響があることを確認している。

---
[PMID: 18004875](2007)
PMID: 17507985と同じグループの別報。結晶構造解析。
DpgCはnonproteinogenic amino acid 3,5-dihydroxyphenylglycineの生合成経路に関与する遺伝子。活性化のためのaccessory cofactorsに依存しないoxygenasesに属する酵素。
基質認識と触媒に関与する残基はArg254, Glu299, Glu189。このORFでも全て保存されている。
cofactor-independent dioxygenase DpgCの基質認識と特異性を示した初めての論文だとしている。

---
[PMID: 18703850](2008)
PMID: 17507985の論文に問題があると指摘している。
Related Reference
ACC
O52812
NITE
Chlor_00300
PmId
[11752437] Glycopeptide antibiotic biosynthesis: enzymatic assembly of the dedicated amino acid monomer (S)-3,5-dihydroxyphenylglycine. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2001)
[15380180] DpgC is a metal- and cofactor-free 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase in the vancomycin biosynthetic pathway. (Chem Biol. , 2004)
comment
BLAST id70%
Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis)
PCZA361.8

ORF29, dpgCに相当するentry.

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[PMID: 11752437](2001)
chloroeremomycin産生株A. orientalis NRRL 18098由来dpgA-D（もともとはORFs 27-30としてリストされたもの）を、E. coliで発現・精製し、酵素活性と産物同定の実験に使用している。

DpgAはmalonyl-CoAから3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA(DPA-CoA)とCoASHを産生することがHPLC解析で確認された。DPA-CoAはかろうじて検出できる程度だが、DpgBを追加すると劇的に産生促進された。

DpgA/DpgBの反応にDpgCを追加したときと、合成DPA-CoAとDpgCを反応させたときに、3,5-dihydroxyphenylglyoxylateの産生とCoASHの放出が見られた。
よってDpgCは、DPA-CoA → 3,5-dihydroxyphenylglyoxylateへの変換をする。

DpgCは嫌気下で活性を示さなかったのでoxygenaseであると示唆されたが、有機cofactorや金属イオンとの結合は見られなかった。

---
[PMID: 15380180](2004)
DpgCによるDPA-CoA → 3,5-dihydroxyphenylglyoxylate (DPGx)への変換メカニズムをさらに調べている。DpgCは酸素移動過程によりthioester切断を媒介する1,2-dioxygenaseであることを確立している。

close this sectionSequence

selected fasta
>3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase [DpgC]
MTTVLPPLEDTDGLWAALTEAAASVEKLLATLPEHGARSSAERAEIAAAHDAARALRVRF
LDTHADAVYDRLTDHRRVHLRLAELVEAAATAFPGLVPTQQQLAVERSLPQAAKEGHEID
QGIFLRAVLRSPLAGPHLLDAMLRPTPRALELLPEFVRTGEVEMEAVHLERRDGVARLTM
CRDDRLNAEDGQQVDDMETAVDLALLDPGVRVGLLRGGVMSHPRYRGKRVFSAGINLKYL
SQGGISLVDFLMRRELGYIHKLVRGVLTNDDRPGWWHSPRIEKPWVAAVDGFAIGGGAQL
LLVFDRVLASSDAYFSLPAAKEGIIPGAANLRLGRFAGPRVSRQVILEGRRIWAKEPEAR
LLVDEVVEPDELDAAIERSLTRLDGDAVLANRRMLNLADESPDGFRAYMAEFALMQALRL
YGHDVIDKVGRFGGRPPA
selected fasta
>3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase [DpgC]
ATGACGACCGTCCTGCCACCCCTTGAGGACACCGACGGCCTCTGGGCGGCGCTGACCGAG
GCCGCCGCGAGCGTGGAGAAGCTGCTGGCCACACTTCCGGAGCACGGCGCGCGCTCCTCC
GCCGAGCGGGCCGAGATCGCCGCCGCCCACGATGCCGCCCGCGCGCTGCGCGTCCGCTTC
CTGGACACGCACGCGGACGCCGTCTACGACCGGCTCACGGACCACCGTCGCGTCCACCTA
CGGCTCGCGGAGCTCGTCGAAGCCGCCGCCACCGCCTTCCCCGGGCTGGTACCCACCCAG
CAGCAGCTCGCCGTGGAGCGGTCCCTGCCCCAGGCCGCCAAGGAGGGCCACGAGATCGAC
CAGGGCATCTTCCTGCGAGCGGTGCTGCGGTCGCCTCTTGCCGGGCCGCATCTGCTCGAC
GCCATGCTCCGTCCGACCCCGCGCGCCCTGGAGCTGCTTCCGGAGTTCGTGCGCACCGGT
GAGGTGGAGATGGAAGCCGTCCACCTGGAGCGCCGGGACGGCGTGGCACGGCTGACCATG
TGTCGCGACGACCGCCTGAACGCCGAGGACGGTCAGCAGGTCGATGACATGGAGACCGCC
GTCGACCTCGCCCTGCTCGATCCGGGCGTCCGGGTGGGACTGTTGCGCGGCGGGGTGATG
AGCCATCCCCGTTACCGGGGCAAGCGGGTGTTCAGCGCCGGCATCAACCTCAAGTACCTC
AGCCAGGGCGGCATCTCACTGGTCGACTTCCTGATGCGCCGGGAACTCGGCTACATCCAC
AAGCTCGTCCGGGGCGTGCTCACCAACGACGACCGACCCGGCTGGTGGCACTCACCCCGG
ATCGAGAAACCGTGGGTCGCGGCGGTGGACGGCTTCGCGATCGGCGGCGGAGCCCAGTTG
CTGCTGGTCTTCGACCGCGTACTCGCCTCCTCCGACGCCTACTTCAGCCTTCCCGCGGCG
AAGGAGGGCATCATCCCGGGAGCCGCGAACCTGCGGCTCGGCCGGTTCGCCGGGCCGCGC
GTGTCCCGGCAGGTCATTCTGGAGGGCCGCCGGATCTGGGCGAAGGAACCCGAGGCGCGC
CTGCTGGTCGACGAGGTCGTGGAGCCGGACGAGCTGGACGCTGCCATCGAGCGGAGCCTG
ACGCGACTCGACGGCGACGCCGTGCTCGCCAACCGGCGGATGCTGAACCTCGCCGACGAG
TCACCGGACGGATTCCGCGCGTACATGGCGGAGTTCGCCCTCATGCAGGCTCTGCGGCTC
TACGGCCACGACGTGATCGACAAGGTCGGCCGATTCGGAGGGCGGCCCCCCGCATGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001753 Crotonase, core (Domain)
[170-378] 7.5e-19 PF00378
PF00378   ECH
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
A4793_00190 A4793_00190   A4793_00210 A4793_00210
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