Chlor_00010 Chlor_00010   Chlor_00030 Chlor_00030

Chlor_00020 : CDS information

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Organism
StrainA82846UV37B
Entry nameChloroeremomycin
Contig
Start / Stop / Direction1,562 / 3,514 / + [in whole cluster]
1,562 / 3,514 / + [in contig]
Location1562..3514 [in whole cluster]
1562..3514 [in contig]
TypeCDS
Length1,953 bp (650 aa)
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Category4.3 transport
Productputative ABC transporter ATP-binding/permease protein
Product (GenBank)PCZA363.2
GenecepM
ORF2
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • similar to mdr/ABC transporter
Reference
ACC
PmId
[9545426] Sequencing and analysis of genes involved in the biosynthesis of a vancomycin group antibiotic. (Chem Biol. , 1998)
[12596194] Vancomycin assembly: nature's way. (Angew Chem Int Ed Engl. , 2003)
comment
[PMID: 9545426](1998)
chloroeremomycin生合成 gene clusterの報告。

ORF2(650aa): Mdr/ABC transporter
配列解析のみ。詳細記載なし。

---
[PMID: 12596194](2003)
グリコペプチド系抗生物質の生合成に関するレビュー。

chloroeremomycin-producing (Cep) A. orientalis由来約40genesのうち、明らかにグリコペプチド生合成経路に割り当てられる30genesを、タンパク名、予測された or 知られた機能、酵素活性の補助基質・補因子などと共にリスト化している。

>Orf2
metabolic pathway : transport protein
protein name : CepM
function : ABC transporter
cofactor : ATP
クローニングや精製、解析はこれまでされていない。
Related Reference
ACC
Q799B1
NITE
Balhi_00060
PmId
[17693715] The border sequence of the balhimycin biosynthesis gene cluster from Amycolatopsis balhimycina contains bbr, encoding a StrR-like pathway-specific regulator. (J Mol Microbiol Biotechnol. , 2007)
[17823795] The ABC transporter Tba of Amycolatopsis balhimycina is required for efficient export of the glycopeptide antibiotic balhimycin. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2007)
comment
BLAST id88%
Amycolatopsis balhimycina_abc
Putative ABC transporter ATP-binding protein

---
[PMID: 17693715](2007)
vancomycinにとても似たグリコペプチド系抗生物質balhimycinの生合成gene clusterの追加報告。
新たにVanS, VanR, VanY, Bbr, Pdh, Tba, Dahpを同定している。

Tba(651aa) : ABC transporter ATP-binding protein

Tbaのpromoter領域にregulator Bbrが結合することが確認されている。

---
[PMID: 17823795](2007)
配列解析から、ABC-transporter様遺伝子によってコードされるTbaはexporterであると示唆された。Tbaに似ているものとして、CZA382.30(O52818)が挙げられている。

E. coliで発現、精製されたTbaは、ATPase活性を有する活性型であることが確認された。

tba不活化mutantは生育やグリコペプチド耐性に影響しなかったが、細胞外balhimycin濃度が減少し、細胞内balhimycin濃度は10倍高くなった。

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selected fasta
>putative ABC transporter ATP-binding/permease protein [PCZA363.2]
MDMVLRFEGVDKSENDPDPWVTTVRKGTLRRVLGYFRPHVGKVALFGLVAVLESLIVVAT
PLLLKELIDNGIEKNDLGLVIWMAALTAVLAVLAAGLTLVSGYISGKIGEGITYDLRVQA
LDHVRRLPIAFFTRTQTGVLVGRLHTELIMAQQHFTGLLMATTSLVMALVVLIELFYLSW
LVAVISLALIPLFLVPWVRVGRVIQRLSGRQMDANTGLGGLLQERFNVQGAMLSKLFGRP
NEEMAEFEDRASGIRKIGVSLSVWGRMAFVMMALMASLATALVYGVGGGLVLAGAFQVGT
LVAIATLLGRLFGPITQLSGMQELFQTVVVSFSRVFELLDLKPLIQERPDAVKLDKDVAP
DIEFENVSFRYPTADEVSLASLEHLKAKRERGEVTPDVLRDVSFHVQAGTLTALVGPSGA
GKSTITHLVSRLYDPNSGTVRVGGHDLRDLTFDSIREAVGVVSQDAYLFHDTIRENLLYA
RPTATEDELIEACKGAQIWDLIESLPLGLDTVTGDRGYRMSGGEKQRLAIARLLLKEPRI
VVLDEATAHLDSESEAAVQRALKTALRSRTSLVIAHRLSTIREADQILVIDGGGVRERGT
HDELMAKGGLYAELYHTQFADPRINEAKPEREDELDEPEPEPVAYMGFGG
selected fasta
>putative ABC transporter ATP-binding/permease protein [PCZA363.2]
ATGGATATGGTGTTGCGCTTCGAGGGGGTGGACAAGAGCGAGAACGATCCCGACCCCTGG
GTGACCACGGTCCGCAAGGGGACGCTGCGCCGGGTGCTCGGCTACTTCCGCCCGCACGTC
GGCAAGGTGGCGCTCTTCGGACTCGTCGCCGTGCTGGAGTCGCTTATCGTCGTCGCAACT
CCCTTGCTGTTGAAGGAGCTCATCGACAACGGCATCGAAAAGAACGATCTCGGCCTGGTG
ATCTGGATGGCCGCCCTGACCGCCGTGCTCGCCGTGCTCGCCGCGGGGCTGACGCTGGTG
TCCGGTTACATCTCCGGGAAGATCGGCGAGGGGATCACCTACGACCTCCGGGTTCAGGCG
CTCGACCATGTCCGGCGGCTGCCGATCGCGTTCTTCACCCGCACCCAGACCGGTGTGCTG
GTCGGTCGGCTGCACACCGAACTGATCATGGCGCAGCAGCATTTCACCGGCTTGCTGATG
GCAACCACCAGCCTGGTGATGGCGCTGGTGGTGCTGATCGAGCTGTTCTACCTTTCGTGG
CTTGTCGCCGTCATCTCGCTGGCGCTGATTCCGCTCTTCCTCGTGCCCTGGGTTCGCGTG
GGGCGGGTGATCCAGCGGCTGTCCGGACGGCAGATGGACGCGAACACCGGCCTTGGCGGA
CTGCTCCAGGAGCGGTTCAACGTGCAGGGCGCGATGCTCTCCAAGCTCTTCGGCCGTCCG
AACGAGGAGATGGCCGAGTTCGAGGACCGTGCCAGCGGGATCCGCAAGATCGGCGTGAGC
CTTTCGGTATGGGGCCGGATGGCCTTCGTCATGATGGCGCTGATGGCCTCGCTCGCCACG
GCGCTCGTCTACGGCGTCGGTGGCGGGCTCGTGCTCGCCGGGGCATTCCAGGTCGGCACG
CTGGTCGCCATCGCCACCCTGCTCGGGCGGCTGTTCGGGCCGATCACCCAGCTGTCCGGG
ATGCAGGAGCTCTTCCAGACCGTCGTGGTGAGCTTCTCCCGGGTCTTCGAGCTGCTGGAC
CTGAAGCCGTTGATCCAGGAACGCCCCGACGCGGTCAAGCTCGACAAGGACGTGGCCCCG
GACATCGAGTTCGAGAACGTGTCGTTCCGCTATCCCACCGCGGACGAGGTCTCGCTGGCG
TCGCTGGAGCACCTGAAGGCCAAGCGGGAACGCGGGGAAGTGACACCGGATGTCCTGCGC
GACGTGAGCTTCCACGTGCAGGCCGGAACGCTCACCGCGCTCGTCGGCCCCTCCGGCGCG
GGCAAGAGCACCATCACCCACCTGGTCTCCCGGCTGTACGACCCGAACTCCGGGACCGTT
CGCGTCGGCGGACACGATCTGCGGGACCTCACCTTCGACTCGATCCGCGAAGCGGTGGGT
GTGGTCAGCCAGGACGCCTACCTCTTCCACGACACGATCCGGGAGAACCTGCTCTACGCC
CGCCCGACGGCCACCGAGGACGAGCTGATCGAGGCGTGCAAGGGGGCCCAGATCTGGGAT
CTGATCGAATCCCTTCCCCTCGGGTTGGACACCGTCACGGGTGACCGCGGCTACCGCATG
TCCGGCGGGGAGAAGCAGCGGCTGGCCATCGCCCGGCTGCTGTTGAAGGAGCCGAGGATC
GTCGTGCTCGACGAAGCCACCGCGCACCTGGACTCCGAGTCGGAGGCCGCCGTCCAGCGG
GCACTCAAGACCGCGCTGCGCAGCCGTACCTCGCTGGTGATCGCTCACCGGTTGTCCACG
ATCCGCGAAGCCGACCAGATCCTCGTGATCGACGGCGGCGGGGTCCGTGAGCGTGGCACC
CACGACGAGTTGATGGCCAAGGGCGGTCTCTACGCGGAGCTCTACCACACACAGTTCGCC
GACCCACGAATCAATGAAGCCAAGCCGGAACGCGAAGACGAGCTGGACGAGCCGGAGCCA
GAGCCGGTGGCTTACATGGGTTTTGGAGGATGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001140 ABC transporter, transmembrane domain (Domain)
[45-314] 3e-21 PF00664
PF00664   ABC_membrane
IPR003439 ABC transporter-like (Domain)
[362-617] PS50893
PS50893   ABC_TRANSPORTER_2
[423-548] 1.1e-23 PF00005
PF00005   ABC_tran
IPR003593 AAA+ ATPase domain (Domain)
[408-594] 1.39999892049878e-16 SM00382
SM00382   AAA
IPR011527 ABC transporter, transmembrane domain, type 1 (Domain)
[16-343] 1.60000240695997e-64 SSF90123
SSF90123   ABC_TM_1
IPR017871 ABC transporter, conserved site (Conserved_site)
[520-534] PS00211
PS00211   ABC_TRANSPORTER_1
IPR017940 ABC transporter, integral membrane type 1 (Domain)
[44-327] PS50929
PS50929   ABC_TM1F
SignalP No significant hit
TMHMM
[41-63] Transmembrane (i-o) [78-100] Transmembrane (o-i) [155-177] Transmembrane (i-o) [181-203] Transmembrane (o-i) [263-285] Transmembrane (i-o) [290-312] Transmembrane (o-i)
Transmembrane 6   
Chlor_00010 Chlor_00010   Chlor_00030 Chlor_00030
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