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Conca_00160 : CDS information

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Organism
StrainATCC 27449 (=NBRC 13477)
Entry nameConcanamycin A
Contig
Start / Stop / Direction85,547 / 83,535 / - [in whole cluster]
85,547 / 83,535 / - [in contig]
Locationcomplement(83535..85547) [in whole cluster]
complement(83535..85547) [in contig]
TypeCDS
Length2,013 bp (670 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
Productputative carbamoyltransferase
Product (GenBank)putative carbamoyltransferase
Gene
Gene (GenBank)
EC number2.1.3.-
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • ORF7*
Reference
ACC
PmId
[16207901] Organization of the biosynthetic gene cluster for the macrolide concanamycin A in Streptomyces neyagawaensis ATCC 27449. (Microbiology. , 2005)
comment
ORF7* carbamoyltransferase

ORF5*-11*はconcanamycinAのsugar moietyである4'-O-carbamoyl-2'-deoxyrhamnoseの合成と付加に関与していると考えられている。
ORF7*は、多くの細菌種のnodulation factorsの合成におけるsugar O-carbamoylationに必要なcarbamoyltransferaseにベストマッチ。
Fig. 3で提唱される4'-O-carbamoyl-2'-deoxyrhamnose生合成経路で、4'-OH基へのcalbamoyl基の反応が示されている。
Related Reference
ACC
Q8KUG9
NITE
Ansam_00230
PmId
[14624546] The post-polyketide synthase modification steps in the biosynthesis of the antitumor agent ansamitocin by Actinosynnema pretiosum. (J Am Chem Soc. , 2003)
[22195559] Dual carbamoylations on the polyketide and glycosyl moiety by asm21 result in extended ansamitocin biosynthesis. (Chem Biol. , 2011)
comment
Blast 9th, id58%, 0.0
Actinosynnema pretiosum subsp. auranticum_asm21
O-carbamoyltransferase

---
[PMID:14624546](2003)
Actinosynnema pretiosumのansamitocin生合成gene clusterにある6genesの機能を、遺伝子不活化とmutantの化学分析によって調査。

それらはそれぞれ
halogenase (asm12),
carbamoyltransferase (asm21),
20-O-methyltransferase (asm7),
3-O-acyltransferase (asm19),
epoxidase (asm11),
N-methyltransferase (asm10)
をコードし、ansamitocin形成において6つのPKS後修飾ステップを担う。

asm21 deletion mutantは、19-chloroproansamitocinと20-O-methyl-19-chloroproansamitocinを蓄積。これらにはcarbamoyl基がないことから、asm21はcarbamoyltransferaseをコードする。

---
[PMID:22195559](2011)
asm21不活化mutantにおいて4つの産物が蓄積。
20-O-methyl-19-chloroproansamitocin　←固形培地での主要産物
19-chloroproansamitocin　←液体培地での主要産物
14-beta-hydroxy-20-O-methyl-19-chloroisoproansamitocin
14-alpha-hydroxy-20-O-methyl-19-chloroisoproansamitocin

Asm21のN末伸長とC末の保存が必要なことを、asm21 mutantの相補により確認。

E.coli発現したHis-tagged Asm21を用いて活性確認。
Asm21はasm21 mutantで蓄積したすべての産物をcarbamoyl化できた。
また、kinetics測定結果から、20-O-methyl-19-chloroproansamitocinがAsm21の望まれた基質であると示された。

固形培地で培養されたA. pretiosum ATCC 31565から新たに分離された4''-O-carbamoyl ansamitocinosideは、ansamitocin P-3のN-methyl基の代わりにamide nitrogenに付着したbeta-D-glucosyl部分を持っており、polyketide骨格と糖部分の両方でcarbamoyl化されている。

このN-glucosyl部分にあるC-4 OH基のcarbamoylationも、Asm21が触媒することが確認された。
触媒定数から、Asm21がpolyketide骨格よりもglucosyl部分のcarbamoylationを好むことが示された。

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selected fasta
>putative carbamoyltransferase [putative carbamoyltransferase]
MLVLGLSGNFSARDSDLVPLMPDQLFHDSAACLVRDGEVIAAVEEERFNRIKKTTKFPVN
AIRACLDVAGVTVDQLDGVAYYFPEDFVDTTLNFFYTVHPKVPTVYCRQLIKQWFAEEFN
WDLGDDKLVFTPHHDAHAIAAVARSGIPESLVLVLDGRGEENSGTVYRAGEGRLEKLADY
PVFKSLGMLYLNATQLLGYGFGDEYKVMGLAPYGDPATFRDAVSSLYLLGDKGDYNLLPN
MSVPDLVGPSMLARGITPRRKGEPFTQQHKDFAAATQEALEKIVLHVLTHWAESTGLSRL
CFGGGVAHNSTLNGNILRSGLFREVFVHPASHDAGASEGAAFLAADQLGGAARPVRRSRT
ASSGPALGTEAEVRDRLGAWGAALDFERHEDIVPVAAGLLADGAVLGWAQGRSEFGPRAL
GNRSIIADARPAENQTRINAMVKQRESYRPFAPVVTAEAASDYFDLPATEANYDFMSYVV
PVREERRPQLGAVTHIDGTARVQVVDPVANERFHRLVAAFGERTGTPVLLNTSFNNNAEP
IVQTIDDVVTCFLTTDLDYLVVEDFLVRRRSADPSADLDALVPRLRPVTRLARRLGTGAA
AAGPAWHEISLDYAGAPVTKVSEELFTLLSVVDGVRTVGELAKEAGVVPDEVRAELYEIW
QQRYLTITPA
selected fasta
>putative carbamoyltransferase [putative carbamoyltransferase]
ATGTTGGTGCTCGGGTTGAGCGGAAACTTCTCCGCGCGGGACTCGGATCTCGTCCCCCTC
ATGCCGGACCAGTTGTTCCATGACTCGGCCGCGTGTCTGGTGCGGGACGGCGAGGTGATC
GCCGCCGTCGAGGAGGAACGGTTCAACCGGATCAAGAAGACCACCAAGTTCCCGGTCAAC
GCGATCCGCGCCTGCCTGGATGTGGCGGGGGTGACGGTCGACCAGCTCGACGGCGTGGCG
TACTACTTCCCTGAGGACTTCGTCGACACCACGCTCAACTTCTTCTACACCGTCCACCCG
AAGGTGCCCACGGTGTACTGCCGCCAGCTGATCAAGCAGTGGTTCGCCGAGGAGTTCAAC
TGGGATCTCGGCGACGACAAGCTCGTCTTCACCCCGCACCACGACGCGCACGCGATAGCG
GCGGTGGCCCGGTCCGGGATACCGGAGTCGCTGGTGCTGGTCCTGGACGGCCGCGGCGAG
GAGAACTCCGGCACCGTCTACCGGGCGGGCGAGGGACGGCTGGAGAAGCTGGCCGACTAC
CCGGTCTTCAAATCACTGGGCATGCTCTACCTCAACGCCACCCAGCTGCTCGGCTACGGC
TTCGGCGACGAGTACAAGGTGATGGGCCTGGCACCCTACGGCGACCCGGCGACCTTCCGC
GACGCCGTCAGCTCGCTGTACCTGTTGGGCGACAAGGGCGACTACAACCTGCTGCCGAAC
ATGTCGGTGCCCGACCTGGTCGGCCCGTCGATGCTCGCGAGGGGCATCACGCCGCGCCGC
AAGGGCGAGCCGTTCACCCAGCAGCACAAGGACTTCGCCGCCGCCACCCAGGAGGCGCTG
GAGAAGATCGTGCTGCATGTGCTGACGCACTGGGCCGAGTCGACCGGCCTGTCCCGGCTG
TGTTTCGGCGGCGGCGTGGCCCACAATTCCACCCTGAACGGCAACATCCTGCGCTCCGGG
CTGTTCCGCGAGGTGTTCGTGCACCCGGCGTCGCACGACGCCGGCGCGAGCGAGGGTGCC
GCTTTCCTCGCGGCCGACCAGCTGGGCGGTGCGGCCCGGCCGGTCCGCCGGTCCCGCACC
GCGAGCTCGGGCCCCGCGCTGGGTACCGAGGCGGAGGTCCGCGACCGCCTGGGCGCGTGG
GGTGCGGCGCTCGACTTCGAGCGGCACGAGGACATCGTGCCGGTCGCGGCCGGACTGCTG
GCCGACGGTGCGGTCTTGGGCTGGGCGCAAGGACGTTCGGAGTTCGGCCCGCGGGCGCTG
GGCAACCGGAGCATCATCGCGGACGCCCGGCCGGCGGAGAACCAGACCAGGATCAACGCG
ATGGTGAAGCAGCGGGAGAGCTACCGGCCGTTCGCGCCCGTGGTCACCGCCGAGGCCGCC
TCCGACTACTTCGACCTGCCCGCCACCGAGGCGAACTACGACTTCATGTCCTACGTGGTT
CCCGTCCGCGAGGAGCGCCGGCCGCAACTGGGCGCGGTCACCCACATCGACGGCACCGCG
CGAGTGCAGGTCGTCGACCCGGTCGCGAACGAACGGTTCCACCGGCTCGTCGCGGCCTTC
GGCGAGCGCACCGGGACACCGGTGCTGCTCAACACGTCCTTCAACAACAACGCGGAGCCG
ATCGTGCAGACCATCGACGACGTGGTGACGTGCTTCCTGACCACCGATCTGGACTACCTG
GTGGTCGAGGACTTCCTGGTGCGCCGGCGTTCGGCGGACCCATCGGCCGACCTGGACGCA
CTCGTTCCCCGGTTGCGGCCGGTGACCAGGCTGGCGCGCCGACTCGGCACCGGGGCCGCC
GCAGCCGGTCCCGCCTGGCACGAGATCTCCCTGGACTACGCCGGAGCTCCGGTGACCAAG
GTGTCGGAGGAGCTGTTCACGCTGCTCAGCGTCGTGGACGGCGTGCGCACCGTCGGCGAG
CTGGCGAAGGAGGCCGGCGTCGTCCCCGACGAGGTGCGTGCCGAGCTGTACGAAATCTGG
CAGCAGCGGTACCTGACGATTACCCCGGCCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR003696 Carbamoyltransferase (Family)
[143-503] 8.80000000000003e-95 PF02543
PF02543   CmcH_NodU
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Conca_00150 Conca_00150   Conca_00170 Conca_00170
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