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Nanch_00210 : CDS information

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Organism
StrainNS3226
Entry nameNanchangmycin
Contig
Start / Stop / Direction77,864 / 76,992 / - [in whole cluster]
77,864 / 76,992 / - [in contig]
Locationcomplement(76992..77864) [in whole cluster]
complement(76992..77864) [in contig]
TypeCDS
Length873 bp (290 aa)
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Category1.4 Other
Productthioesterase
Product (GenBank)NanE
Gene
Gene (GenBank)nanE
EC number
Keyword
  • unusual type
Note
Note (GenBank)
  • putative epoxide hydrolase
Reference
ACC
PmId
[12770825] A complete gene cluster from Streptomyces nanchangensis NS3226 encoding biosynthesis of the polyether ionophore nanchangmycin. (Chem Biol. , 2003)
[16984884] Identification of NanE as the thioesterase for polyether chain release in nanchangmycin biosynthesis. (Chem Biol. , 2006)
[18482697] Mechanism of thioesterase-catalyzed chain release in the biosynthesis of the polyether antibiotic nanchangmycin. (Chem Biol. , 2008)
comment
[PMID: 12770825](2003)
nanchangmycin生合成のためのcomplete gene clusterの報告。
（complete clusterと言っているが、同定されたclusterがNanchangmycin生合成に十分かは確認されていない。）

配列解析からの機能予測
NanE: Epoxidase hydrolase

NanOのepoxide形成に引き続くそれらの開環を担うことが示唆されている。

---
その後の報告でPKSからのpolyketide鎖(polyether鎖)の放出をすることがわかっている。

---
[PMID: 16984884](2006)
recombinant CR domain, ACP-CR didomain, NanEがテストされたとき、NanEだけがpolyether-SNACを加水分解した。よってNanEがpolyketide鎖(polyether鎖)の放出を担うthioesteraseである。

CR(chain-releasing) domainは、nanchangmycin PKSの最終moduleにあるACP14の下流に融合したdomain.

---
[PMID: 18482697](2008)
glycosyl transferase gene nanG5のdeletionもnanchangmycin生合成を廃止することから、NanEはnanchangmycin生合成における最終ステップを触媒することを強く示す。
NanEのcatalytic triadの同定もしている。

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selected fasta
>thioesterase [NanE]
MSVPVDHAVHLNVRHRPGRDGRPFLLLHGLGSNARLWDEVADLLAAAGHPVYALDMRGHG
DSDLPEHGYDNATAVADLVAVCRELRLTGALFAGHSWGGNLAVRLAAQHPELAAGLALVD
GGWIGFVDTSRYAPTREKSVELAGWWRDVTGIKEETMRELLRGLHPTWSQTAVEASLADM
VEGPDGLLVQRLPLEHYMSLADSMWQDPPARWYPGITAPVLLLVALPAHAQSWGTYARKW
VAEAEAAIPQAESRWYVDTDHNLHVEEPERVASDLLDLARLVDKPAPERS
selected fasta
>thioesterase [NanE]
TTGTCCGTTCCGGTAGACCACGCAGTGCATTTGAACGTGCGGCACCGGCCGGGCCGCGAC
GGCCGGCCGTTCCTGCTGCTCCACGGGCTGGGGTCCAACGCCCGGCTGTGGGACGAGGTC
GCCGATCTGCTCGCGGCCGCCGGCCACCCCGTCTACGCGCTCGACATGCGCGGACACGGT
GACTCCGACCTGCCGGAGCACGGGTACGACAACGCGACCGCCGTGGCGGACCTGGTGGCC
GTCTGCCGCGAGCTGCGGCTGACCGGGGCGCTGTTCGCCGGCCACTCCTGGGGCGGAAAC
CTCGCGGTGCGGCTCGCGGCCCAGCACCCCGAGCTGGCCGCCGGCCTCGCGCTGGTGGAC
GGCGGCTGGATCGGCTTCGTCGACACCTCTCGTTACGCCCCCACCCGGGAGAAGAGCGTG
GAGCTCGCCGGATGGTGGCGCGACGTCACCGGAATCAAGGAGGAGACCATGCGGGAACTC
CTGCGGGGTCTCCACCCGACGTGGTCACAGACCGCCGTCGAGGCGAGCCTCGCCGACATG
GTGGAAGGGCCGGACGGGCTGCTCGTGCAGCGGCTGCCGCTGGAGCACTACATGTCGCTC
GCGGACAGCATGTGGCAGGACCCGCCCGCCCGCTGGTACCCCGGCATCACGGCGCCCGTT
CTGCTGCTCGTCGCCCTGCCCGCCCACGCCCAGTCCTGGGGCACCTACGCCCGGAAGTGG
GTGGCGGAGGCCGAGGCGGCCATCCCGCAGGCGGAATCCCGCTGGTACGTCGACACCGAC
CACAACCTCCACGTGGAAGAACCCGAGCGGGTGGCGAGCGACCTGCTCGACCTGGCGCGC
CTCGTGGACAAGCCGGCGCCGGAACGGTCCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000073 Alpha/beta hydrolase fold-1 (Domain)
[48-63] 3.00000067992871e-06 PR00111 [92-105] 3.00000067992871e-06 PR00111 [106-119] 3.00000067992871e-06 PR00111
PR00111   ABHYDROLASE
IPR000639 Epoxide hydrolase-like (Family)
[48-63] 3.00000067992871e-05 PR00412 [92-105] 3.00000067992871e-05 PR00412 [256-278] 3.00000067992871e-05 PR00412
PR00412   EPOXHYDRLASE
SignalP
[1-34] 0.098 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
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