Chlor_00170 : CDS information

Location

Organism	Amycolatopsis orientalis
Strain	A82846UV37B
Entry name	Chloroeremomycin
Contig	AJ223998
Start / Stop / Direction	42,833 / 43,675 / + [in whole cluster] 8,589 / 9,431 / + [in contig]
Location	42833..43675 [in whole cluster] 8589..9431 [in contig]
Type	CDS
Length	843 bp (280 aa)

Annotation

Category	3.2 modification methylation
Product	SAM-dependent N-methyltransferase
Product (GenBank)	PCZA361.24
Gene	mtfA ORF16
Gene (GenBank)
EC number	2.1.1.-
Keyword	Leu1
Note
Note (GenBank)	similar to methyl transferase
Reference	ACC O52805 PmId [9545426] Sequencing and analysis of genes involved in the biosynthesis of a vancomycin group antibiotic. (Chem Biol. , 1998) [12596194] Vancomycin assembly: nature's way. (Angew Chem Int Ed Engl. , 2003) [19389626] Structure and function of the glycopeptide N-methyltransferase MtfA, a tool for the biosynthesis of modified glycopeptide antibiotics. (Chem Biol. , 2009) comment [PMID: 9545426](1998) chloroeremomycin生合成 gene clusterの報告。 ORF16(281aa): Methyl transferase 配列解析のみ。 --- [PMIDなし]Expression and assay of an N-methyltransferase involved in the biosynthesis of a vancomycin group antibiotic. Chem. Commun., 2000, p103-104 MtfA(ORF16)をクローニング、発現、精製して測定に使用。 N-demethylvancomycin, そのaglycone, 環化されていない線状heptapeptide, (R)- and (S)-leucineを基質としてメチル化の程度を確認。基質を2つ用いた競合実験の結果もふまえ、chloroeremomycinの生合成経路におけるN-メチル化はheptapeptide骨格の酸化的架橋形成の後、ring 4 disaccharideの付加の前に起こると示唆される。 --- [PMID: 12596194](2003) グリコペプチド系抗生物質の生合成に関するレビュー。 chloroeremomycin-producing (Cep) A. orientalis由来約40genesのうち、明らかにグリコペプチド生合成経路に割り当てられる30genesを、タンパク名、予測された or 知られた機能、酵素活性の補助基質・補因子などと共にリスト化している。 >Orf16 metabolic pathway : N-methylation protein name : MtfA (292aa) function : methylation cofactor : SAM クローニング、精製、解析がされている。 PMID: 12404385で、balhimycin生合成において架橋形成を担う遺伝子のmutant株で蓄積した線状の前駆体と部分的に架橋形成された前駆体はN-メチル化されていなかったことから、N-メチル化はおそらく完全に架橋形成がされた後に起こり、それからglycosylationが起こると示唆される。（しかしPMID: 12404385では、完全に環化されていないbicyclic C-O-D-O-E ring中間体が、1LeuのN-methylationと、4HpgのO-glycosylationの基質となりえることがわかっている。） --- [PMID: 19389626](2009) MtfAは、vancomycin骨格を持つchloroeremomycinと違いteicoplanin骨格を持つdesulfo-A47934とteicoplaninを、SAM依存的様式でメチル化することができた。さらにMtfAとMtfA複合体の結晶構造を解析している。
Related Reference	ACC R4T056 PmId [24884615] Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. (BMC Genomics. , 2014) comment BLAST id73% Amycolatopsis orientalis HCCB10007_AORI_1490 vancomycinの大量産生に使用されているA. orientalis ATCC 43491由来工業用菌株HCCB10007の完全ゲノムシークエンス。そこからvcm cluster(AORI_1471-1505)を同定し、いくつかの遺伝子のmutantsを作製してin vivo機能を特徴づけている。 AORI_1490(vmt): Methyltransferase mutant作成あり。vmt mutantはdemethylvancomycinを蓄積した。demethylvancomycinの生物活性はvancomycinに匹敵する。 demethylvancomycin or aglucovancomycinを基質として、異種性発現したAORI_1490はdimethylvancomycin or dimethylaglucovancomycinを生成した。2つのメチル基はLeuのN末にある。メチル化はin vitroでも抗菌活性に影響しなかった。

Sequence

>SAM-dependent N-methyltransferase [PCZA361.24]
MSNQLERGPVRTPHADVLLASVGERGVLCDFYDEGAADTYRDLIQDADGTSEAREFATRT
GPVSGPVLELAAGMGRLTFPFLDLGWEVTALELSTSVLAAFRKRLAEAPADVRDRCTLVQ
GDMSAFALDKRFGTVVISSGSINELDEADRRGLYASVREHLEPGGKFLLSLAMSEAAESE
PLERKQELPGRSGRRYVLHVRHLPAEEIQEITIHPADETTDPFVVCTHRRRLLAPDQVVR
ELVRSGFDVIAQTPFASGGAGRKDMVLVEAVMPGATADAR

>SAM-dependent N-methyltransferase [PCZA361.24]
ATGAGCAATCAACTGGAGCGTGGCCCGGTGCGGACCCCTCACGCCGACGTTCTGCTGGCC
TCGGTAGGTGAGCGAGGCGTGCTGTGCGACTTCTACGACGAGGGCGCCGCGGACACATAT
CGGGATTTGATCCAGGACGCGGACGGCACGTCGGAAGCGCGGGAGTTCGCCACCCGCACA
GGCCCGGTTTCCGGACCTGTGCTGGAGCTGGCGGCTGGAATGGGCCGGCTGACGTTCCCT
TTCCTGGATCTCGGCTGGGAGGTGACCGCCCTGGAACTGTCGACCTCTGTGCTCGCCGCC
TTCCGGAAGCGGTTGGCAGAAGCGCCTGCGGATGTCCGGGATCGGTGCACCCTGGTTCAG
GGAGATATGAGCGCCTTCGCGTTGGACAAGCGCTTCGGAACAGTGGTCATCAGCTCAGGC
TCGATCAACGAACTGGACGAGGCCGACAGGCGTGGCCTGTACGCGTCGGTTCGTGAGCAT
CTCGAGCCTGGCGGGAAGTTCTTGCTCAGCCTGGCCATGTCGGAGGCCGCCGAGTCGGAG
CCGCTGGAGCGCAAGCAAGAGCTGCCAGGCCGCAGCGGCCGACGGTACGTGTTGCACGTC
AGGCATCTGCCGGCGGAAGAGATCCAGGAAATCACCATCCACCCCGCCGACGAAACGACG
GATCCGTTCGTCGTGTGCACGCATCGCAGAAGGCTCCTCGCACCGGATCAGGTAGTGCGC
GAACTTGTGCGGTCCGGCTTCGACGTGATCGCACAGACGCCGTTCGCGTCCGGCGGGGCG
GGCCGTAAGGACATGGTGTTGGTAGAGGCGGTTATGCCCGGGGCCACCGCAGACGCGCGG
TGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	No significant hit
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Chlor_00160 Chlor_00180