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微生物 : Pedobacter heparinus

微生物株情報

NBRC番号 12017
学名 Pedobacter heparinus
別名（シノニム） Cytophaga heparina
Flavobacterium heparinum
Sphingobacterium heparinum
由来 IFO 12017 <- Nagoya Univ. <- ATCC 13125 <- NIHA (E.K. Korn)
他保存機関番号 ATCC 13125=CCUG 12810=CIP 104194=CIP 105498=DSM 2366=JCM 7457=LMG 10339=LMG 4024=NCIB 9290=NCIMB 9290=NRRL B-14731
他株番号
参考文献
9542086
Classification of heparinolytic bacteria into a new genus, Pedobacter, comprising four species: Pedobacter heparinus comb. nov., Pedobacter piscium comb. nov., Pedobacter africanus sp. nov. and Pedobacter saltans sp. nov. proposal of the family Sphingobacteriaceae fam. nov. (Int J Syst Bacteriol. 1998)
13385232
The degradation of heparin by bacterial enzymes. I. Adaptation and lyophilized cells. (J Biol Chem. 1956)

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タイプパターン 構成遺伝子 該当CDS
Alanine racemization(NFUNC_0063)
必須A
ALR
(NRULE_0228)
Alanine racemasePhep_3032
Aminoglycoside resistance (by aminoglycoside O-nucleotidyltransferase)(NFUNC_0042)
必須A
ANT6
(NRULE_0151)
Aminoglycoside 6-adenylyltransferasePhep_1496
Bacitracin resistance(NFUNC_0022)
必須A
UPPP
(NRULE_0097)
Undecaprenyl-diphosphatasePhep_3546
Metal-binding protein(NFUNC_0105)
必須C
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinPhep_1259
Molybdate transport (ABC transporter)(NFUNC_0097)
必須A
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinPhep_1259
Streptomycin resistance(NFUNC_0054)
必須A
ANT6
(NRULE_0151)
Aminoglycoside 6-adenylyltransferasePhep_1496

ゲノム配列情報

BioProject IDPRJNA27949
ローカスタグPHEP
INSDC entriesCP001681
ステータスComplete
解析状況
コンティグ数1
サイズ(bp) 5,167,383
遺伝子数 4,252
フィニッシングゴール
アセンブル方法Phrap
冗長度
シーケンス方法
参考文献
  • Complete genome sequence of Pedobacter heparinus type strain (HIM 762-3). (Stand Genomic Sci. 2009) PMID: 21304637

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ゲノム塩基配列 CDS塩基配列 CDSアミノ酸変換配列 遺伝子/ORF リスト
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gz		 FASTA
gz		 TSV
uncompressed
1.5 MB 1.4 MB 1018.7 KB 317.8 KB