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A4793_00310 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 15009
Entry nameA47934
Contig
Start / Stop / Direction64,874 / 65,866 / + [in whole cluster]
64,874 / 65,866 / + [in contig]
Location64874..65866 [in whole cluster]
64874..65866 [in contig]
TypeCDS
Length993 bp (330 aa)
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Category4.4 resistance
ProductD-lactate dehydrogenase
Product (GenBank)D-lactate dehydrogenase
GenevanHst
ORF3
Gene (GenBank)DLDHStoy
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • VanHst
Reference
ACC
PmId
[10387095] Molecular mechanism of VanHst, an alpha-ketoacid dehydrogenase required for glycopeptide antibiotic resistance from a glycopeptide producing organism. (Biochemistry. , 1999)
[12060705] Assembling the glycopeptide antibiotic scaffold: The biosynthesis of A47934 from Streptomyces toyocaensis NRRL15009. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2002)
comment
[PMID: 12060705](2002)
Streptomyces toyocaensis NRRL15009由来A47934生合成gene clusterの同定論文。

34のORFsからなるclusterは、A47934の生合成とその調節に必要だと予測される遺伝子をすべて含む。グリコペプチド耐性を担う酵素をコードするORFsも含む。

VanHst: Lactate dehydrogenase

clusterの5'末端にあるvanHst, vanAst, vanXstは抗生物質耐性遺伝子で、これらはペプチドグリカン層のD-Ala-D-AlaをD-Ala-D-lactateに変換してA47934にホスト耐性を与えるのに必要十分である。実験については以下の論文を引用している。

---
[PMID: 10387095](1999) abstract
vancomycin耐性酵素VanHはalpha-ketoacid dehydrogenaseであり、pyruvateをdepsipeptide D-alanine-D-lactateの合成に必要なD-lactateへと立体特異的に還元する。

Streptomyces toyocaensis NRRL 15009由来 VanH homologue VanHstがE.coliで過剰発現、精製され、その基質特異性とメカニズムがsteady-state kinetic methods と site-directed mutagenesisによって探索された。

VanHstはpyruvate還元で高く効率的で、VRE由来VanHよりも制限されたalpha-ketoacid基質特異性を持つ。NADPHを好むVRE由来VanHと異なり、NADH and NADPHの間の優先度を示さない。

触媒や結合に関する残基も示されている。
Related Reference
ACC
Q05709
PmId
[1931965] ( , )
[1503450] ( , )
[9605319] ( , )
comment
BLAST id57%
Enterococcus faecium BM4147_vanH
D-specific alpha-keto acid dehydrogenase (EC 1.1.1.-)

---
[PMID: 1931965](1991) abstract
VanHをD-specific alpha-keto acid dehydrogenaseとして特徴づけし、Leuconostoc mesenteroides and Lactobacillus leichmanii由来D-lactate dehydrogenasesと比較している。

合成修飾されたpeptidoglycan類似体N-acetyl-D-alanyl-D-2-hydroxybutyrateのvancomycin結合定数は、N-acetyl-D-alanyl-D-alanineの結合定数より1000倍以上高い。

---
[PMID: 1503450](1992)
vanHが挿入不活化された株の培地にDL-lactateを加えるとvancomycin耐性が回復した。

---
[PMID: 9605319](1998)
vanHをthioredoxin fusion proteinとして発現、精製し、kinetic studies and crystallization trialsに使用。

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selected fasta
>D-lactate dehydrogenase [D-lactate dehydrogenase]
MTHSEKAHIAVYGCGPDEAVLFRELAPGLGVQPVITDAPVSEANSELALGSRCVSISHKT
PVTHATLRALGRVGVGYISTRSIGYNHIDVEYADSIGIVVENVSYSPDSVADYTLMLMLM
VLRDAKAIVRRTDMHDYRLSEVRGKELRDLTVGVVGTGRIGTAVLDRLRGFGCRVLAHDN
HPADRPGVAEYVPLDELLRRSDVVTLHAPLTTATHHLLDQQRLARMKDGALVINTGRGGL
IDTEALVHELESGRLGGAALDVVEGEEGIFYADCRDRPMESKALLRLQELPNALITPHTA
YYTDHALRDTVENSLTNCLTFRKQESAWPD
selected fasta
>D-lactate dehydrogenase [D-lactate dehydrogenase]
ATGACCCACAGCGAGAAGGCCCATATCGCCGTATACGGGTGTGGTCCGGACGAAGCCGTT
CTGTTCCGCGAGCTGGCGCCCGGCCTCGGTGTGCAGCCGGTCATCACCGACGCCCCGGTG
TCCGAGGCCAACAGTGAACTGGCCTTGGGCAGCCGGTGCGTCAGCATCAGCCACAAGACG
CCCGTCACCCATGCCACGCTGCGTGCGCTCGGCAGGGTCGGCGTCGGCTACATCTCCACC
CGGAGCATCGGGTACAACCACATCGACGTGGAATACGCGGACAGCATCGGCATCGTTGTG
GAGAACGTCTCCTACTCGCCGGACAGCGTGGCCGACTACACCCTGATGCTCATGTTGATG
GTGCTGCGGGACGCGAAAGCCATCGTCCGTCGCACCGACATGCACGACTACCGGCTGAGT
GAGGTGCGCGGGAAGGAACTGCGCGATCTGACGGTCGGAGTGGTCGGGACGGGGCGTATC
GGCACGGCGGTCCTGGACCGGTTGCGAGGTTTCGGCTGCCGCGTTCTGGCCCATGACAAC
CATCCGGCGGACCGCCCCGGTGTCGCCGAGTACGTTCCGCTCGACGAACTGCTGCGGCGG
AGCGACGTGGTCACGCTGCATGCGCCGCTCACCACGGCCACGCACCATCTGCTCGATCAG
CAGCGCCTGGCGCGGATGAAGGACGGCGCGCTGGTCATCAACACCGGACGTGGTGGGCTC
ATCGACACCGAGGCCCTGGTGCACGAATTGGAAAGCGGCAGGCTGGGCGGCGCGGCGCTG
GATGTCGTCGAAGGCGAGGAGGGCATCTTCTACGCCGACTGCCGGGACAGACCCATGGAA
AGCAAGGCACTGTTGCGGCTTCAGGAGCTGCCGAATGCGCTCATCACTCCGCACACCGCC
TACTACACGGATCACGCCCTGCGCGACACCGTGGAGAACTCTCTCACCAACTGCCTGACA
TTTCGAAAGCAGGAATCAGCATGGCCAGACTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR006139 D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain (Domain)
[16-325] 1.69999999999999e-19 PF00389
PF00389   2-Hacid_dh
IPR006140 D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding (Domain)
[115-300] 2.19999999999997e-54 PF02826
PF02826   2-Hacid_dh_C
[152-179] PS00065
PS00065   D_2_HYDROXYACID_DH_1
[197-219] PS00670
PS00670   D_2_HYDROXYACID_DH_2
[226-242] PS00671
PS00671   D_2_HYDROXYACID_DH_3
IPR016040 NAD(P)-binding domain (Domain)
[9-122] 1.69999999999999e-24 G3DSA:3.40.50.720 [123-300] 5.79999999999997e-59 G3DSA:3.40.50.720
G3DSA:3.40.50.720   NAD(P)-bd
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
A4793_00300 A4793_00300   A4793_00320 A4793_00320
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