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Rifam_00260 : CDS information

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Organism
StrainS699
Entry nameRifamycin
Contig
Start / Stop / Direction68,016 / 68,798 / + [in whole cluster]
68,016 / 68,798 / + [in contig]
Location68016..68798 [in whole cluster]
68016..68798 [in contig]
TypeCDS
Length783 bp (260 aa)
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Category1.4 Other
Productamide synthase
Product (GenBank)RifF
Gene
Gene (GenBank)rifF
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • amide synthase
Reference
ACC
PmId
[9512878] Biosynthesis of the ansamycin antibiotic rifamycin: deductions from the molecular analysis of the rif biosynthetic gene cluster of Amycolatopsis mediterranei S699. (Chem Biol. , 1998)
[10430893] Direct evidence that the rifamycin polyketide synthase assembles polyketide chains processively. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 1999)
[11812235] Expression and purification of the rifamycin amide synthase, RifF, an enzyme homologous to the prokaryotic arylamine N-acetyltransferases. (Protein Expr Purif. , 2002)
comment
UniProt(O52547)でのproduct nameは3-amino-5-hydroxybenzoic acid synthase(AHBA synthase)とされているが、これは論文に出てくるものと配列が異なる。

---
[PMID: 9512878](1998)
ansamycin系抗生物質rifamycinの生合成gene clusterの報告。
RifF(260aa): amide synthase(N-acetyl transferase)

RifFは哺乳類のarylamine:acetyl-CoA acetyltransferase(EC 2.3.1.5)に明らかな相同性がある。この反応への化学的類似性から、RifFがPKSから完成したpolyketideを放出するintramolecular amide formationを担い、macrolactam構造を持つproansamycin Xが生成されることが考えられる。

このORFの上流に隣接しているRifamycin PKSをコードするORFにはTE domainが含まれておらず、このORFがその代わりにpolyketide放出に関連している。

---
[PMID: 10430893](1999)
同じ著者らのPKSに関する報告。
rifF inactivation mutant作成して中間体を検出。
mutantではmacrocyclic lactamとして完成したundecaketideではなく、tetra-からdecaketideにわたる直鎖状polyketidesを産生し、rifamycin B非産生であった。

---
[PMID: 11812235](2002)
実験には上記論文著者Floss HG.から提供されたplasmidをtemplateとして使用している。
タンパクの配列比較、3D構造予測。

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selected fasta
>amide synthase [RifF]
MNVFDVETYLQRIGCGGETGVDLETLAKLQKSHLMAIPYSSLAYELRDAVNVVDLDEDDV
FVTSIAEGQGGACYHLNRLFHRLLTELGYDVTPLAGSTAEGRETFGTDVEHMFNLVTLDG
ADWLVDVGYPGPTYVEPLAVSPAVQTQYGSQFRLVEQETGYALQRRGAVTRWSVVYTFTT
QPRQWSDWKELEDNFRALVGDTTRTDTQETLCGRAFANGQVFLRQRRYLTVENGREQVRT
ITDDDEFRALVSRVLSGDHG
selected fasta
>amide synthase [RifF]
GTGAACGTGTTCGACGTGGAGACCTACCTCCAGCGGATCGGCTGCGGCGGGGAAACCGGC
GTGGACCTCGAAACGCTGGCGAAGCTGCAGAAGAGCCACCTGATGGCGATCCCGTACAGC
AGCCTCGCCTACGAACTCCGGGACGCGGTGAACGTCGTCGACCTCGACGAGGACGACGTC
TTCGTCACCAGCATCGCCGAAGGGCAGGGCGGCGCCTGCTACCACCTGAACCGGCTGTTC
CACCGGCTCCTGACCGAACTCGGCTACGACGTCACGCCGCTGGCCGGCAGCACCGCCGAA
GGCCGGGAGACCTTCGGCACCGACGTCGAGCACATGTTCAACCTGGTCACCCTGGACGGC
GCCGACTGGCTCGTGGACGTCGGCTACCCCGGCCCCACCTACGTCGAGCCACTGGCGGTC
TCGCCCGCGGTGCAGACCCAGTACGGGAGCCAGTTCCGGTTGGTGGAACAGGAAACCGGT
TATGCGCTGCAACGCCGGGGTGCGGTCACCCGCTGGAGCGTCGTCTACACGTTCACGACG
CAACCGCGTCAGTGGAGTGACTGGAAGGAACTGGAGGACAACTTCCGGGCCCTCGTGGGG
GACACCACCCGCACCGACACGCAGGAAACCCTGTGCGGCCGCGCGTTCGCGAACGGCCAG
GTCTTCCTGCGGCAGCGCCGCTACCTGACGGTCGAGAACGGCCGCGAGCAGGTGCGCACG
ATCACCGACGACGACGAGTTCCGGGCGCTGGTGTCCCGCGTGCTGTCCGGCGACCACGGC
TGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001447 Arylamine N-acetyltransferase (Family)
[22-45] 5.4e-06 PR01543 [105-130] 5.4e-06 PR01543
PR01543   ANATRNSFRASE
[22-252] 6.5e-65 PF00797
PF00797   Acetyltransf_2
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Rifam_00250 Rifam_00250   Rifam_00270 Rifam_00270
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