Chlor_00110 : CDS information

Location

Organism	Amycolatopsis orientalis
Strain	A82846UV37B
Entry name	Chloroeremomycin
Contig	AJ223998
Start / Stop / Direction	35,320 / 36,795 / + [in whole cluster] 1,076 / 2,551 / + [in contig]
Location	35320..36795 [in whole cluster] 1076..2551 [in contig]
Type	CDS
Length	1,476 bp (491 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	putative halogenase
Product (GenBank)	PCZA361.26
Gene	cepH ORF10
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)	similar to non-heme oxygenase/halogenase
Reference	ACC P96557 PmId [9545426] Sequencing and analysis of genes involved in the biosynthesis of a vancomycin group antibiotic. (Chem Biol. , 1998) [12596194] Vancomycin assembly: nature's way. (Angew Chem Int Ed Engl. , 2003) comment [PMID: 9545426](1998) chloroeremomycin生合成 gene clusterの報告。 ORF10(491aa): Non-heme halogenase 配列解析のみ。non-heme haloperoxidasesに相同性を示す。 --- [PMID: 12596194](2003) グリコペプチド系抗生物質の生合成に関するレビュー。 chloroeremomycin-producing (Cep) A. orientalis由来約40genesのうち、明らかにグリコペプチド生合成経路に割り当てられる30genesを、タンパク名、予測された or 知られた機能、酵素活性の補助基質・補因子などと共にリスト化している。 >Orf10 metabolic pathway : halogenation protein name : CepH function : halogenation cofactor : NADPH クローニングと精製はされたことがあるが、解析はされていない。
Related Reference	ACC O87676 NITE Balhi_00140 PmId [11880037] Glycopeptide biosynthesis in Amycolatopsis mediterranei DSM5908: function of a halogenase and a haloperoxidase/perhydrolase. (Chem Biol. , 2002) [15342578] Biosynthesis of chloro-beta-hydroxytyrosine, a nonproteinogenic amino acid of the peptidic backbone of glycopeptide antibiotics. (J Bacteriol. , 2004) comment BLAST id96% Amycolatopsis balhimycina_bhaA Halogenase --- [PMID: 11880037](2002) bhaAの8.5kb下流にあるORF(bhp)が明らかになった。BhaAとBhpはbalhimycin生合成でのClの取り込みを担う酵素として検討された。 in-frame欠損株を作成して解析。bhp欠損株ではbalhimycinを生産しなくなる。bhaA欠損株ではグリコシル化されているが塩素化されていないbalhimycinを生産した。よってhalogenase BhaAのみがbalhimycinの塩素化に必要である。 --- [PMID: 15342578](2004) beta-hydroxytyrosine (beta-HT)形成に関与するoxyDのmutantを利用して、塩素化の起こるタイミングを調査している。 oxyD mutantに塩素化されていないbeta-HTを与えると、塩素化されたbalhimycinが合成された。tyrosine前駆体がBhaAの天然基質であるなら塩素化されたbalhimycinは得られないはずなので、遊離beta-HTより早期生合成段階での塩素化反応は除外される。また、遊離beta-HTが塩素化されてchloro-beta-HT (CHT)が形成されるかを確認するため、oxyD mutantにCHTを与えて培養したが活性のある化合物は産生されず、CHTはNRPSの基質として使用されなかった。以上から、塩素化は遊離beta-HTの段階より後、たぶんbalhimycin heptapeptide coreの非リボソーム合成の際に起こると考えられる。
	ACC G4V4R7 NITE Vanco_00150 PmId [24756572] Bis-chlorination of a hexapeptide-PCP conjugate by the halogenase involved in vancomycin biosynthesis. (Org Biomol Chem. , 2014) comment BLAST id95% Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis)_vhaA Vancomycin halogenase A halogenase(VhaA)は、PCPに結合したhexapeptideのpositions-2 and -6にあるbeta-hydroxytyrosine残基の芳香環にClを導入できることをin vitro assaysで確認。よって2つの重要な修飾（VhaAによるCl付加と、OxyBによる架橋結合）はmodule 6で起こる。
	ACC R4T052 PmId [24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014) comment BLAST id93% Amycolatopsis orientalis HCCB10007_AORI_1485 vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。 AORI_1485(vhal): Halogenase AORI_1485 (vhal)のin-frame monogenic mutantsを作製し、dechlorovancomycinが蓄積されることをHPLC-MSで確認。抑制テストで、dechlorovancomycinはvancomycinより低い生物活性を示した。よって、halogenaseをコードするvhalがbal and cep clustersでコードされるものと機能的に同等であることが実証された。また、各mutantsによって産生されるvancomycin変異体は主にそれらに対応する修飾が欠損しているだけなので、halogenation, methylation, glycosylationの修飾は連続して正確に行われないことも推測された。

Sequence

>putative halogenase [PCZA361.26]
MSVEDFDVVVAGGGPAGSTVATLVAMQGHRVLLLEKEVFPRYQIGESLLPATVHGVCRML
GITDELANAGFPVKRGGTFRWGARPEPWTFHFGISAKMAGSTSHAYQVERARFDEILLNN
AKRKGVVVREGSPVTDVVEDGERVTGLRYTDADGNEREVSARFVIDASGNKSRLYSKVGG
SRNYSEFFRSLALFGYFEGGKRLPAPVSGNILSVAFDSGWFWYIPLSDTLTSVGAVVRRE
DAEKIQGDREKALNALIAECPLISEYLANATRVTTGKYGELRVRKDYSYQQETYWRPGMI
LIGDAACFVDPVFSSGVHLATYSALLAARSINSVLAGDLDEKTALNEFEMRYRREYGVFY
EFLVSFYQMNVNEESYFWQAKKVTQNQSTDIESFVELIGGVSSGETALTAADRIAARSAE
FAAAVDQMASGDGDNMVPMFKSTVVKQAMQEAGQVQMKALLGEDAEPELPLFPGGLVTSP
DGMKWLPHHPA

>putative halogenase [PCZA361.26]
ATGTCGGTCGAAGACTTCGATGTGGTTGTTGCTGGTGGCGGGCCTGCCGGTTCGACCGTG
GCCACCTTGGTGGCGATGCAGGGGCATCGGGTGCTGTTGCTGGAGAAAGAGGTCTTTCCC
CGGTACCAGATCGGTGAGTCGCTGCTGCCTGCCACGGTGCACGGGGTGTGCCGGATGCTC
GGCATCACGGACGAGCTGGCCAATGCCGGGTTCCCGGTGAAGCGGGGCGGCACTTTCCGC
TGGGGTGCGCGTCCGGAGCCGTGGACGTTCCACTTCGGTATCTCCGCCAAGATGGCGGGC
TCGACGTCGCACGCCTATCAGGTCGAGCGGGCGCGGTTCGACGAGATCTTGCTGAACAAC
GCCAAGCGCAAGGGCGTGGTCGTGCGGGAAGGGTCCCCGGTCACCGATGTGGTGGAAGAC
GGTGAGCGGGTCACCGGTCTGCGGTACACCGACGCCGATGGCAACGAGCGTGAAGTGTCA
GCGCGCTTCGTGATCGACGCGTCGGGCAACAAGAGCCGCCTCTACTCCAAGGTCGGCGGT
TCGCGGAACTACTCGGAGTTCTTCCGCAGCCTCGCGCTGTTCGGCTACTTCGAGGGTGGC
AAGCGGCTGCCCGCGCCGGTCTCGGGAAACATCCTGAGCGTTGCCTTCGACAGCGGCTGG
TTCTGGTACATCCCGCTGAGCGACACGCTGACCAGCGTCGGCGCGGTGGTGCGCCGGGAG
GACGCCGAGAAGATCCAGGGTGACCGGGAGAAGGCGCTCAACGCCCTGATCGCCGAGTGC
CCGCTGATCTCGGAGTACCTCGCGAACGCGACCAGGGTGACGACCGGCAAGTACGGGGAG
TTACGCGTCCGCAAGGACTACTCCTACCAGCAGGAGACCTACTGGCGGCCGGGGATGATC
CTGATCGGCGACGCCGCGTGCTTCGTGGACCCGGTGTTCTCGTCCGGTGTGCACCTGGCG
ACCTACAGCGCGCTGCTCGCGGCCCGGTCAATCAACAGCGTCCTGGCGGGCGATCTGGAC
GAGAAGACCGCACTGAACGAGTTCGAAATGCGGTATCGCCGCGAGTACGGGGTGTTCTAC
GAGTTCCTCGTGTCGTTCTATCAGATGAACGTGAATGAGGAGTCGTATTTCTGGCAGGCC
AAGAAGGTCACGCAGAACCAGAGCACCGATATCGAGTCGTTCGTCGAACTGATCGGTGGG
GTGTCGTCCGGTGAGACCGCGCTGACGGCCGCTGACCGGATCGCCGCGCGCAGTGCCGAA
TTCGCCGCGGCCGTGGACCAGATGGCCAGCGGCGACGGCGACAACATGGTGCCGATGTTC
AAGTCGACGGTGGTCAAGCAGGCGATGCAGGAAGCGGGCCAGGTCCAGATGAAGGCGCTG
CTCGGCGAGGACGCCGAACCCGAGCTGCCGCTGTTCCCCGGCGGCCTGGTGACCTCGCCC
GACGGAATGAAATGGCTGCCGCACCATCCGGCATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR003042 Aromatic-ring hydroxylase-like (Domain) PR00420 RNGMNOXGNASE IPR006905 Tryptophan halogenase (Family) PF04820 Trp_halogenase
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Chlor_00100 Chlor_00120