Chlor_00160 : CDS information

Location

Organism	Amycolatopsis orientalis
Strain	A82846UV37B
Entry name	Chloroeremomycin
Contig	AJ223998
Start / Stop / Direction	41,976 / 42,800 / + [in whole cluster] 7,732 / 8,556 / + [in contig]
Location	41976..42800 [in whole cluster] 7732..8556 [in contig]
Type	CDS
Length	825 bp (274 aa)

Annotation

Category	5.4 hypothetical protein
Product	hypothetical protein
Product (GenBank)	PCZA361.23
Gene	cepI cep15 ORF15
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note	This ORF product lacks a metal binding site (histidine residue) required for deacetylase activity.
Note (GenBank)
Reference	ACC O52804 PmId [9545426] Sequencing and analysis of genes involved in the biosynthesis of a vancomycin group antibiotic. (Chem Biol. , 1998) [12596194] Vancomycin assembly: nature's way. (Angew Chem Int Ed Engl. , 2003) [18482700] The role of cep15 in the biosynthesis of chloroeremomycin: reactivation of an ancestral catalytic function. (Chem Biol. , 2008) comment [PMID: 9545426](1998) chloroeremomycin生合成 gene clusterの報告。 ORF15(275aa): ? 配列解析のみ。本文に詳細記載なし。 --- [PMID: 12596194](2003) グリコペプチド系抗生物質の生合成に関するレビュー。 chloroeremomycin-producing (Cep) A. orientalis由来約40genesのうち、明らかにグリコペプチド生合成経路に割り当てられる30genesを、タンパク名、予測された or 知られた機能、酵素活性の補助基質・補因子などと共にリスト化している。 >Orf15 metabolic pathway : epimerization protein name : CepI (277aa) function : epimerase cofactor : NADP クローニングと精製はされたことがあるが、解析はされていない。 --- [PMID: 18482700](2008) PMID: 17044690でCep15(=Orf15)はdTDP-glucose形成を触媒するglucose-1-phosphate thymidyltransferaseとして機能すると提唱されているが、このとき見られた低いnucleotidyltransferase活性はホストのE.coliに由来すると考えられた。よって精製したCep15で想定されたnucleotidyltransferase or deacetylaseの触媒活性を確認。Cep15はどちらの活性も持たず、chloroeremomycin生合成で明らかな役割を持たない。 teicoplanin産生株のorf2* in-frame deletion mutantはteicoplaninを産生しなくなる。cep15の代わりに遺伝子操作しやすいbal2のin-frame deletion mutantを作成したが、wild株と変わらずbalhimycinを産生した。 deacetylasesとわかっているOrf2* and Dbv21と配列比較したところ、Cep15とBal2はmetal-binding Hisの代わりにAsnを持っていた。Orf2*のHisをAsnに置換すると不活性になった。逆にCep15のN164H mutantは活性のあるdeacetylaseとなった。
Related Reference	ACC Q939Y6 NITE Balhi_00190 PmId [18482700] The role of cep15 in the biosynthesis of chloroeremomycin: reactivation of an ancestral catalytic function. (Chem Biol. , 2008) comment BLAST id82% Amycolatopsis balhimycina Putative uncharacterized protein orf2(bal2)に相当するentry. 実験内容は上記参照。

Sequence

>hypothetical protein [PCZA361.23]
MSQNLGAGRLLAISPHLDDAVLSFGAGLARAAQDGAKVTVYTVFAGTATPPYSPAAERLH
GIWGLSPDQDASLHRRNEDIAALDHLGVDYRHGRFLDAIYRTLPDGRWLADNVPGRQKLA
ISRLSPQTDPDLFAAVRDDIKSVVEECDPTLILTCAAGNGHIDNEITRDAALLVAHEKDL
PVRLWEDLPHAMFGAGPAELPEGFDLGTGDFGSVTTDMRDRKFEALRLYPSQMLMLHGPG
KDFFAQLDEHARKNSPQGGYGETTWPVVSREDNS

>hypothetical protein [PCZA361.23]
ATGTCGCAAAACCTTGGCGCGGGCCGGCTTCTGGCGATATCCCCGCATTTGGACGACGCG
GTCCTGTCGTTCGGAGCCGGCCTCGCCCGGGCGGCGCAGGACGGTGCGAAGGTGACCGTC
TACACGGTATTCGCCGGTACGGCGACGCCCCCTTACTCACCGGCGGCGGAGCGATTGCAC
GGGATCTGGGGCCTTTCGCCGGATCAAGACGCGTCGCTGCATCGCCGAAATGAAGACATC
GCCGCGCTCGACCACCTGGGGGTCGACTACCGGCACGGCCGATTCCTCGACGCCATTTAT
CGCACGTTGCCGGATGGGCGATGGCTGGCTGACAACGTGCCAGGCAGGCAAAAGCTGGCA
ATCAGCCGGCTGTCGCCGCAGACCGATCCGGATCTGTTCGCCGCGGTCAGGGATGACATC
AAATCGGTCGTCGAAGAGTGTGATCCAACGCTGATCCTCACTTGTGCGGCAGGCAACGGT
CATATCGACAACGAGATCACGCGGGATGCGGCACTGCTCGTCGCGCACGAGAAAGATCTC
CCGGTGCGACTGTGGGAAGACCTTCCGCACGCGATGTTCGGGGCAGGTCCCGCCGAACTG
CCGGAGGGCTTCGATCTCGGTACTGGAGATTTCGGCTCCGTCACGACGGACATGCGGGAC
CGGAAATTCGAGGCTCTGCGGCTCTATCCGTCGCAAATGTTGATGCTCCACGGGCCTGGC
AAGGATTTTTTCGCCCAGCTGGACGAGCATGCCCGGAAGAACTCGCCACAGGGCGGATAC
GGCGAAACGACCTGGCCTGTGGTCTCTCGCGAAGACAACAGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR003737 N-acetylglucosaminyl phosphatidylinositol deacetylase (Family) PF02585 PIG-L IPR024078 Putative deacetylase LmbE-like domain (Domain) SSF102588 SSF102588 G3DSA:3.40.50.10320 G3DSA:3.40.50.10320
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Chlor_00150 Chlor_00170