A4092_00190 : CDS information

Location

Organism	Nonomuraea sp.
Strain	ATCC 39727
Entry name	A40926
Contig	AJ561198
Start / Stop / Direction	23,365 / 22,211 / - [in whole cluster] 23,365 / 22,211 / - [in contig]
Location	complement(22211..23365) [in whole cluster] complement(22211..23365) [in contig]
Type	CDS
Length	1,155 bp (384 aa)

Annotation

Category	3.3 modification reduction
Product	putative cytochrome P450
Product (GenBank)	putative monooxygenase
Gene	dbv13 oxyE
Gene (GenBank)	dbv13
EC number
Keyword	2nd cross-linking F-O-G ring
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q7WZ78 PmId [12837387] The gene cluster for the biosynthesis of the glycopeptide antibiotic A40926 by nonomuraea species. (Chem Biol. , 2003) [17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007) [25986904] Two Master Switch Regulators Trigger A40926 Biosynthesis in Nonomuraea sp. Strain ATCC 39727. (J Bacteriol. , 2015) comment [PMID: 12837387](2003) Nonomuraea sp. ATCC39727由来A40926生合成gene clusterの同定論文。 A40926は半合成グリコペプチドdalbavancin (BI397 or MDL 62,397)の前駆体。 dbv ORF13: P450 monooxygenase 配列解析のみ。dbv ORF13はAA1-3間の架橋形成に関与しそう。 ----- このORFの発現を調節するタンパクについての報告 [PMID: 17873036](2007) dalbavancinの前駆体であるグリコペプチドA40926の生合成gene(dbv) clusterでコードされるDbv4は、putative helix-turn-helix DNA-binding motifを示し、S. griseusにおいてstreptomycin生合成のtranscriptional activatorであるStrRと配列が似ている。 dbv14-dbv8 and dbv30-dbv35 operonsとdbv4の発現は、リン酸によってnegativeに影響されることがRT-PCR と real-time RT-PCRにより確認された。 Dbv4をN末His-tagタンパクとして発現、精製。Dbv4とDbv4 ortholog Bbrは、dbv14 and dbv30のpromotersに結合したが、dbv4の上流には結合しなかった。また、Dbv4はbal clusterにある5つのBbr binding sitesのうち2つ(bbr, oxyA)に結合した。よって、リン酸が調節するregulator Dbv4は、A40926生合成で2つの重要なステップ(3,5-dihydroxyphenylglycine生合成とheptapeptide骨格での仕立て反応)を支配する。 -- [PMID: 25986904](2015) dbv clusterにあるregulatory genes dbv3, dbv4, dbv6についての調査。これら遺伝子の転写は、培地でのA40926検出よりずっと早くから増加される。最も増えるのはdbv4。 dbv3, dbv4, dbv6のdisruption mutantを作成。dbv3 と dbv4 の不活化はA40926産生を消失したが、dbv6の不活化では影響がなかった。dbv4 mutantでのdbv3とdbv6の転写に変化はないが、dbv14とdbv30の転写は大きく減った(data not shown)。 dbv3の不活化株と過剰発現株からRNAを抽出してqRT-PCR解析した結果と既に確立されているオペロン構造から、Dbv3は6つのオペロン(dbv2-dbv1, dbv14-dbv8, dbv17-dbv15, dbv21-dbv20, dbv24-dbv28, dbv30-dbv35)と4つのmonocistronic transcription units dbv4, dbv29, dbv36, dbv37のpositive regulatorとして働くことが示された。
Related Reference	ACC Q6ZZI7 NITE Teicp_00210 PmId [20974107] Structural characterization of CYP165D3, a cytochrome P450 involved in phenolic coupling in teicoplanin biosynthesis. (Arch Biochem Biophys. , 2011) [21445994] Crystal structure of a phenol-coupling P450 monooxygenase involved in teicoplanin biosynthesis. (Proteins. , 2011) comment BLAST id75% Actinoplanes teichomyceticus DSM 43866株_tei orf6* Oxy protein --- [PMID: 20974107](2011) DSMZ 43866株を使用しているが、gene nameはATCC 31121株由来のtcpを採用している。 tcp18(内容から判断してtcp18→tcp19の間違い)によってコードされるOxyE (CYP165D3)をクローニング、発現、精製し、基質結合を調査。配列解析、結晶構造解析もしている。OxyBを除くOxy proteinsは、基質ペプチドにPCPとOxyBによる架橋の存在を必要とする。 --- [PMID: 21445994](2011) ATCCから購入したActinoplanes teichomyceticusを使用。 cytochrome P450 monooxygenase Orf6* (CYP165D3)の結晶構造解析。
	ACC Q6ZZI7 NITE Teicp2_00280 PmId [25686610] X-domain of peptide synthetases recruits oxygenases crucial for glycopeptide biosynthesis. (Nature. , 2015) comment BLAST id75% Actinoplanes teichomyceticus ATCC 31121株_tcp ORF19 Oxy protein SUPPLEMENTARY INFORMATION内のリストでATCC 31121株由来UniProt entryの記載があるが、同グループの他論文(PMID: 20974107, 25358800, 25586301)ではDSM43866株を使用してATCC 31121株由来のgene nameを採用している混乱があるため、同様の可能性あり。 X-domainの結晶構造解析や相互作用の実験から、X-domainがcytochrome P450(oxy genesでコードされる)による架橋形成に関与することがわかった。OxyA-CはX-domainと相互作用するが、OxyEはしない。OxyAとOxyBによる架橋形成には、X-domainを含む基質を必要とする。
	ACC Q8KLL8 NITE A4793_00080 PmId [17884639] The biosynthesis of teicoplanin-type glycopeptide antibiotics: assignment of p450 mono-oxygenases to side chain cyclizations of glycopeptide a47934. (Chem Biol. , 2007) comment BLAST id75% Streptomyces toyocaensis Cytochrome P450 hydroxylase(StaG) teicoplanin-type glycopeptide A47934生合成cluster gene --- [PMID: 17884639](2007) 架橋形成に関するP450 monooxygenasesの調査。 mutants(ΔstaF, ΔstaG, ΔstaH, ΔstaJ）に蓄積した中間体の解析により、各架橋形成は特異的なoxygenaseへ明白に割り当てられ、環化の順番も決定された。 1) C-O-D by StaH 2) F-O-G by StaG 3) D-O-E by StaF 4) AB by StaJ

Sequence

>putative cytochrome P450 [putative monooxygenase]
MVVPLPHQRLRLDPVPALFDLQEDGPLHEYDTEPGLDGHKQWLVTGYGEIREILADANRF
SSMRPVEDEAERAWLPGILQSYDAPDHTRLRRTVTRANTARRIESLRPVVEETVEDCLAD
LESMGSPVDFVRNAAWPIPALIACDFLGVPRDDQAELSRMFRDSRESRVPRQRNVSGLGI
VDYARKLAARERLDPGTGMIGGIVREHGGEVTDEELAGLVEGIMIGAVEQMASQLAIAVL
LLVTHPDQMALLRERPELADSAAEEVFRYASIVETPSPRTALVDTRLAGRDIHAGDVLTC
SILAGNRAREDRFDLTRGNPEHLAFGHGVHFCLGAPLARLQAQVALPALVRRFPSLRLAV
PAEDLRFKPGKPAPFAVEELPVEW

>putative cytochrome P450 [putative monooxygenase]
ATGGTGGTTCCGCTGCCGCATCAGCGGCTGAGGCTCGATCCCGTGCCGGCGCTCTTCGAC
CTGCAAGAGGACGGGCCGCTGCACGAGTACGACACCGAGCCGGGGCTGGACGGCCACAAG
CAGTGGCTCGTCACCGGATATGGCGAGATCAGAGAGATTCTCGCCGACGCCAACCGGTTC
AGCTCGATGCGCCCGGTCGAGGACGAGGCGGAGCGCGCCTGGCTGCCGGGAATCCTGCAG
TCGTACGACGCGCCCGATCACACCCGGTTGCGCAGGACCGTGACCAGGGCGAACACCGCC
CGGCGGATCGAGAGCCTGCGGCCTGTCGTCGAAGAGACCGTCGAGGACTGCTTGGCCGAT
CTGGAGAGCATGGGGTCGCCGGTCGACTTCGTCAGGAACGCCGCCTGGCCCATCCCGGCG
CTGATCGCCTGCGACTTCCTCGGCGTCCCCCGTGACGACCAGGCCGAGCTGTCGAGGATG
TTCCGGGACAGCCGGGAGAGCCGAGTCCCCAGGCAGCGGAACGTGTCGGGCCTGGGCATC
GTCGACTACGCCAGGAAACTGGCGGCTCGCGAACGCCTCGATCCCGGCACCGGGATGATC
GGCGGCATCGTGCGCGAGCACGGAGGCGAGGTCACCGACGAGGAGCTGGCGGGGCTCGTC
GAGGGGATCATGATCGGGGCGGTCGAGCAGATGGCCTCGCAGCTGGCGATCGCGGTGCTC
CTCCTCGTGACCCACCCCGACCAGATGGCGCTGCTGCGCGAGCGTCCGGAGCTCGCGGAC
AGCGCGGCCGAGGAGGTGTTCCGCTACGCGTCGATCGTCGAGACCCCCTCTCCCCGGACC
GCACTGGTCGACACGCGCCTGGCCGGACGGGACATCCACGCCGGTGATGTCCTGACCTGC
TCGATCCTGGCGGGCAATCGTGCGCGCGAGGACCGCTTCGACCTCACCCGGGGCAACCCC
GAACACCTCGCGTTCGGGCACGGCGTCCACTTCTGCCTCGGGGCACCGCTGGCCAGGCTC
CAGGCGCAAGTGGCGTTGCCGGCGTTGGTCCGCCGGTTCCCGTCGCTGCGGCTGGCGGTC
CCGGCAGAGGACCTGCGGTTCAAACCGGGGAAGCCGGCCCCCTTCGCCGTGGAGGAGCTT
CCCGTTGAGTGGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001128 Cytochrome P450 (Family) SSF48264 Cytochrome_P450 G3DSA:1.10.630.10 Cyt_P450 PF00067 p450 IPR002397 Cytochrome P450, B-class (Family) PR00359 BP450 IPR017972 Cytochrome P450, conserved site (Conserved_site) PS00086 CYTOCHROME_P450
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

A4092_00180 A4092_00200