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A4793_00210 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 15009
Entry nameA47934
Contig
Start / Stop / Direction52,209 / 51,532 / - [in whole cluster]
52,209 / 51,532 / - [in contig]
Locationcomplement(51532..52209) [in whole cluster]
complement(51532..52209) [in contig]
TypeCDS
Length678 bp (225 aa)
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Category2.1 modification addition of extender units
Productputative enoyl-CoA hydratase
Product (GenBank)DpgB
GenedpgB
ORF13
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • Dpg
Note
Note (GenBank)
  • enhances DpgA activity
Reference
ACC
PmId
[12060705] Assembling the glycopeptide antibiotic scaffold: The biosynthesis of A47934 from Streptomyces toyocaensis NRRL15009. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2002)
comment
Streptomyces toyocaensis NRRL15009由来A47934生合成gene clusterの同定論文。

34のORFsからなるclusterは、A47934の生合成とその調節に必要だと予測される遺伝子をすべて含む。グリコペプチド耐性を担う酵素をコードするORFsも含む。

DpgB: Enhances DpgA activity

配列解析のみ。ORFs 12-15は3,5-dihydroxyphenylglycine(DHPG)生合成で機能すると予想される。
Related Reference
ACC
O52796
NITE
Chlor_00290
PmId
[11752437] Glycopeptide antibiotic biosynthesis: enzymatic assembly of the dedicated amino acid monomer (S)-3,5-dihydroxyphenylglycine. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2001)
comment
BLAST id55%
Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis)
PCZA361.7

ORF28, dpgBに相当するentry.

---
chloroeremomycin産生株A. orientalis NRRL 18098由来dpgA-D（もともとはORFs 27-30としてリストされたもの）を、E. coliで発現・精製し、酵素活性と産物同定の実験に使用している。

DpgAはmalonyl-CoAから3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA(DPA-CoA)とCoASHを産生。DPA-CoAはかろうじて検出できる程度だが、DpgBを追加すると劇的に産生促進された。DpgB単独ではmalonyl-CoAを基質として活性を持たない。DpgA/DpgBによるmalonyl-CoA利用のkcat and Km値測定あり。

DpgBの代わりにDpgDを加えてもDpgA活性に影響はなかったが、DpgA/DpgBにDpgDを加えるとさらに2倍の増加が見られた。

DpgB and DpgDは、β-hydroxy acyl-CoA基質→α,β-enoyl-CoAsへの可逆的dehydrationを触媒するcrotonase superfamilyのメンバーに似ていることから、いくつかのenoyl-CoA and β-hydroxy acyl-CoA基質でテストされた。crotonyl- and β-methylcrotonyl-CoAでのhydratase活性が検出されたが、kcat値が低かったのでこれらは生理学的基質ではない。Dpg生合成では逆反応のdehydratasesとして働き、DPA-SR(R = DpgA or CoA)へのaromatizationを促進するのかもしれない。

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selected fasta
>putative enoyl-CoA hydratase [DpgB]
MEDALTLTIDGTEPLSAASVKAVAAVCDRAEDLARDDRGAGVVTVHVSGAPEGAWTSGLD
VMLVTKWERVLRRLERLPMATVAVASGDCGGPALDVLLTTDIRVATPDTRMSVPRDGSAT
WPGMAAYRLVQQAGVGRIRRAVLFGLPIGAADAVRLGIVDELADDPAAAVAAAAELVAGL
AGKEVAIRRQLLFDATTTSFEDVLGPHLAACDRALRGKDVAEESV
selected fasta
>putative enoyl-CoA hydratase [DpgB]
GTGGAGGACGCGCTGACCCTCACGATCGACGGGACGGAGCCGCTGTCGGCCGCCTCCGTC
AAGGCAGTCGCGGCCGTCTGTGACCGGGCCGAGGACCTCGCCCGCGACGACCGCGGCGCC
GGCGTGGTGACCGTGCACGTCTCCGGAGCCCCCGAAGGGGCCTGGACCAGCGGGCTGGAC
GTCATGCTGGTCACCAAGTGGGAACGGGTTCTGCGTCGGCTGGAACGGCTCCCCATGGCC
ACCGTCGCGGTGGCCTCGGGTGACTGCGGCGGGCCGGCCCTGGACGTCCTCCTGACCACC
GACATCCGCGTGGCCACCCCCGACACGCGGATGTCGGTCCCCCGCGACGGCTCCGCCACC
TGGCCCGGGATGGCCGCATACCGGCTCGTCCAGCAGGCCGGCGTCGGCAGGATCCGCCGG
GCGGTGCTGTTCGGCCTGCCCATCGGCGCCGCCGACGCGGTGCGGCTGGGGATCGTCGAC
GAACTGGCCGACGATCCGGCGGCTGCGGTGGCGGCAGCGGCGGAACTGGTCGCCGGTCTG
GCAGGCAAGGAGGTGGCGATCAGACGCCAGCTCCTGTTCGACGCCACGACGACGAGCTTC
GAGGACGTCCTCGGCCCCCACCTGGCCGCCTGCGACCGCGCCCTGCGCGGCAAGGACGTA
GCCGAGGAGTCTGTATGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001753 Crotonase, core (Domain)
[66-188] 4.2e-13 PF00378
PF00378   ECH
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
A4793_00200 A4793_00200   A4793_00220 A4793_00220
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