Pyolu_00010 : CDS information

Location

Organism	Pseudomonas fluorescens
Strain	Pf-5
Entry name	Pyoluteorin
Contig	AF081920
Start / Stop / Direction	1,666 / 158 / - [in whole cluster] 1,666 / 158 / - [in contig]
Location	complement(158..1666) [in whole cluster] complement(158..1666) [in contig]
Type	CDS
Length	1,509 bp (502 aa)

Annotation

Category	3.4 other modification
Product	putative halogenase
Product (GenBank)	putative halogenase
Gene
Gene (GenBank)	pltM
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)	contains N-terminal NAD(P)H binding site; PltM
Reference	ACC Q9X3Q8 PmId [10094695] Characterization of the pyoluteorin biosynthetic gene cluster of Pseudomonas fluorescens Pf-5. (J Bacteriol. , 1999) [16162666] Dichlorination of a pyrrolyl-S-carrier protein by FADH2-dependent halogenase PltA during pyoluteorin biosynthesis. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2005) comment [PMID: 10094695](1999) pyoluteorin生合成clusterの5'側 pltM-pltGについての論文 pltM: halogenase @pyrrole chlorination PltA, PltD, and PltMは、二次代謝産物をchlorinateするhalogenase enzymesの新しいクラスに属する。 (fig5では、PKSに取り込まれる前のstarter unit prolineがchlorinateされる経路も示されている。) NADH cofactor bindingに必要な構造を担うmotifをPltAとPltMは持っているが、PltDは持っていない。 pltMはRBSが見当たらず、上流pltRとoverlapもあることから、pltMとpltRは翻訳共役であると考えられる。 pltMを挿入不活化するとpyoluteorin産生されないので、PltMはpyoluteorin合成に必須。 --- [PMID: 16162666](2005) PltAとPltMについて検討した論文。 PltAはpyrrolyl-S-PltLのpyrrole環をdichlorinationを触媒するFADH2-dependent halogenaseである。 PltMが反応から取り除かれてもchlorinated productが形成されるが、PltA, NADH, flavin reductaseのいずれかがないと形成されず、これらはpyrrole環のdichlorinationに必須である。 PltMのpyoluteorin生合成における生理学的役割は不明なまま。

Sequence

>putative halogenase [putative halogenase]
MNQYDVIIIGSGIAGALTGAVLAKSGLNVLILDSAQHPRFSVGEAATPESGFLLRLLSKR
FDIPEIAYLSHPDKIIQHVGSSACGIKLGFSFAWHQENAPSSPDHLVAPPLKVPEAHLFR
QDIDYFALMIALKHGAESRQNIKIESISLNDDGVEVALSNAAPVKAAFIIDAAAQGSPLS
RQLGLRTTEGLATDTCSFFTHMLNVKSYEDALAPLSRTRSPIELFKSTLHHIFEEGWLWV
IPFNNHPQGTNQLCSIGFQFNNAKYRPTEAPEIEFRKLLKKYPAIGEHFKDAVNAREWIY
APRINYRSVQNVGDRFCLLPQATGFIDPLFSRGLITTFESILRLAPKVLDAARSNRWQRE
QFIEVERHCLNAVATNDQLVSCSYEAFSDFHLWNVWHRVWLSGSNLGSAFLQKLLHDLEH
SGDARQFDAALEAVRFPGCLSLDSPAYESLFRQSCQVMQQAREQARPVAETANALHELIK
EHEAELLPLGYSRISNRFILKV

>putative halogenase [putative halogenase]
ATGAATCAGTACGACGTCATTATCATCGGTAGTGGTATCGCCGGCGCGCTGACCGGCGCC
GTCCTCGCGAAGTCCGGGCTGAACGTTCTGATCCTCGACTCGGCCCAGCACCCACGATTC
TCCGTCGGCGAAGCGGCGACACCGGAAAGCGGTTTTCTGCTGCGTTTGCTCTCAAAGCGC
TTCGACATCCCTGAAATCGCCTACCTCTCGCACCCCGACAAGATCATCCAGCACGTCGGT
TCGAGCGCCTGCGGGATCAAGCTGGGCTTCAGTTTTGCCTGGCATCAAGAGAACGCGCCG
TCGTCCCCCGACCACCTTGTGGCCCCGCCGCTGAAGGTGCCGGAAGCCCATCTTTTCCGG
CAGGACATCGACTATTTCGCCCTGATGATTGCCCTGAAACACGGCGCCGAATCCAGACAG
AACATCAAGATCGAGTCGATCAGCCTCAACGACGACGGGGTCGAGGTGGCATTGTCCAAC
GCCGCCCCCGTCAAGGCCGCGTTCATCATTGACGCTGCTGCCCAGGGCTCTCCGCTTTCC
CGCCAACTGGGCTTGCGCACCACCGAAGGGCTGGCGACCGACACCTGCTCATTCTTCACC
CACATGCTCAATGTGAAGAGCTACGAAGATGCCCTGGCTCCGTTGTCCCGCACTCGTTCC
CCCATCGAACTGTTCAAGAGCACCTTGCACCACATCTTCGAAGAGGGCTGGTTGTGGGTC
ATCCCCTTCAACAACCACCCGCAGGGCACCAATCAGTTGTGCAGCATCGGCTTCCAGTTC
AACAACGCCAAGTACCGTCCCACCGAGGCGCCGGAGATCGAGTTTCGCAAACTGCTGAAA
AAGTACCCGGCCATCGGCGAACACTTCAAGGATGCGGTCAATGCCCGGGAGTGGATCTAC
GCGCCGCGCATCAACTACCGCAGCGTGCAAAATGTCGGGGATCGCTTCTGCCTGCTGCCG
CAAGCCACAGGGTTTATCGACCCGCTGTTCTCCAGGGGGTTGATCACCACCTTCGAGTCC
ATCCTCAGGCTGGCCCCCAAGGTGCTGGACGCCGCCCGCAGCAACCGCTGGCAACGGGAA
CAGTTCATCGAAGTCGAGCGCCATTGCCTGAACGCGGTGGCGACCAATGACCAGTTGGTC
TCCTGCTCCTATGAAGCCTTCAGCGACTTTCACCTGTGGAACGTGTGGCATCGGGTCTGG
CTCAGCGGCTCCAACCTGGGCAGTGCCTTTCTGCAAAAGCTGCTGCACGACCTGGAACAC
AGTGGCGACGCCCGCCAGTTCGATGCAGCGCTTGAGGCGGTGCGCTTCCCTGGCTGCCTG
TCCCTGGACTCGCCCGCCTACGAAAGCCTGTTCAGGCAGTCGTGCCAGGTCATGCAACAG
GCCAGGGAGCAAGCCAGGCCGGTGGCCGAAACCGCCAACGCGCTGCATGAGCTGATCAAG
GAGCACGAAGCCGAGTTGTTGCCCCTGGGCTATTCACGGATATCCAATCGTTTCATCCTC
AAAGTCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR006905 Tryptophan halogenase (Family) PF04820 Trp_halogenase
SignalP	Bacteria, Gram-negative
TMHMM	Transmembrane 1

first Pyolu_00020