Nanch_00240 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces nanchangensis
Strain	NS3226
Entry name	Nanchangmycin
Contig	AF521085
Start / Stop / Direction	80,769 / 79,828 / - [in whole cluster] 80,769 / 79,828 / - [in contig]
Location	complement(79828..80769) [in whole cluster] complement(79828..80769) [in contig]
Type	CDS
Length	942 bp (313 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	putative epoxide hydrolase/cyclase
Product (GenBank)	NanI
Gene
Gene (GenBank)	nanI
EC number
Keyword
Note	N-terminal domain belongs to polyether epoxide hydrolase(PEH)-B group. C-terminal domain belongs to polyether epoxide hydrolase(PEH)-A group.
Note (GenBank)	putative ketosteroid isomerase
Reference	ACC Q7WTD9 PmId [12770825] A complete gene cluster from Streptomyces nanchangensis NS3226 encoding biosynthesis of the polyether ionophore nanchangmycin. (Chem Biol. , 2003) comment nanchangmycin生合成のためのcomplete gene clusterの報告。（complete clusterと言っているが、同定されたclusterがNanchangmycin生合成に十分かは確認されていない。）配列解析からの機能予測。 NanI: Ketosteroid isomerase NanIは、NanOによるpolyepoxide産生に続くepoxide ring openings and acetalizationsのカスケードを担うと考えられている。
Related Reference	ACC Q846W7 NITE Monen_00240 PmId [16632258] Evidence for the role of the monB genes in polyether ring formation during monensin biosynthesis. (Chem Biol. , 2006) comment >N-term 3rd(Q846W7) 50%, 2e-31, N末部分hit Streptomyces cinnamonensis_monBI Probable monensin biosynthesis isomerase [DoBISCUIT]putative epoxide hydrolase/cyclase --- [PMID: 16632258](2006) monBI and/or monBII genesの削除は、monensins A and Bの代わりにC-3-O-demethylmonensinsと多くのminor components(C-9-epi-monensin Aを含む)のmixtureを産生する株をもたらす。これら全てのminor componentsは、酸の処理によってmonensinsに効率的に変換された。 MonBI- and MonBII-欠損mutantsの産物のパターンは同一。よってepoxide開環と随伴性のpolyether環形成がMonB enzymesによって触媒されると示唆される。これに一致して、MonB-type enzymesの構造がRhodococcus erythropolis由来limonene-1,2-epoxide hydrolaseの構造に近しく似ていることがhomology modelingで示された。 MonBI and MonBIIがheterodimerを形成し、epoxide hydrolase/cyclaseとして働くことが提唱されている。 MonBI, MonBII それぞれの役割はわかっていない。
	ACC Q846W8 NITE Monen_00230 PmId [12940979] Analysis of the biosynthetic gene cluster for the polyether antibiotic monensin in Streptomyces cinnamonensis and evidence for the role of monB and monC genes in oxidative cyclization. (Mol Microbiol. , 2003) [16632258] Evidence for the role of the monB genes in polyether ring formation during monensin biosynthesis. (Chem Biol. , 2006) comment >C-term 7th(Q846W8) 44%, 5e-19, C末部分hit Streptomyces cinnamonensis_monBII Probable monensin biosynthesis isomerase [DoBISCUIT]putative epoxide hydrolase/cyclase --- [PMID: 12940979](2003) monensin生合成 gene clusterの解析論文。 MonBII: Isomerase MonBI and MonBII のN末は、3-ketosteroid isomerasesに低いが明らかな類似を示す。 MonBI and MonBII 同士はid48%(今回の結果では33%)。 AB-delta-BII (monBII deletion strain)は細胞内にも細胞外にもmonensinなし。 AB-delta-BII はcloned monBII geneによって相補され、monensin A and B産生を回復する。 --- [PMID: 16632258](2006) monBI commentを参照。
	ACC B6ZK72 NITE Lasal_00210 PmId [18710235] Epoxide hydrolase Lsd19 for polyether formation in the biosynthesis of lasalocid A: direct experimental evidence on polyene-polyepoxide hypothesis in polyether biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2008) [21375229] Enzymatic epoxide-opening cascades catalyzed by a pair of epoxide hydrolases in the ionophore polyether biosynthesis. (Org Lett. , 2011) [22388816] Enzymatic catalysis of anti-Baldwin ring closure in polyether biosynthesis. (Nature. , 2012) comment Blast 4th, id46%, 1e-25, 3 hsp Streptomyces lasaliensis_lsd19 Epoxide hydrolase --- [PMID:18710235](2008) Lsd19をE.coliにて発現、クローニング、精製し活性を見ている。 incubationによりsingle deastereomerである6-endo-tet cyclization productを産生。trichloroacetic acidでbisepoxideを処理すると5-exo-tet cyclization modeを介してisolasalocid Aを産生する。 --- [PMID:21375229](2011) site-directed mutagenesis, domain dissection analysisにより機能解析をしている。 D170A,E197Aでは一つ目のTHF環の形成で止まった化合物ができる。 lsd19A(N-term domain): 5-exo cyclization (bisepoxyprelasalocid A -> monocyclized intermediate) lsd19B(C-term domain): 6-endo cyclization (monocyclized intermediate -> lasalocid A) --- [PMID:22388816](2012) 結晶構造解析、および、触媒メカニズムの予測を行っている。 Lsd19Bの酵素活性中心における重要なアミノ酸はH146,D170,E197,Y251を挙げている。 polyether epoxide hydrolaseについてまとめて解析あり（構造モデリングと配列alignment）。配列alignmentから、NanIのC末(NanIA)はLsd19Aに似たPEH-Aに、NanIのN末(NanIB)はLsd19Bに似たPEH-Bに分類される。 Nigericinのような長めの基質で働くPEH-AはC末に余剰領域あり。構造モデリングで、PEH-Aは深いbinding pocketが見られ、internal cyclic ethersの形成を担うとされている。 PEH-Bは浅いbinding pocketが見られ、terminal cyclic ethersの形成を担うとされている。 NanIBは触媒残基の置換があること、binding pocketが小さいことから不活性であり、NanIAが両cyclic ethers形成を担い、NanIBはNanIAの活性維持のために存在すると提唱されている。

Sequence

>putative epoxide hydrolase/cyclase [NanI]
MLNERTRKKIAREHSRRLSEGDIDGLLDLYAKDVTFEAPVGAGGQAGHEALRAHFESAVA
GNVDETIVESVVGQDGEHVLSRITAVMDYRPRGPLYADRGWLPAPEGAEPTALRCHYALL
LRVGESGLIEDMRAYWGKPDLETSVDGRSGPFVGPPAIDPDEAALRELPHNYLRLLQKGD
VEGTVALFTDDIVFEDPVGGLLLRGKDALREHAFRGSEGKVHEMLGRLVTSMDGRFVVVL
GDARVYVPARMRMRMITICEVNEDRLGAHIQGFWGLTDMTIGFPDDDTAPEPALDTARRP
ERKDALKPFGTPS

>putative epoxide hydrolase/cyclase [NanI]
GTGCTCAACGAGCGCACCCGCAAGAAGATCGCACGCGAACACAGCCGGCGCCTCAGCGAG
GGCGACATCGACGGGCTTCTCGACCTGTACGCGAAGGACGTCACGTTCGAGGCCCCCGTC
GGGGCCGGCGGCCAGGCCGGCCACGAGGCGCTGCGCGCGCACTTCGAGAGCGCAGTCGCC
GGAAACGTCGACGAGACGATCGTGGAGTCGGTCGTGGGGCAGGACGGCGAACACGTCCTG
TCCCGGATCACCGCGGTCATGGACTACCGGCCCCGCGGCCCGCTGTACGCCGACCGCGGC
TGGCTGCCCGCGCCCGAGGGCGCGGAGCCGACCGCCCTGCGCTGCCACTACGCGCTGCTG
CTCCGCGTCGGCGAGTCCGGCCTCATCGAGGACATGCGGGCGTACTGGGGCAAACCCGAC
CTCGAGACCTCCGTCGACGGCAGGTCAGGGCCGTTCGTCGGGCCCCCGGCGATCGACCCC
GACGAGGCGGCCCTCAGGGAGCTGCCCCACAACTACCTCCGGCTGCTGCAAAAGGGGGAC
GTGGAAGGGACCGTCGCCCTGTTCACGGACGACATCGTCTTCGAGGACCCGGTGGGCGGC
CTGTTGCTGCGCGGCAAGGACGCCCTGCGCGAGCACGCGTTCCGGGGCTCGGAGGGCAAG
GTGCACGAGATGCTGGGGCGGCTCGTCACGTCGATGGACGGACGGTTCGTGGTGGTCCTG
GGGGACGCGCGGGTCTACGTCCCGGCCAGGATGCGCATGCGCATGATCACTATCTGCGAG
GTCAACGAGGACCGACTGGGCGCACACATCCAGGGGTTCTGGGGCCTCACCGACATGACG
ATCGGGTTCCCCGACGACGACACCGCACCGGAGCCGGCTTTGGACACCGCGCGGCGGCCG
GAACGGAAAGACGCACTTAAGCCGTTCGGGACACCCTCGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR009959 Polyketide cyclase SnoaL-like domain (Domain) PF12680 SnoaL_2
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Nanch_00230 Nanch_00250