Conca_00100 Conca_00100   Conca_00120 Conca_00120

Conca_00110 : CDS information

close this sectionLocation

Organism
StrainATCC 27449 (=NBRC 13477)
Entry nameConcanamycin A
Contig
Start / Stop / Direction77,903 / 78,181 / + [in whole cluster]
77,903 / 78,181 / + [in contig]
Location77903..78181 [in whole cluster]
77903..78181 [in contig]
TypeCDS
Length279 bp (92 aa)
Click on the icon to see Genetic map.

close this sectionAnnotation

Category2.1 modification addition of extender units
Productputative acyl carrier protein
Product (GenBank)methoxymalonate biosynthesis protein
Gene
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • methoxymalonyl-ACP
Note
Note (GenBank)
  • ORF 2*
Reference
ACC
PmId
[16207901] Organization of the biosynthetic gene cluster for the macrolide concanamycin A in Streptomyces neyagawaensis ATCC 27449. (Microbiology. , 2005)
comment
ORF2* methoxymalonate biosynthesis (acyl carrier protrin)

ORF2*はmethoxymalonyl-ACPの生合成に関与が示唆されている遺伝子を含んだascomycin biosynthetic clusterにあるFkbJにhomologousである。
Related Reference
ACC
Q8KUG2
NITE
Ansam_00160
PmId
[11960423] Identification of a set of genes involved in the formation of the substrate for the incorporation of the unusual "glycolate" chain extension unit in ansamitocin biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2002)
[11996558] Functional expression of genes involved in the biosynthesis of the novel polyketide chain extension unit, methoxymalonyl-acyl carrier protein, and engineered biosynthesis of 2-desmethyl-2-methoxy-6-deoxyerythronolide B. (J Am Chem Soc. , 2002)
comment
8th(Q8KUG2) 62%, 6e-19
Actinosynnema pretiosum subsp. auranticum_asm14
Acyl carrier protein

---
[PMID:11960423](2002)
CoAの代わりにSNACを使い13C-labelした2-hydroxymalonyl-SNAC or 2-methoxymalonyl-SNACを用いて取り込みを測定。側鎖前駆体isobutyrateと共にA. pretiostmz ATCC 31565に与えたが、ansamitocin P-3での同位体濃縮はなかった。したがって珍しいunitによる3つめの鎖伸長stepは、2-hydroxymalonyl-CoA or 2-methoxymalonyl-CoAを基質として使用しない。

珍しい伸長unitの合成に関連しそうなsubclusterにはACPであると予測されるORFが含まれた。これをコードするasm14を不活化するとansamitocin産生や新規化合物蓄積ができなかった。

よって鎖伸長反応の基質は、おそらく2-hydroxy- or 2-methoxymalonyl-ACPである。

また、asm15 mutantでは珍しい伸長unitの代わりにmalonate unitを取り込んだ10-desmethoxy-ansamitocin P-3が見られた。asm14 mutantではこの化合物が検出されなかったので、asm14によってコードされるACPはmalonateの異常な取り込みにも必要である。これは機能的に能力のある立体構造でPKSを維持するため、またはPKSのAT3にmalonateを実際に運搬するためと考えられる。

---
[PMID:11996558](2002) abstract
S. lividansで、AT domainsのひとつがmethoxymalonateに特異的なATで置換されているerythromycin PKSのカセットとasm13-17を同時発現すると、予測された位置にmethoxymalonateが取り込まれた6-deoxyerythronolide Bの派生体が産生された。よって、asm13-17はmethoxymalonyl-ACP生合成に十分である。

また、methyltransferaseをコードするasm17を削除すると、そのhydroxy類似体ではなく6-deoxyerythronolide Bが得られたので、伸長unitのmethylationはその取り込みのために必要である。
Family/Domain
FD
IPR009081
comment
[IPR009081] Acyl carrier protein-like (Domain)

close this sectionSequence

selected fasta
>putative acyl carrier protein [methoxymalonate biosynthesis protein]
MNVMTMPSEGTVEKELLDFLHVRTKTVWEEDTDLFAAGGLSSLFAMELVVHLEKSYGIAI
RGADLRLDNFRTVTGMAALVRRLRAAAGDGGE
selected fasta
>putative acyl carrier protein [methoxymalonate biosynthesis protein]
ATGAACGTCATGACCATGCCATCCGAAGGGACCGTGGAGAAGGAACTCCTCGACTTCCTG
CACGTACGCACCAAGACCGTCTGGGAAGAGGACACCGACCTCTTCGCGGCCGGCGGACTC
TCGTCCCTGTTCGCCATGGAACTCGTCGTCCACCTGGAGAAGTCCTACGGCATCGCGATC
CGGGGCGCCGATCTGCGGCTGGACAACTTCCGTACCGTCACGGGAATGGCGGCACTGGTC
CGCCGTCTGCGCGCGGCAGCCGGGGACGGCGGTGAGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR009081 Acyl carrier protein-like (Domain)
[4-84] 5.59999989417023e-12 SSF47336
SSF47336   ACP_like
[8-81] PS50075
PS50075   ACP_DOMAIN
[13-82] 2e-12 G3DSA:1.10.1200.10
G3DSA:1.10.1200.10   ACP_like
[16-80] 6.00000000000001e-07 PF00550
PF00550   PP-binding
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Conca_00100 Conca_00100   Conca_00120 Conca_00120
Page top