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About MiFuP Safety

MiFuP Safetyは、微生物のゲノム情報から有害性に関わる遺伝子を検索し、微生物の有害性を推定するデータベースです。
MiFuP Safetyでできることは?
機能検索画面において、微生物ゲノムの塩基配列又はアミノ酸配列を入力し検索すると、その配列中に有害性に関わる遺伝子領域が含まれていないか検出し、対象の微生物が有害性機能を有するかどうかを推定できます。 検索方法の詳細については、機能検索 をご参照ください。
MiFuP Safetyでなぜ有害性機能の推定ができるの?
微生物が有する毒素生産能や薬剤耐性能などの有害性機能に関与する遺伝子(有害性遺伝子)は、ゲノムにコードされています。 そのため、ゲノム中に存在する有害性遺伝子の有無を調べることで、微生物の有害性を推定することが可能です。
MiFuP Safetyには、機構の専門スタッフによる文献調査に基づき、有害性機能の発揮に必要な遺伝子についての情報が収録されています。 有害性機能に複数の遺伝子が関与している場合は、機能の発揮に必要な遺伝子の組合せ(遺伝子セット )も確認することができます。 また、有害性遺伝子のオーソログを検出するための条件は、相同性検索ドメイン構成やモチーフの検索、分子系統解析の結果に基づき設定しています。
このように、あらかじめ機構が設定した条件の下、ゲノム配列情報から有害性機能の発揮に必要な遺伝子を検索し、有害性機能を推定することが可能です。
これまでアノテーションの知識や経験を必要としていた作業が、MiFuP Safetyを用いることで、短時間かつオートマティックに実施できるようになりました。
MiFuP Safetyで検索できる有害性に関わる遺伝子とは?
MiFuP Safetyで検索できる有害性遺伝子は、細菌を対象とした毒素、薬剤耐性等に関わる遺伝子です。これらの遺伝子情報は、機構が独自に文献調査を行って収集したものです。 現在、収録されている遺伝子の種類は、遺伝子リスト で確認できます。
MiFuP Safetyで機能検索するとどんな情報が得られるの?
検索結果ページ では、推定された毒素生産能や薬剤耐性能等の有害性機能名と、 その機能に関与する遺伝子がコードするタンパク質名等が表示されます。 有害性機能に複数の遺伝子が関与している場合は、機能の発揮に必要な遺伝子群を「遺伝子セット 」として表示します。 また、遺伝子セットの構成遺伝子が揃っていない場合でも、検出された遺伝子と欠けている遺伝子の情報が表示されます。
有害性機能について詳しく知りたい場合は?
MiFuP Safetyで検索できる有害性機能について、そのメカニズム、関連遺伝子、文献情報をまとめたページ(Note)を用意しましたので、ご覧ください。
MiFuP Safetyをご利用になる際の注意点
MiFuP Safetyは、機構が独自に微生物の有害性機能について調査し、関連する有害性遺伝子の特定及び検出条件の設定を行い、ゲノム情報からそれらの有害性遺伝子を検出できるよう開発したデータベースです。 したがって、 MiFuP Safetyを用いて得られた検索結果は、ゲノム情報のみに基づくものであり、微生物の危険性の有無や安全性を保証するものではありません。 また、 MiFuP Safetyに収録していない有害性遺伝子及び機能については検索できませんので、予めご了承ください。検索できる機能については、MiFuP Safetyで検索できる有害性機能をご参照ください。
MiFuP Safetyの著作権について
MiFuP Safetyは、独立行政法人 製品評価技術基盤機構(NITE)のバイオテクノロジーセンター(NBRC)で開発し、 2017年12月6日から公開しています。 本サイトの著作権については、製品評価技術基盤機構:ホームページの利用についてをご覧ください。