ハロアルカン分解
概要
ハロアルカンはアルカン (CnH2n+2) の水素がハロゲンに置き換わった化合物で、ハロアルカンデハロゲナーゼによる脱ハロゲン化の後、数ステップを経て glycolate もしくは 2-hydroxyacid に分解される。
MiFuP では、ハロアルカン分解の中でも 1,2-dichroloethane 分解をモデルに Function/Rule を作成した。
機能に関する知見
機能を示すメカニズム
ハロアルカンデハロゲナーゼ (EC 3.8.1.5
) は α/β-hydrolase family に属する加水分解酵素で、アルコールとハロゲン化水素を生じる反応を触媒する。
生じたアルコールは alcohol dehydrogenase、および aldehyde dehydrogenase により haloacetate に変換され、haloacetate dehalogenase (EC 3.8.1.3) により glycolate に、
haloalkanoic acid dehalogenase (EC 3.8.1.2) により 2-hydroxyacid に代謝される。
Metabolic pathway of haloalkane.
) は α/β-hydrolase family に属する加水分解酵素で、アルコールとハロゲン化水素を生じる反応を触媒する。
生じたアルコールは alcohol dehydrogenase、および aldehyde dehydrogenase により haloacetate に変換され、haloacetate dehalogenase (EC 3.8.1.3) により glycolate に、
haloalkanoic acid dehalogenase (EC 3.8.1.2) により 2-hydroxyacid に代謝される。
- Haloalkane dehalogenase (EC 3.8.1.5)
EC 3.8.1.5を対象とする既存ルール。(カッコ内は UniProt での登録数, May 2013 時点).
HAMAPに2つのsubfamilyが存在。配列の相同性は高いが、基質特異性が異なる。
Haloalkane dehalogenase 既存ルールのカバーしている範囲.
関連外部リンク
- MetaCyc Pathway: 1,2-dichloroethane degradation
- eawag-BBD: 1,2-Dichloroethane Pathway Map
MiFuPへのリンク
- NFUNC_0010 Haloalkane degradation (conversion into hydroxyacid)
NRULE_0050 Haloalkane dehalogenase
NRULE_0051 (S)-2-haloacid dehalogenase
NRULE_0075 Haloacetate dehalogenase
（更新日 2014-03-13）