A4092_00150 : CDS information

Location

Organism	Nonomuraea sp.
Strain	ATCC 39727
Entry name	A40926
Contig	AJ561198
Start / Stop / Direction	18,098 / 16,872 / - [in whole cluster] 18,098 / 16,872 / - [in contig]
Location	complement(16872..18098) [in whole cluster] complement(16872..18098) [in contig]
Type	CDS
Length	1,227 bp (408 aa)

Annotation

Category	2.3 modification addition of sugar moiety
Product	glycosyltransferase UDP-N-acetyl-glucosamine transferase
Product (GenBank)	glycosyltransferase
Gene
Gene (GenBank)	dbv9
EC number
Keyword	Hpg4 N-acyl-aminoglucuronic acid moiety
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q7WZ82 PmId [12837387] The gene cluster for the biosynthesis of the glycopeptide antibiotic A40926 by nonomuraea species. (Chem Biol. , 2003) [17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007) [25986904] Two Master Switch Regulators Trigger A40926 Biosynthesis in Nonomuraea sp. Strain ATCC 39727. (J Bacteriol. , 2015) comment [PMID: 12837387](2003) Nonomuraea sp. ATCC39727由来A40926生合成gene clusterの同定論文。 A40926は半合成グリコペプチドdalbavancin (BI397 or MDL 62,397)の前駆体。 dbv ORF9: glycosyltransferase ORF9の配列は、bal and cep clustersに見られるAA4をglycosylateするGtfB glycosyltransferaseと関係が高い。 dbv ORFs 8-10を削除したmutantから新規化合物dechloromannosyl-A40926 aglyconeが分離されたので、ORF9の産物がglycosyltransferase、ORF10の産物がhalogenaseであると仮定されていた役割が確認された。 ----- dbv9発現を調節するタンパクについての報告 [PMID: 17873036](2007) dalbavancinの前駆体であるグリコペプチドA40926の生合成gene(dbv) clusterでコードされるDbv4は、putative helix-turn-helix DNA-binding motifを示し、S. griseusにおいてstreptomycin生合成のtranscriptional activatorであるStrRと配列が似ている。 dbv14-dbv8 and dbv30-dbv35 operonsとdbv4の発現は、リン酸によってnegativeに影響されることがRT-PCR と real-time RT-PCRにより確認された。 Dbv4をN末His-tagタンパクとして発現、精製。Dbv4とDbv4 ortholog Bbrは、dbv14 and dbv30のpromotersに結合したが、dbv4の上流には結合しなかった。また、Dbv4はbal clusterにある5つのBbr binding sitesのうち2つ(bbr, oxyA)に結合した。よって、リン酸が調節するregulator Dbv4は、A40926生合成で2つの重要なステップ(3,5-dihydroxyphenylglycine生合成とheptapeptide骨格での仕立て反応)を支配する。 -- [PMID: 25986904](2015) dbv clusterにあるregulatory genes dbv3, dbv4, dbv6についての調査。これら遺伝子の転写は、培地でのA40926検出よりずっと早くから増加される。最も増えるのはdbv4。 dbv3, dbv4, dbv6のdisruption mutantを作成。dbv3 と dbv4 の不活化はA40926産生を消失したが、dbv6の不活化では影響がなかった。dbv4 mutantでのdbv3とdbv6の転写に変化はないが、dbv14とdbv30の転写は大きく減った(data not shown)。 dbv3の不活化株と過剰発現株からRNAを抽出してqRT-PCR解析した結果と既に確立されているオペロン構造から、Dbv3は6つのオペロン(dbv2-dbv1, dbv14-dbv8, dbv17-dbv15, dbv21-dbv20, dbv24-dbv28, dbv30-dbv35)と4つのmonocistronic transcription units dbv4, dbv29, dbv36, dbv37のpositive regulatorとして働くことが示された。
Related Reference	ACC Q6ZZI3 NITE Teicp_00250 PmId [17009278] Identification of a deacetylase involved in the maturation of teicoplanin. (Chembiochem. , 2006) comment BLAST id74% Actinoplanes teichomyceticus DSM 43866株_tei orf10* Glycosyltransferase teicoplaninのN-acyl-glucosamine部分は、Orf10によりaglyconeへUDP-N-acetyl-glucosamineが付加され、その後Orf2による脱アセチル化を経て形成される。 Orf10*の天然基質がUDP-N-acetyl-glucosamineであることを確認している。
Related Reference	ACC Q6ZZI3 NITE Teicp2_00320 PmId [14702401] Organization of the teicoplanin gene cluster in Actinoplanes teichomyceticus. (Microbiology. , 2004) [17661468] Kinetic analysis of teicoplanin glycosyltransferases and acyltransferase reveal ordered tailoring of aglycone scaffold to reconstitute mature teicoplanin. (J Am Chem Soc. , 2007) comment BLAST id74% Actinoplanes teichomyceticus ATCC 31121株_tcp ORF23 Glycosyltransferase --- [PMID: 14702401](2004) ATCC 31121株teicoplanin生合成gene clusterの同定論文。 tcp ORF23: Glycosyltransferase GtfB ORF23はaa4を特異的にglycosylateするGtfBsに最も関連する。 ORF23によってコードされるtGtfBを過剰発現したE. coli抽出物とHis6-tGtfBは、teicoplanin aglycone, UDP-N-acetyl-glucosamineと共にインキュベーションされ新しいピークをもたらした。このピークは、標準化合物4(aa6にUDP-N-acetyl-glucosamineが付加したaglycone)とretention timeは異なるが分子量は同じなので、おそらくaa4にUDP-N-acetyl-glucosamineが付加された化合物3だとしている。 teicoplanin aglyconeの代わりに、化合物4やvancomycin aglyconeを用いても産物は得られなかった。UDP-N-acetylgalactosamine, U/TDP-glucose, UDP-galactoseも基質とはならなかった。 --- [PMID: 17661468](2007) teicoplanin glycosyltransferases (tGtfA and tGtfB) と acyltransferase (tAtf) の詳細な動態特徴づけの報告。基質による活性の違いから反応の順番が確定している。まずtGtfBが架橋済teicoplanin aglyconeのpositoin 4に、その次にtGtfAがposition 6にglycosylateする。acyltransferase tAtfはteicoplaninに繋がれた糖で働く。

Sequence

>glycosyltransferase [glycosyltransferase]
MRVLLSTSGSRGDVEPLLGLAVQLRELGAETRMCAPPDCAERLAEAGVPLVPVGTSMRAK
LHGKRPPSLEDVPRLDAEAIATQLDQVLPAAEGCEVMVVSGVLSAAVAVRSVAEKLGIPY
VYVFYCPIYVPSPYYPPPPPLGEQPARDVTDNRVLWDRNNQGAYQRFGAALNSRRASIGL
PPVDDIFSYGYTDRPFLAADPVLAPLQRTDLDVVQTGAWIMPDERPLPAEVEAFLEAGPP
PVHVEFGSGPAPTDAARVAIEAIRAHGHRVIVSRGWAGLAPPDDRSDCLTVGEVNHQVLF
GRVAAVVHAGSAGITTAVTRAGAPQVVVPQMTDQPYHAGRVAELGIGVAHDGRVPTVESL
SAALTTALAPETRARAIDVAGKIRADGAAVAAKLLLDTAAGAGRNRTE

>glycosyltransferase [glycosyltransferase]
ATGCGCGTGTTGTTGTCGACGTCCGGATCACGCGGGGACGTCGAACCGCTGCTGGGCCTG
GCGGTCCAGCTGCGTGAGCTAGGCGCGGAGACACGGATGTGCGCCCCGCCGGACTGCGCG
GAGAGACTGGCCGAGGCCGGGGTGCCGCTGGTGCCGGTCGGCACCTCGATGCGCGCGAAG
CTGCACGGGAAGAGGCCGCCCTCGCTCGAGGACGTGCCCCGGCTCGACGCCGAGGCCATC
GCCACGCAGCTCGACCAGGTCCTGCCGGCCGCCGAGGGGTGCGAGGTGATGGTGGTGAGC
GGCGTGCTGTCGGCGGCGGTCGCCGTCCGGTCGGTGGCCGAGAAGCTCGGCATCCCCTAC
GTCTACGTCTTCTACTGCCCCATCTATGTGCCGTCGCCGTACTACCCGCCGCCGCCACCC
CTCGGTGAGCAGCCCGCGCGGGACGTGACCGACAACCGGGTGCTGTGGGACCGCAACAAC
CAGGGCGCCTACCAGCGGTTCGGTGCCGCGCTCAACAGCCGGCGGGCCTCGATCGGCCTG
CCGCCGGTGGACGACATCTTCAGCTACGGCTACACCGATCGCCCCTTCCTGGCCGCGGAC
CCGGTCCTGGCCCCGCTGCAGCGGACGGACCTCGACGTCGTGCAGACCGGTGCGTGGATC
ATGCCCGACGAACGGCCCCTGCCCGCCGAGGTGGAGGCGTTCCTGGAGGCCGGCCCGCCA
CCGGTGCACGTGGAGTTCGGCAGCGGGCCCGCCCCCACCGACGCCGCGAGGGTGGCCATC
GAGGCGATCCGGGCCCATGGCCACCGGGTGATCGTCTCCCGTGGCTGGGCCGGCCTAGCC
CCGCCCGACGACCGGAGCGACTGCCTGACCGTCGGCGAGGTGAACCACCAGGTGTTGTTC
GGCCGGGTGGCCGCCGTCGTCCACGCCGGCAGCGCGGGCATCACGACCGCGGTCACCCGG
GCGGGCGCTCCCCAGGTCGTGGTGCCCCAGATGACCGACCAGCCGTACCACGCCGGCCGG
GTGGCCGAGCTGGGCATCGGCGTGGCACACGACGGGCGGGTGCCGACCGTGGAGAGCCTG
TCGGCCGCGCTCACCACGGCGCTGGCTCCCGAGACCCGCGCGCGGGCGATCGACGTGGCC
GGGAAGATCCGCGCCGACGGGGCGGCCGTGGCCGCGAAACTCCTGCTCGACACGGCCGCC
GGGGCCGGGCGGAACAGAACGGAGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR002213 UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase (Family) PF00201 UDPGT IPR004276 Glycosyl transferase, family 28 (Domain) PF03033 Glyco_transf_28
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

A4092_00140 A4092_00160