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Lydi_00060 : CDS information

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Organism
StrainTP-A0598 (=NBRC 110027)
Entry nameLydicamycin
Contig
Start / Stop / Direction11,060 / 10,050 / - [in whole cluster]
11,060 / 10,050 / - [in contig]
Locationcomplement(10050..11060) [in whole cluster]
complement(10050..11060) [in contig]
TypeCDS
Length1,011 bp (336 aa)
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Category1.4 Other
Productputative acyltransferase
Product (GenBank)putative acyltransferase
GeneTPA0598_03_00700
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[26380643] Draft genome sequence of marine-derived Streptomyces sp. TP-A0598, a producer of anti-MRSA antibiotic lydicamycins. (Stand Genomic Sci. , 2015)
comment
Streptomyces sp. TP-A0598におけるputative lydicamycin biosynthetic gene clusterの報告。
このclusterが実際にlydicamycin産生に関わるかどうかの実験的な確認はされていない。

TPA0598_03_00700(336aa): transacylase

ECO-02301生合成gene clusterでのstarter 4-aminobutyryl-CoA形成に割り当てられたORFsと比較し、amidinohydrolaseに相当するORFだけが存在しないことから、このclusterでのpolyketide組み立てにおけるstarterは4-guanidinobutyryl-CoAであると提唱している。配列解析のみ。
Related Reference
ACC
Q52V48
PmId
comment
BLAST id56%
Streptomyces aizunensis
Acyl transferase
ORF18に相当するentry

ゲノムマイニングを利用したStreptomyces aizunensis NRRL B-11277からの新規抗真菌抗生物質ECO-02301の分離同定。

4つのORFs(18, 26, 27, 32) は、arginine → γ-aminobutyryl-CoAへと変換し、活性化されたγ-aminobutyryl-CoAをPKSシステムのLMのACP domainにロードする能力のある酵素をコードする遺伝子であると述べられている。これら遺伝子については配列解析のみ。

arginine
↓ ORF27: amine oxidase
↓ ORF26: acyl-CoA ligase
↓ ORF32: amidinohydrolase
γ-aminobutyryl-CoA
↓ ORF18: transacylase
starterとしてPKS LM(module 0)のACPへ付加される。
ACC
Q76KY5
NITE
Vicen_00150
PmId
[22010945] A natural protecting group strategy to carry an amino acid starter unit in the biosynthesis of macrolactam polyketide antibiotics. (J Am Chem Soc. , 2011)
[26831085] Structure-based analysis of the molecular interactions between acyltransferase and acyl carrier protein in vicenistatin biosynthesis. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2016)
comment
BLAST id48%
Streptomyces halstedii_vinK
Malonyl-CoA-[acyl-carrier-protein] transacylase
[DoBISCUIT] alanine-3-amino-2-methylpropionyltransferase

---
[PMID: 22010945](2011)
VinJ, K, L, M, N, Oの酵素的解析を行っている論文。

VinP1のACP domainのみを発現し、Sfpでholo型に変換。
alanine-3-amino-2-methylpropionyl-VinL と VinP1-ACPをVinKで反応させ、産物をLC-ESI-MS解析。効率的なdipeptide transferが起こり、alanine-3-amino-2-methylpropionyl-VinP1-ACPが形成された。

また、VinKの基質特異性を確認するため、3つのaminoacyl-VinLs
・3-methylaspartate-VinL
・3-amino-2-methylpropionyl-VinL
・alanine-3-amino-2-methylpropionyl-VinL
を基質として検討。

alanine-3-amino-2-methylpropionyl-VinLのみが選択的にVinP1-ACPへ移動された。

---
[PMID: 26831085](2016)
VinKおよびVinK-VinL複合体の構造解析。

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selected fasta
>putative acyltransferase [putative acyltransferase]
MGRTEAQAGGSPIAPAVERDSGRASRTAVLFPGMGRFDFASAGRFLVLDRYARARLAVAD
EVLGFSVLERFHDAGADYSEYAQLAFLIASLAAADRAEDRFGMRPDVCAGASFGQKAAAA
YAGSLDFPDVVRMTAELARCEKEYFTTEHSDVVTHAVYRVPDEEFHALLDEMRARGDWFE
ISGELDRGFYMVSLPESRLEDFIRAVRDLGGYSMYTMRPPVHARAFGALRRKAEAEVFTK
YRIKAPRLPVISDADGTVVESAEAMRTMLLDTFDRAIHWPAMVTSMAGLGVDTLHVTGAD
DMFHRLNCTARAFDVLTVNPKNALRPGPPKLRSRAA
selected fasta
>putative acyltransferase [putative acyltransferase]
ATGGGTCGGACTGAAGCGCAAGCCGGGGGCTCCCCCATCGCGCCGGCCGTCGAGCGAGAC
TCCGGCAGGGCGTCGCGGACCGCCGTACTGTTCCCCGGCATGGGCCGGTTCGATTTCGCG
AGCGCCGGCCGGTTCCTGGTGCTCGACCGGTATGCCCGCGCCCGGCTCGCGGTCGCCGAC
GAGGTGCTCGGCTTCTCCGTGCTGGAACGGTTCCACGACGCCGGCGCCGACTACTCCGAG
TACGCCCAGTTGGCCTTTCTGATCGCTTCGCTCGCCGCCGCCGACCGGGCCGAGGACCGG
TTCGGTATGCGGCCCGACGTCTGTGCCGGGGCCAGCTTCGGCCAGAAGGCGGCGGCTGCG
TACGCCGGTTCGCTCGATTTCCCCGATGTCGTACGGATGACGGCGGAGCTGGCGCGCTGC
GAGAAGGAGTACTTCACCACCGAGCACTCGGACGTGGTGACCCACGCCGTTTACCGCGTC
CCGGACGAGGAGTTCCACGCCCTGCTGGACGAAATGCGGGCGCGGGGCGACTGGTTCGAG
ATTTCCGGCGAGCTGGACCGCGGGTTCTACATGGTGTCCCTGCCGGAATCGCGGCTGGAG
GATTTCATCCGGGCGGTGCGGGACCTCGGCGGATACTCGATGTACACCATGCGCCCGCCG
GTGCATGCCCGTGCGTTCGGCGCACTGCGCCGCAAGGCGGAGGCCGAGGTCTTCACCAAG
TACCGGATCAAGGCGCCCCGGCTCCCCGTCATCTCGGACGCCGACGGCACGGTGGTGGAG
TCCGCCGAGGCGATGCGGACCATGCTGCTGGACACCTTCGACCGGGCGATCCACTGGCCG
GCCATGGTGACCTCGATGGCCGGCCTCGGCGTGGACACGCTCCATGTCACCGGCGCCGAT
GACATGTTCCACCGGCTGAACTGCACCGCCCGTGCCTTCGACGTCCTCACGGTCAACCCG
AAGAACGCCCTGCGCCCGGGGCCCCCGAAGCTCCGCAGCCGGGCCGCCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001227 Acyl transferase domain (Domain)
[218-304] 2.3e-21 G3DSA:3.40.366.10
G3DSA:3.40.366.10   no description
IPR016035 Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase (Domain)
[26-328] 1.3e-25 SSF52151
SSF52151   FabD/lysophospholipase-like
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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