Chlor_00300 : CDS information

Location

Organism	Amycolatopsis orientalis
Strain	A82846UV37B
Entry name	Chloroeremomycin
Contig	AJ223998
Start / Stop / Direction	57,593 / 58,891 / + [in whole cluster] 23,349 / 24,647 / + [in contig]
Location	57593..58891 [in whole cluster] 23349..24647 [in contig]
Type	CDS
Length	1,299 bp (432 aa)

Annotation

Category	2.1 modification addition of extender units
Product	3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase
Product (GenBank)	PCZA361.8
Gene	dpgC ORF29
Gene (GenBank)
EC number
Keyword	Dpg
Note
Note (GenBank)	similar to enoyl hydratase
Reference	ACC O52812 PmId [9545426] Sequencing and analysis of genes involved in the biosynthesis of a vancomycin group antibiotic. (Chem Biol. , 1998) [11752437] Glycopeptide antibiotic biosynthesis: enzymatic assembly of the dedicated amino acid monomer (S)-3,5-dihydroxyphenylglycine. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2001) [15380180] DpgC is a metal- and cofactor-free 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase in the vancomycin biosynthetic pathway. (Chem Biol. , 2004) comment [PMID: 9545426](1998) chloroeremomycin生合成 gene clusterの報告。 ORF29(378aa): Carnitine racemase 配列解析のみ。詳細記載なし。 --- [PMID: 11752437](2001) chloroeremomycin産生株A. orientalis NRRL 18098由来dpgA-D（もともとはORFs 27-30としてリストされたもの）を、E. coliで発現・精製し、酵素活性と産物同定の実験に使用している。 DpgAはmalonyl-CoAから3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA(DPA-CoA)とCoASHを産生することがHPLC解析で確認された。DPA-CoAはかろうじて検出できる程度だが、DpgBを追加すると劇的に産生促進された。 DpgA/DpgBの反応にDpgCを追加したときと、合成DPA-CoAとDpgCを反応させたときに、3,5-dihydroxyphenylglyoxylateの産生とCoASHの放出が見られた。よってDpgCは、DPA-CoA → 3,5-dihydroxyphenylglyoxylateへの変換をする。 DpgCは嫌気下で活性を示さなかったのでoxygenaseであると示唆されたが、有機cofactorや金属イオンとの結合は見られなかった。 --- [PMID: 15380180](2004) DpgCによるDPA-CoA → 3,5-dihydroxyphenylglyoxylate (DPGx)への変換メカニズムをさらに調べている。DpgCは酸素移動過程によりthioester切断を媒介する1,2-dioxygenaseであることを確立している。

Sequence

>3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase [PCZA361.8]
MTTDSATLSPGLDHRALAEACRQVDDLLAELPAPPDRTSAEREAASSALDKIRAMRTDYV
EAHAEEIYAELTLGRTQYLRIDELVRAAAIAYPGLVPTDEQMAAERARPQAAKEGREIDQ
GIFLRGILRAPKAGPHLLDAMLRPTAKALRLLPEFVETGVVRMEAVRLERRDGVAYLTLC
RDDCLNAEDAQQVDDMETAVDLALLDPSVRVGMVRGGEMTHPRYQGRRVFCAGINLKKLS
SGDIPLVDFLLRRELGYIHKIVRGVLTEGSWHSRFVDKPWLAAVDSFAIGGGAQLLLVFD
HVLAASDSYFSLPAAKEGIIPGASNYRLSRFTGPRVARQVILGGRQIQADEPDARLILDE
VVPPEGMDTAIEGALARLDADAVRANRRMLNLAEEPPDEFRRYMAEFALQQALRIYGEDV
IGKVGRFAAGSA

>3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase [PCZA361.8]
GTGACAACGGATTCCGCGACGCTGTCGCCAGGGCTCGACCATCGAGCCCTGGCGGAGGCG
TGCAGACAAGTCGATGATCTGCTCGCCGAGCTGCCCGCGCCTCCTGACCGGACCTCCGCC
GAGCGTGAAGCCGCGTCCTCGGCGCTGGACAAGATCAGGGCGATGCGCACGGACTACGTC
GAGGCGCACGCCGAGGAGATCTACGCCGAACTCACTCTGGGCCGGACGCAGTACCTGCGC
ATCGACGAGCTCGTCCGCGCCGCCGCCATCGCCTATCCCGGCCTCGTGCCCACGGACGAG
CAGATGGCGGCCGAGCGCGCGCGGCCGCAGGCGGCCAAGGAAGGGCGCGAGATCGATCAG
GGCATATTCCTGCGTGGGATCCTGCGTGCCCCGAAGGCCGGTCCGCACTTGCTCGACGCC
ATGCTCCGGCCCACCGCCAAGGCTCTGCGGCTACTGCCCGAATTCGTCGAGACCGGCGTC
GTGCGAATGGAAGCGGTCCGGCTGGAACGCCGTGACGGTGTCGCGTACCTGACCCTGTGC
CGGGACGACTGCCTGAACGCCGAAGACGCGCAACAGGTCGACGACATGGAGACCGCGGTC
GATCTGGCGCTGCTCGATCCGTCCGTCCGGGTGGGGATGGTCCGGGGCGGAGAGATGACC
CATCCCCGGTATCAGGGGCGCCGCGTGTTCTGCGCCGGTATCAACCTCAAGAAGCTCAGC
TCCGGCGACATTCCCTTGGTCGACTTCCTGTTGCGGCGGGAGCTCGGCTACATCCACAAG
ATCGTTCGTGGTGTGCTCACGGAAGGTTCGTGGCACTCAAGGTTCGTCGACAAGCCATGG
CTGGCCGCCGTCGATTCGTTCGCCATCGGCGGCGGGGCTCAGCTGCTGCTGGTCTTCGAC
CACGTGCTGGCGGCCTCCGACAGCTACTTCAGCCTGCCCGCGGCGAAGGAAGGGATCATT
CCCGGCGCGTCGAACTACCGGCTCAGCCGGTTCACCGGGCCACGCGTGGCCAGGCAGGTG
ATCCTCGGCGGCCGTCAGATCCAGGCGGATGAGCCGGACGCACGGTTGATCCTCGACGAG
GTCGTCCCGCCGGAGGGGATGGACACGGCGATCGAGGGCGCACTGGCGCGCCTCGACGCG
GACGCGGTGCGGGCCAACCGGCGCATGCTGAACCTGGCTGAGGAACCACCCGACGAATTC
CGGCGGTATATGGCCGAATTCGCGTTGCAGCAGGCGTTGCGCATCTACGGCGAGGACGTG
ATCGGCAAGGTCGGCAGGTTCGCGGCGGGATCGGCATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001753 Crotonase, core (Domain) PF00378 ECH
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Chlor_00290 Chlor_00310