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Spino_00090 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 18538
Entry nameSpinosyn
Contig
Start / Stop / Direction12,696 / 11,530 / - [in whole cluster]
12,696 / 11,530 / - [in contig]
Locationcomplement(11530..12696) [in whole cluster]
complement(11530..12696) [in contig]
TypeCDS
Length1,167 bp (388 aa)
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Category3.4 other modification
ProductC-11,14 dehydratase
Product (GenBank)SpnM
Gene
Gene (GenBank)spnM
EC number
Keyword
Note
  • The N-terminal position was modified from original INSDC entry.
Note (GenBank)
  • involved in spinosyn aglycone biosynthesis
Reference
ACC
PmId
[11358695] Cloning and analysis of the spinosad biosynthetic gene cluster of Saccharopolyspora spinosa. (Chem Biol. , 2001)
[11386361] A cluster of genes for the biosynthesis of spinosyns, novel macrolide insect control agents produced by Saccharopolyspora spinosa. (Antonie Van Leeuwenhoek. , 2000)
[21544146] Enzyme-catalysed [4+2] cycloaddition is a key step in the biosynthesis of spinosyn A. (Nature. , 2011)
comment
[PMID: 11358695](2001)
spinosad biosynthetic gene clusterの報告。
spnM(321aa): polyketide bridging?

Aglycon合成過程でPKSの結合形成に関与すると推測されているが、根拠に乏しい。
SpnM mutantでは痕跡量のSpinosyn Aを産生する。
（Mutant作成が不十分と論文では推測している）

--
[PMID: 11386361](2000)
同じ著者らの先行論文。
spnM: Aglycone modification?

---
[PMID: 21544146](2011)
使用している株はNRRL 18537.

spnF, spnL, and spnMをE.coli発現、精製、産物測定により活性確認。
SpnMのN末は-204 positionに変更されている(Supplementary data S2.3)。

SpnJで修飾されたaglycone 3は、SpnMでのみ3環aglycone 8をもたらす。
さらなる調査で、8と共にmonocyclic macrolactone 5も一過性に見られることがわかった。

SpnMがdehydrationとcyclizationのdual機能を持つ可能性を検討。
SpnM濃度に比例してdehydration stepのみの拡大がみられた。
よって、SpnMはdehydrataseとして機能し、[4+2] cycloadditionは非酵素的に進行しうる。

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selected fasta
>C-11,14 dehydratase [SpnM]
MASEHASLVGDDLRAPADDPFYRPPTPLPPGVPGTLLRARPVSALRGTGEPVAAKAWQIL
YRSNSALGMPNAVSGTVLVPNIPWPREDRPIITFAVGTHGLGSQVAPSYLLRTGTEPETE
LIAVALDRGWAVVITDYEGLGTPGTHTYTVGRAQGHAMLDAARAAQRLPGSGLTTDCPVG
IWGYAQGGQASAFAGELHPTYAPELRIRAAAAGAVPIDLLDIIHRNDGVFTGPVLAGLVG
HAAAYPDLPFDELLTEAGRTAVDQVRELGAPELVTRFLGRELSDFLDTSGLFEQPRWRAR
LAESVAGRNGGPVVPTLVYHSTDDEIVPFAFGERLRDSYRAAGTPVRWHPLSGLAHFPAA
LASSRVVVSWFDEHFSEPSAISGPRDAR
selected fasta
>C-11,14 dehydratase [SpnM]
ATGGCCTCCGAGCACGCCAGCCTGGTCGGCGACGATCTGCGGGCACCCGCGGATGATCCC
TTCTACCGACCGCCGACGCCGCTACCGCCGGGTGTCCCGGGCACGCTCCTCAGGGCCCGG
CCCGTCTCGGCACTGCGCGGCACGGGCGAACCCGTCGCAGCCAAGGCCTGGCAAATCCTC
TACCGGTCCAACTCCGCCCTTGGCATGCCGAACGCCGTCTCCGGCACCGTTCTGGTGCCG
AACATCCCGTGGCCGCGCGAAGATCGCCCCATCATCACTTTCGCAGTGGGCACCCACGGC
CTCGGTAGCCAAGTTGCCCCGTCGTACCTGCTTCGAACCGGAACCGAGCCGGAGACCGAG
CTGATCGCCGTGGCCCTCGACCGCGGGTGGGCCGTGGTCATCACCGACTACGAAGGCCTC
GGTACTCCTGGAACCCACACCTACACCGTCGGCAGGGCGCAGGGACACGCCATGCTCGAT
GCCGCCCGCGCTGCGCAACGGCTACCGGGCTCCGGCCTGACGACCGACTGCCCGGTCGGC
ATCTGGGGCTATGCGCAGGGTGGGCAAGCGTCGGCCTTCGCCGGCGAACTGCACCCCACC
TACGCACCTGAACTGCGAATCCGCGCTGCGGCCGCAGGTGCGGTGCCGATCGATCTGCTG
GACATCATCCACCGAAATGACGGGGTGTTCACCGGGCCGGTGCTGGCCGGCCTGGTCGGG
CATGCCGCTGCCTACCCCGATCTGCCATTCGACGAGCTTCTCACCGAAGCGGGTCGTACC
GCCGTTGATCAAGTGCGCGAGCTCGGTGCACCGGAGCTCGTCACCCGCTTCCTCGGCCGC
GAGCTGAGCGACTTCCTCGACACTTCCGGCCTTTTCGAGCAACCTCGATGGCGCGCACGA
CTGGCCGAAAGCGTCGCAGGTAGGAACGGTGGCCCGGTGGTCCCCACGCTCGTCTACCAC
AGCACGGACGACGAGATCGTTCCGTTCGCATTCGGCGAGCGACTCCGGGACAGCTACCGC
GCGGCGGGTACGCCAGTGCGGTGGCATCCGCTCTCCGGATTGGCTCACTTTCCCGCCGCC
CTGGCCAGCTCGCGAGTGGTCGTCTCGTGGTTCGACGAGCACTTCTCCGAGCCGTCCGCG
ATCAGCGGTCCGCGAGATGCCAGGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR005152 Lipase, secreted (Family)
[113-383] 1.7e-86 PF03583
PF03583   LIP
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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