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Soraph_00035 : CDS information

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Organism
StrainSo ce26
Entry nameSoraphen
Contig
Start / Stop / Direction9,181 / 8,930 / - [in whole cluster]
9,181 / 8,930 / - [in contig]
Locationcomplement(8930..9181) [in whole cluster]
complement(8930..9181) [in contig]
TypeCDS
Length252 bp (83 aa)
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Category2.1 modification addition of extender units
Productputative acyl carrier protein
Product (GenBank)
GenesorF
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • methoxymalonyl-ACP
Note
Note (GenBank)
Reference
PmId
[15289572] Heterologous production of the antifungal polyketide antibiotic soraphen A of Sorangium cellulosum So ce26 in Streptomyces lividans. (Microbiology. , 2004)
comment
[PMID:15289572](2004)
sorF ACP (Tin-Wein Yu, University of Washington, personal communication)

S. lividansでのsor genes異種性発現。
SorABRCDFE株 + cinnamate
SorABRCDFE株 + badA(benzoate-CoA ligase) + benzoate or cinnamate
の組み合わせでSoraphen A産生。
SorABRCDFE株で発現されているのは、the sorA, and the sorB4M, sorRCDFE operons.

SorFは、glyceryl-ACP → hydroxymalonyl-ACPの酸化の際に基質を繋ぎ止めるtype II ACPをコードすると考えられるが、SorFの他にもこの酸化に関与するgenesをひとつの遺伝子でコードするSorCのACP domainが存在する。
2つのACPが存在することについてはさらなる調査が必要。
Related Reference
ACC
Q9XBU6
PmId
[16983083] Hydroxymalonyl-acyl carrier protein (ACP) and aminomalonyl-ACP are two additional type I polyketide synthase extender units. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2006)
comment
13th(Q9XBU6) 41%, 1e-09
Bacillus cereus_zmaD
ZmaD

hydroxymalonyl-ACP and aminomalonyl-ACPの生合成が割り当てられているgenesをE.coli発現、精製してin vitroでの再構成ができるか確認している。
ZmaDはapo型ACPで、hydroxymalonyl-ACP形成に関与する。

aminomalonyl-ACP生合成に関与するACP ZmaH(Q7BQ73)とも28th, id40%, 2e-08

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selected fasta
>putative acyl carrier protein
MSEAQMKQKIKTYLAKFFPGHELADDEDIFKLGFVNSMFALQLVNFVEHEFGIVVENEDM
ELDNFRSIRSLLGFVERKVSVPA
selected fasta
>putative acyl carrier protein
ATGAGCGAAGCGCAAATGAAGCAGAAGATCAAGACGTATCTCGCCAAGTTCTTCCCGGGT
CACGAGCTCGCGGACGACGAGGACATCTTCAAGCTCGGGTTCGTCAACTCGATGTTCGCG
CTCCAGCTGGTTAACTTCGTGGAGCACGAGTTCGGCATCGTCGTCGAGAACGAGGACATG
GAGCTCGACAACTTCCGCTCCATCCGGAGCCTGCTCGGGTTCGTCGAGCGCAAGGTCTCG
GTGCCGGCGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR009081 Acyl carrier protein-like (Domain)
[8-75] 8.4e-07 PF00550
PF00550   PP-binding
[4-78] 1.1e-12 G3DSA:1.10.1200.10
G3DSA:1.10.1200.10   no description
[2-79] 7.3e-11 SSF47336
SSF47336   ACP-like
SignalP
[1-24] 0.141 Signal
Bacteria, Gram-negative   
TMHMM No significant hit
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